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- PDB-5eqd: Structure of oxidized UDP-galactopyranose mutase from Mycobacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eqd
タイトルStructure of oxidized UDP-galactopyranose mutase from Mycobacterium smegmatis in complex with UDP in opened and closed form
要素UDP-galactopyranose mutase
キーワードISOMERASE / galactofuranose
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase activity / flavin adenine dinucleotide binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase, C-terminal / UDP-galactopyranose mutase / NAD(P)-binding Rossmann-like domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NITRATE ION / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-galactopyranose mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Wangkanont, K. / Kiessling, L.L. / Forest, K.T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI063596 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM100346 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structural dynamics of UDP-galactopyranose mutase from Mycobacterium smegmatis
著者: Wangkanont, K. / Kiessling, L.L. / Forest, K.T.
履歴
登録2015年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-galactopyranose mutase
B: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,73718
ポリマ－91,7522
非ポリマー2,98616
水13,331740
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7550 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area32090 Å2
2
A: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1028
ポリマ－45,8761
非ポリマー1,2267
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: UDP-galactopyranose mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,63610
ポリマ－45,8761
非ポリマー1,7609
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.188, 132.184, 135.654
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-504-

SO4

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase Glf


分子量: 45875.906 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 13-412 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: glf, MSMEG_6404, MSMEI_6236 / プラスミド: pMAL c5x
詳細 (発現宿主): malE ORF in pMAL c5x was removed and replaced with the ORF for UDP-galactopyranose mutase
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0R629, UDP-galactopyranose mutase

-
非ポリマー , 5種, 756分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 740 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris-HCl, 100 mM sodium nitrate, 1.8 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.978542 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 96510 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 24.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 1.125 / Net I/av σ(I): 23.269 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 699321
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.83-1.926.80.69495680.8440.2860.7520.724100
1.92-1.996.90.47295740.9170.1930.510.791100
1.99-2.0870.32895600.9590.1330.3540.87100
2.08-2.197.10.23595850.9760.0940.2540.966100
2.19-2.337.30.18796030.9830.0740.2011.126100
2.33-2.517.50.14795840.9890.0580.1581.186100
2.51-2.767.50.11196690.9930.0430.1191.16100
2.76-3.167.60.09396530.9950.0360.11.511100
3.16-3.997.50.06897080.9970.0270.0731.587100
3.99-507.30.054100060.9970.0210.0581.20399.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1690)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I8T

1i8t


解像度: 1.83→45.8 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1958 4651 5.02 %
Rwork0.1682 87981 -
obs0.1696 92632 94.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.22 Å2 / Biso mean: 29.4299 Å2 / Biso min: 14.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→45.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6365 0 189 740 7294
Biso mean--33.87 36.31 -
残基数----783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076836
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0599322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045949
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.432438
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8298-1.89520.26463460.23126636698272
1.8952-1.97110.26184550.20858346880190
1.9711-2.06080.22864560.19038633908993
2.0608-2.16940.21054590.17718815927495
2.1694-2.30530.20794800.17228955943597
2.3053-2.48330.20614710.17739115958698
2.4833-2.73320.21794840.18549154963899
2.7332-3.12860.22914920.18949307979999
3.1286-3.94140.18154950.157293769871100
3.9414-45.81430.15355130.1397964410157100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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