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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5eqd | |||||||||
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タイトル | Structure of oxidized UDP-galactopyranose mutase from Mycobacterium smegmatis in complex with UDP in opened and closed form | |||||||||
![]() | UDP-galactopyranose mutase | |||||||||
![]() | ISOMERASE / galactofuranose | |||||||||
機能・相同性 | ![]() UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase activity / flavin adenine dinucleotide binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wangkanont, K. / Kiessling, L.L. / Forest, K.T. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural dynamics of UDP-galactopyranose mutase from Mycobacterium smegmatis 著者: Wangkanont, K. / Kiessling, L.L. / Forest, K.T. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 153.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 45875.906 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 13-412 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: glf, MSMEG_6404, MSMEI_6236 / プラスミド: pMAL c5x 詳細 (発現宿主): malE ORF in pMAL c5x was removed and replaced with the ORF for UDP-galactopyranose mutase 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 756分子 ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/NO3.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/UDP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NO3.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/UDP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NO3 / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-UDP / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.46 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris-HCl, 100 mM sodium nitrate, 1.8 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月12日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.978542 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 96510 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 24.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 1.125 / Net I/av σ(I): 23.269 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 699321 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1I8T 解像度: 1.83→45.8 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.45 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.22 Å2 / Biso mean: 29.4299 Å2 / Biso min: 14.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.83→45.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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