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- PDB-5eqb: Crystal structure of lanosterol 14-alpha demethylase with intact ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eqb
タイトルCrystal structure of lanosterol 14-alpha demethylase with intact transmembrane domain bound to itraconazole
要素Lanosterol 14-alpha demethylase
キーワードoxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / Sterol Antifungal Membrane Cytochrome / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Endogenous sterols / Cholesterol biosynthesis / ergosterol biosynthetic process / sterol 14-demethylase activity / sterol 14alpha-demethylase / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1YN / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Lanosterol 14-alpha demethylase CYP51
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Monk, B.C. / Tomasiak, T.M. / Keniya, M.V. / Huschmann, F.U. / Tyndall, J.D.A. / O'Connell III, J.D. / Cannon, R.D. / Finer-Morre, J. / Stroud, R.M. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Architecture of a single membrane spanning cytochrome P450 suggests constraints that orient the catalytic domain relative to a bilayer.
著者: Monk, B.C. / Tomasiak, T.M. / Keniya, M.V. / Huschmann, F.U. / Tyndall, J.D. / O'Connell, J.D. / Cannon, R.D. / McDonald, J.G. / Rodriguez, A. / Finer-Moore, J.S. / Stroud, R.M.
履歴
登録2015年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2016年1月13日ID: 4K0F
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lanosterol 14-alpha demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2073
ポリマ－61,8851
非ポリマー1,3222
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.630, 67.845, 80.705
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lanosterol 14-alpha demethylase / CYPLI / Cytochrome P450 51 / Cytochrome P450-14DM / Cytochrome P450-LIA1 / Sterol 14-alpha demethylase


分子量: 61885.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ERG11, CYP51, YHR007C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P10614, sterol 14alpha-demethylase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-1YN / 2-[(2R)-butan-2-yl]-4-{4-[4-(4-{[(2R,4S)-2-(2,4-dichlorophenyl)-2-(1H-1,2,4-triazol-1-ylmethyl)-1,3-dioxolan-4-yl]methoxy}phenyl)piperazin-1-yl]phenyl}-2,4-dihydro-3H-1,2,4-triazol-3-one / Itraconazole / 4-[4-[4-[4-[[(2R,4S)-2-(2,4-ジクロロフェニル)-2-[(1H-1,2,4-トリアゾ-ル-1(以下略)


分子量: 705.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H38Cl2N8O4 / コメント: 薬剤, 抗真菌剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 45% PEG 400, 0.1M Glycine, pH 9.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→80 Å / Num. obs: 42829 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 25

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1664精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.19→29.875 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2284 2139 5.04 %
Rwork0.1915 --
obs0.1933 42460 96.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→29.875 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4297 0 92 124 4513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114532
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1816159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9381699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05648
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007811
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1867-2.23760.30351440.26752488X-RAY DIFFRACTION91
2.2376-2.29350.30011440.23842726X-RAY DIFFRACTION99
2.2935-2.35550.28171500.22572713X-RAY DIFFRACTION99
2.3555-2.42480.2731210.21272778X-RAY DIFFRACTION99
2.4248-2.5030.23271460.19582738X-RAY DIFFRACTION99
2.503-2.59240.22961470.19512713X-RAY DIFFRACTION98
2.5924-2.69620.23811300.1962731X-RAY DIFFRACTION98
2.6962-2.81880.2581320.20182737X-RAY DIFFRACTION98
2.8188-2.96730.24881410.20032712X-RAY DIFFRACTION98
2.9673-3.1530.26011570.21072679X-RAY DIFFRACTION97
3.153-3.39610.27081520.2092697X-RAY DIFFRACTION97
3.3961-3.73730.2141340.18792690X-RAY DIFFRACTION96
3.7373-4.27670.21491610.17362626X-RAY DIFFRACTION95
4.2767-5.38310.17471400.16042668X-RAY DIFFRACTION94
5.3831-29.87780.20561400.18562625X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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