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万見
- PDB-5eq4: Crystal structure of the SrpA adhesin R347E mutant from Streptoco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eq4
タイトルCrystal structure of the SrpA adhesin R347E mutant from Streptococcus sanguinis
要素Platelet-binding glycoprotein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / bacterial adhesin / lectin / immunoglobulin fold / serine-rich repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
SrpA-like, SigLec-like domain / GspA/SrpA SigLec-like domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #890 / Atypical Rib domain / Atypical Rib domain / Serine-rich repeat adhesion glycoprotein / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...SrpA-like, SigLec-like domain / GspA/SrpA SigLec-like domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #890 / Atypical Rib domain / Atypical Rib domain / Serine-rich repeat adhesion glycoprotein / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Platelet-binding glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sanguinis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Loukachevitch, L.V. / McCulloch, K.M. / Vann, K.R. / Wawrzak, Z. / Anderson, S. / Iverson, T.M.
資金援助 米国, 9件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI106987 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI41513 米国
American Heart Association14GRNT 20390021 米国
Department of Veteran's Affairs 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008320 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)T32 HL007751 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10 RR026915 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
Michigan Economic Development Corporation085P1000817 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Sialoglycan Binding by the Streptococcus sanguinis SrpA Adhesin.
著者: Bensing, B.A. / Loukachevitch, L.V. / McCulloch, K.M. / Yu, H. / Vann, K.R. / Wawrzak, Z. / Anderson, S. / Chen, X. / Sullam, P.M. / Iverson, T.M.
履歴
登録2015年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月17日Group: Database references
改定 1.22016年4月13日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet-binding glycoprotein
B: Platelet-binding glycoprotein
C: Platelet-binding glycoprotein
D: Platelet-binding glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,54815
ポリマ－88,0694
非ポリマー47911
水11,998666
1
A: Platelet-binding glycoprotein
B: Platelet-binding glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3539
ポリマ－44,0352
非ポリマー3187
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19920 Å2
手法PISA
2
C: Platelet-binding glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0973
ポリマ－22,0171
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10840 Å2
手法PISA
3
D: Platelet-binding glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0973
ポリマ－22,0171
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.700, 88.055, 199.214
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Platelet-binding glycoprotein


分子量: 22017.254 Da / 分子数: 4 / 変異: R347E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sanguinis (バクテリア)
株: SK36 / 遺伝子: srpA, SSA_0829 / プラスミド: pGEX3X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) / 参照: UniProt: A3CM52
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 666 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.98 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM Na cacodylate, 0.2 M NaCH3COO, 30% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 33121 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 1.685 / Net I/av σ(I): 14.19 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 157498
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.343.60.56312680.7590.3160.6510.8271.6
2.34-2.383.70.48114740.8180.2650.5540.81483.1
2.38-2.433.90.46515460.8140.2530.5340.81488
2.43-2.4840.35615720.90.1820.4030.8287.2
2.48-2.534.40.32415540.9120.1590.3630.81688.6
2.53-2.594.60.31116350.9310.1490.3470.87491.7
2.59-2.664.60.26116300.9440.1240.290.91392.4
2.66-2.734.70.23416760.9620.1120.2610.90594.6
2.73-2.814.60.19617220.970.0950.2190.91395
2.81-2.94.70.17116780.980.0820.1910.9396.1
2.9-34.70.14517480.9830.070.1621.04496
3-3.124.80.12117120.9880.0580.1351.06496.6
3.12-3.264.90.10117160.9890.0480.1131.44495.9
3.26-3.4450.0917520.9920.0420.11.7396.3
3.44-3.655.10.0817230.9940.0380.0891.36795.8
3.65-3.935.20.06717190.9930.0310.0741.63195.3
3.93-4.335.30.05717410.9950.0260.0631.56594.8
4.33-4.955.50.05317450.9960.0240.0592.48393.9
4.95-6.245.70.04717350.9970.020.0522.65493.1
6.24-505.30.04117750.9830.020.0467.10188.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.3 Å44.03 Å
Translation2.3 Å44.03 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→43.35 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2567 1652 5 %
Rwork0.2018 31389 -
obs0.2045 33041 91.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.97 Å2 / Biso mean: 31.0859 Å2 / Biso min: 8.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→43.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5935 0 17 666 6618
Biso mean--27.81 31.22 -
残基数----770
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076154
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4578366
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044980
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041114
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0653715
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2982-2.36580.29151110.24742114222575
2.3658-2.44220.3221270.24012418254588
2.4422-2.52940.28181310.22892490262188
2.5294-2.63070.26451370.23092595273292
2.6307-2.75040.29741390.22952650278995
2.7504-2.89540.29751420.22882687282996
2.8954-3.07680.29031440.22332732287696
3.0768-3.31420.24991440.20862734287896
3.3142-3.64760.26361450.19572754289996
3.6476-4.17510.21161440.17992736288095
4.1751-5.25870.22361440.16312739288394
5.2587-43.35770.24041440.18462740288489

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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