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- PDB-5epm: Ceratotoxin variant in complex with specific antibody Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5epm
タイトルCeratotoxin variant in complex with specific antibody Fab fragment
要素
  • Antibody Fab fragment heavy chain
  • Antibody Fab fragment light chain
  • Beta-theraphotoxin-Cm1a
キーワードTOXIN/IMMUNE SYSTEM / Ceratotoxin / random mutagenesis / Nav1.7 ion chanel / TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


venom-mediated inhibition of voltage-gated sodium channel activity / sodium channel inhibitor activity / calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Huwentoxin, conserved site-1 / Huwentoxin-1 family signature. / Huwentoxin-1 family / Ion channel inhibitory toxin / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-theraphotoxin-Cm1a
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Ceratogyrus marshalli (クモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Strop, P. / Shcherbatko, A. / Rossi, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Engineering Highly Potent and Selective Microproteins against Nav1.7 Sodium Channel for Treatment of Pain.
著者: Shcherbatko, A. / Rossi, A. / Foletti, D. / Zhu, G. / Bogin, O. / Galindo Casas, M. / Rickert, M. / Hasa-Moreno, A. / Bartsevich, V. / Crameri, A. / Steiner, A.R. / Henningsen, R. / Gill, A. ...著者: Shcherbatko, A. / Rossi, A. / Foletti, D. / Zhu, G. / Bogin, O. / Galindo Casas, M. / Rickert, M. / Hasa-Moreno, A. / Bartsevich, V. / Crameri, A. / Steiner, A.R. / Henningsen, R. / Gill, A. / Pons, J. / Shelton, D.L. / Rajpal, A. / Strop, P.
履歴
登録2015年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22016年7月13日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 2.02023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody Fab fragment heavy chain
B: Antibody Fab fragment light chain
C: Beta-theraphotoxin-Cm1a
D: Beta-theraphotoxin-Cm1a
E: Antibody Fab fragment heavy chain
F: Antibody Fab fragment light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7166
ポリマ－103,7166
非ポリマー00
水17,060947
1
A: Antibody Fab fragment heavy chain
B: Antibody Fab fragment light chain
C: Beta-theraphotoxin-Cm1a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8583
ポリマ－51,8583
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Beta-theraphotoxin-Cm1a
E: Antibody Fab fragment heavy chain
F: Antibody Fab fragment light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8583
ポリマ－51,8583
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.322, 98.438, 107.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Antibody Fab fragment heavy chain


分子量: 23751.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Antibody Fab fragment light chain


分子量: 24120.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Beta-theraphotoxin-Cm1a / Beta-TRTX-Cm1a / CcoTx1 / Ceratotoxin-1


分子量: 3985.772 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Ceratogyrus marshalli (クモ) / 参照: UniProt: P84507
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 947 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 13% PEG8000; Zink Acetate; Sodium Cacodylate; Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→47 Å / Num. obs: 103911 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 49.57
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 6.07 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VL5, 1NIY

2vl5

1niy


解像度: 1.75→47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.308 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2189 5172 5 %RANDOM
Rwork0.1903 ---
obs0.1918 98659 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.08 Å2 / Biso mean: 21.451 Å2 / Biso min: 9.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7274 0 0 947 8221
Biso mean---28.05 -
残基数----940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.027841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2671.95310752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg651037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.23524.211304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.285151289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4421533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216015
LS精密化 シェル解像度: 1.751→1.797 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 347 -
Rwork0.228 6778 -
all-7125 -
obs--98.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8121-0.94910.35552.6012-0.66581.03890.02910.1457-0.0607-0.011-0.03410.02040.1710.06760.00490.05640.0112-0.01440.0396-0.01420.0178-57.284-9.45-18.903
21.36810.31850.07192.39380.93942.80250.0561-0.1470.13170.1452-0.0128-0.05480.0022-0.0534-0.04340.0292-0.0128-0.00170.0296-0.01190.0165-45.103-12.38212.448
32.52120.44511.52491.29880.0942.19820.0248-0.01240.10340.02690.0036-0.0759-0.06760.0505-0.02840.01680.00760.00910.0145-0.00260.0212-45.2018.776-18.291
40.8814-0.05220.19343.1314-1.07641.28080.0302-0.072-0.06910.0912-0.1104-0.21040.08040.15140.08030.0513-0.0069-0.00780.04530.00270.0464-29.562-11.00811.721
54.4673-0.64541.03332.50960.60854.444-0.04940.31110.0398-0.3247-0.13660.2831-0.0468-0.2820.18610.11670.012-0.04620.1254-0.01790.0657-67.1477.208-36.522
63.04071.27011.30835.08562.02724.7977-0.1295-0.34520.41490.1009-0.10350.1028-0.30250.02260.23310.1190.0296-0.04570.1496-0.04890.0915-76.831-5.27-46.722
71.9131-0.7903-0.62040.9070.51711.202-0.0532-0.01830.00220.11230.0252-0.11060.03350.14780.02810.04420.0056-0.02740.0560.00380.0461-62.213-17.221-63.046
82.23310.72911.48921.03810.48432.60520.00060.0402-0.1127-0.11960.04390.0359-0.02040.0297-0.04460.0259-0.0021-0.00880.04710.00220.0254-61.849-29.367-92.43
91.81790.11210.17942.8241.09921.79710.0714-0.0133-0.16-0.0325-0.06220.11640.1004-0.1948-0.00930.04570.0179-0.0020.05680.02030.0351-80.713-28.71-62.355
104.0280.9603-1.16141.5022-0.01451.8426-0.12990.1212-0.4285-0.13040.0459-0.22570.18320.17450.08390.05870.0119-0.01820.059-0.01540.126-63.097-44.75-93.235
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2A120 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4B113 - 218
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 33
6X-RAY DIFFRACTION6D1 - 33
7X-RAY DIFFRACTION7E1 - 119
8X-RAY DIFFRACTION8E120 - 219
9X-RAY DIFFRACTION9F1 - 112
10X-RAY DIFFRACTION10F113 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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