PDB-5epa: Crystal structure of non-heme alpha ketoglutarate dependent carbo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5epa

タイトル

Crystal structure of non-heme alpha ketoglutarate dependent carbocyclase SnoK from nogalamycin biosynthesis

要素

SnoK

キーワード

LYASE / non-heme iron center / polyketide biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces nogalater (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Selvaraj, B. / Lindqvist, Y. / Siitonen, V. / Niiranen, L. / Metsa-Ketela, M. / Schneider, G.

資金援助

スウェーデン,

フィンランド, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Divergent non-heme iron enzymes in the nogalamycin biosynthetic pathway.
著者: Siitonen, V. / Selvaraj, B. / Niiranen, L. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. / Metsa-Ketela, M.

履歴

登録	2015年11月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月18日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5epa.cif.gz	629.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5epa.ent.gz	518.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5epa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5epa_validation.pdf.gz	484.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5epa_full_validation.pdf.gz	494.5 KB	表示
XML形式データ	5epa_validation.xml.gz	65.9 KB	表示
CIF形式データ	5epa_validation.cif.gz	93.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/5epa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/5epa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ep9SC 5equC 5erlC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7e4l-2 4bag-1 5iqv-3 3jxg-1 5ogo-d 5t22-2 6boq-2 5zdc-5 1va4-1 1hcb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SnoK

B: SnoK

C: SnoK

D: SnoK

E: SnoK

F: SnoK

ヘテロ分子

189 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SnoK

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: SnoK

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: SnoK

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: SnoK

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
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5

E: SnoK

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
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6

F: SnoK

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.009, 83.151, 271.677
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 262 / Label seq-ID: 17 - 274

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	SnoK / carbocyclase SnoK 分子量: 31269.061 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces nogalater (バクテリア) 遺伝子: snoK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RN60
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 999 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG MME 550, magnesium chloride, Tris/HCl, alpha ketoglutarate, ammonium ferric citrate PH範囲: 8.0-8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.24→47.7 Å / Num. obs: 96076 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 29.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2.24→2.32 Å / R_merge(I) obs: 0.632 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EP9

5ep9

解像度: 2.24→47.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 13.774 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.316 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22812	4146	5 %	RANDOM
R_work	0.19332	-	-	-
obs	0.19504	78850	99.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.704 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.24→47.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12138	0	69	999	13206

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	12588
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	11695
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.502	1.958	17119
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.296	3	26897
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.646	5	1544
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.879	22.812	601
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.13	15	1957
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.158	15	124
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	14238
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	2878
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.152	1.346	6173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.152	1.346	6172
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.947	2.013	7706
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.947	2.013	7707
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.827	1.549	6415
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.828	1.549	6411
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.769	2.233	9406
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.541	12.119	14763
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.468	11.488	14330
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	15754	0.07
1	2	B	15754	0.07
2	1	A	15744	0.07
2	2	C	15744	0.07
3	1	A	15718	0.08
3	2	D	15718	0.08
4	1	A	15681	0.08
4	2	E	15681	0.08
5	1	A	15366	0.08
5	2	F	15366	0.08
6	1	B	15711	0.07
6	2	C	15711	0.07
7	1	B	15674	0.08
7	2	D	15674	0.08
8	1	B	15712	0.07
8	2	E	15712	0.07
9	1	B	15507	0.06
9	2	F	15507	0.06
10	1	C	15876	0.06
10	2	D	15876	0.06
11	1	C	15791	0.06
11	2	E	15791	0.06
12	1	C	15492	0.07
12	2	F	15492	0.07
13	1	D	15725	0.07
13	2	E	15725	0.07
14	1	D	15473	0.07
14	2	F	15473	0.07
15	1	E	15519	0.07
15	2	F	15519	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.24→2.298 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	271	-
R_work	0.296	5623	-
obs	-	-	96.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5261	-0.039	0.1926	1.1305	-0.0536	1.5527	-0.0496	0.0826	0.0206	-0.0436	-0.0028	0.0144	-0.0815	0.0122	0.0525	0.0204	-0.0119	-0.019	0.1199	-0.0412	0.2633	37.818	3.502	13.573
2	3.1245	0.1024	0.5093	2.1448	0.5214	1.7443	0.0168	0.2603	-0.025	-0.1335	0.1083	-0.1015	-0.074	0.1352	-0.1252	0.0508	-0.0014	0.016	0.107	-0.0307	0.25	53.014	40.108	32.298
3	1.927	-0.0568	-0.1982	1.4057	-0.1255	0.9563	-0.0175	-0.1555	0.0284	0.1059	0.0287	-0.0288	-0.0007	0.0395	-0.0113	0.0109	0.0244	-0.0086	0.1746	-0.0249	0.2779	6.743	-8.491	54.986
4	1.7165	-0.3709	0.2568	1.1327	0.0375	1.2272	-0.0438	-0.028	-0.1671	0.0087	-0.0198	0.0837	0.0528	-0.0429	0.0635	0.0055	0.0123	0.0058	0.1319	-0.0153	0.3152	17.184	41.527	40.808
5	1.5287	0.1268	-0.1259	0.9478	-0.0456	1.4856	-0.016	-0.0205	0.0588	-0.0519	-0.0204	0.0217	-0.0265	0.0514	0.0365	0.0049	0.0084	-0.0153	0.0769	-0.0212	0.2534	47.003	-1.5	49.604
6	4.1253	0.0783	-0.0708	1.0686	0.1961	2.1985	0.0035	-0.1001	0.0181	-0.055	0.0316	0.0344	0.1502	-0.0941	-0.0351	0.0852	-0.0285	-0.0271	0.2016	-0.0241	0.3438	1.959	-3.28	8.373

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 262
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 262
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	5 - 262
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	5 - 262
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	5 - 262
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	5 - 262

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)