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- PDB-5eoo: Crystal structure of extended-spectrum beta-lactamase BEL-1 (mono... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eoo
タイトルCrystal structure of extended-spectrum beta-lactamase BEL-1 (monoclinic form)
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Extended-Spectrum Beta-Lactamase / citrate / native / Pseudomonas aeruginosa
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / ISOPROPYL ALCOHOL / TRIETHYLENE GLYCOL / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Pozzi, C. / De Luca, F. / Benvenuti, M. / Docquier, J.D. / Mangani, S.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the Pseudomonas aeruginosa BEL-1 Extended-Spectrum beta-Lactamase and Its Complexes with Moxalactam and Imipenem.
著者: Pozzi, C. / De Luca, F. / Benvenuti, M. / Poirel, L. / Nordmann, P. / Rossolini, G.M. / Mangani, S. / Docquier, J.D.
履歴
登録2015年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
置き換え2016年9月21日ID: 4MXG
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22016年12月7日Group: Database references
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,88415
ポリマ－115,6874
非ポリマー1,19711
水17,006944
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4536
ポリマ－28,9221
非ポリマー5315
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2643
ポリマ－28,9221
非ポリマー3422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1142
ポリマ－28,9221
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0534
ポリマ－28,9221
非ポリマー1313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.840, 94.690, 103.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 28921.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: bla(BEL1), blaBEL-1 / プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3SAW3, beta-lactamase

-
非ポリマー , 6種, 955分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 944 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.79 % / 解説: plate-shaped crystals
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 20% PEG 4600, 20% MPD, 0.1M sodium citrate, pH 5.6 / PH範囲: 5.6 - 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月13日
放射モノクロメーター: Si(311) and Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→51.78 Å / Num. all: 197506 / Num. obs: 157506 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 12.682 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 1.48→1.56 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 89.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOLREP位相決定
SCALAデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EOE

5eoe


解像度: 1.48→51.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.406 / SU ML: 0.053 / SU R Cruickshank DPI: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.074 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18665 7727 5 %RANDOM
Rwork0.16272 ---
obs0.16394 146381 87.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.975 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.157 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→51.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7951 0 75 944 8970
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0198413
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6461.98311456
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.835318759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.85151123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.84124.006362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.199151463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9831564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021872
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0541.3974247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0521.3974246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6022.0945325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6022.0955326
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6791.6374166
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6791.6384167
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.562.3796089
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.76912.67910361
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.76912.6810362
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.518 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 551 5 %
Rwork0.231 11091 -
obs--89.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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