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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5eo4 | ||||||
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タイトル | Structural and biochemical characterization of the hypothetical protein SAV2348 from Staphylococcus aureus. | ||||||
要素 | thioesterase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Thioesterases / hypothetical protein SAV2348 / staphylococcus aureus / coenzyme A | ||||||
機能・相同性 | Thioesterase-like superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta / Thioesterase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Khandokar, Y.B. / Srivastava, P. / Forwood, J.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural and biochemical characterization of the hypothetical protein SAV2348 from Staphylococcus aureus. 著者: Khandokar, Y.B. / Srivastava, P. / Forwood, J.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5eo4.cif.gz | 111.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5eo4.ent.gz | 86.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5eo4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5eo4_validation.pdf.gz | 437.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5eo4_full_validation.pdf.gz | 439 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5eo4_validation.xml.gz | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5eo4_validation.cif.gz | 30.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/5eo4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/5eo4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19118.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain Mu50 / ATCC 700699) (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: SAV2348 / プラスミド: pMCSG21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A0H3JSY9 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.2M ammonium tartrate dibasic pH6.2, 26% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→48 Å / Num. obs: 39242 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 11.91 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→44.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 0.002 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.747 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→44.43 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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