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- PDB-5enu: Crystal structure of an alkyl hyroperoxide reductase from Burkhol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5enu
タイトルCrystal structure of an alkyl hyroperoxide reductase from Burkholderia ambifaria
要素Alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Peroxiredoxin / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / cellular response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Peroxiredoxin, AhpC-type / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
thioredoxin-dependent peroxiredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia ambifaria (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an alkyl hyroperoxide reductase from Burkholderia ambifaria
著者: Mayclin, S.J. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2015年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22026年3月4日Group: Refinement description / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen
B: Alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0612
ポリマ－36,0612
非ポリマー00
水6,990388
1
A: Alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0311
ポリマ－18,0311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0311
ポリマ－18,0311
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.340, 37.010, 75.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen


分子量: 18030.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia ambifaria (バクテリア)
株: MC40-6 / 遺伝子: BamMC406_1774 / プラスミド: BuamA.01056.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1YRI5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MORPHEUS B4: 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 12.5% MPD, 100mM MES/imidazole pH6.5, 30mM NaF, 30mM NaBr, 30mM, NaI; BuamA.01056.a.B1.PS02485 at 17mg/mL; Direct cryo; tray 266491b4; puck gry8-1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月23日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 61179 / Num. obs: 60081 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.34 % / Biso Wilson estimate: 11.08 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 17.24 / Num. measured all: 260972
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.35-1.393.60.7960.4313.0215808452543830.50696.9
1.39-1.420.8640.3623.8916789437442190.41896.5
1.42-1.460.9220.2915.2518569422541370.3397.9
1.46-1.510.9530.2336.518505416140730.26497.9
1.51-1.560.9720.1738.4617704401239080.19797.4
1.56-1.610.9790.14310.1717212389938060.16397.6
1.61-1.670.9850.11811.916561373636810.13498.5
1.67-1.740.9890.113.7515927357835320.11398.7
1.74-1.820.9920.0816.6415349348634320.09198.5
1.82-1.910.9940.06719.6114516332932780.07698.5
1.91-2.010.9960.05423.3113568311430820.06199
2.01-2.130.9970.04726.4212960302529900.05498.8
2.13-2.280.9970.04329.0512206282128010.04999.3
2.28-2.460.9980.0430.6911317263126110.04699.2
2.46-2.70.9980.03932.6310473241623970.04499.2
2.7-3.020.9980.03534.29602219921880.03999.5
3.02-3.490.9990.03136.718441192219170.03599.7
3.49-4.270.9990.02937.727227167016620.03399.5
4.27-6.040.9990.02938.075518130912900.03298.5
6.040.9980.0336.127207476940.03492.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX(dev_2210)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
ARPモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ixrA

解像度: 1.35→50 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1708 1979 3.29 %Random selection
Rwork0.1345 58087 --
obs0.1357 60066 98.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.38 Å2 / Biso mean: 17.2265 Å2 / Biso min: 5.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2382 0 0 389 2771
Biso mean---29.06 -
残基数----310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072599
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8963546
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087397
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007469
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.498997
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.38380.24851410.20654089X-RAY DIFFRACTION97
1.3838-1.42120.19941410.16484027X-RAY DIFFRACTION97
1.4212-1.4630.21441400.13894073X-RAY DIFFRACTION98
1.463-1.51030.17321360.12864132X-RAY DIFFRACTION98
1.5103-1.56420.17571410.12444085X-RAY DIFFRACTION98
1.5642-1.62690.16781360.12014126X-RAY DIFFRACTION98
1.6269-1.70090.16681420.12114106X-RAY DIFFRACTION98
1.7009-1.79060.16711440.12894152X-RAY DIFFRACTION98
1.7906-1.90270.20481400.13264159X-RAY DIFFRACTION99
1.9027-2.04960.17091450.13124189X-RAY DIFFRACTION99
2.0496-2.25580.16171400.12914160X-RAY DIFFRACTION99
2.2558-2.58220.17681430.13644223X-RAY DIFFRACTION99
2.5822-3.25280.18451400.13764260X-RAY DIFFRACTION100
3.2528-500.1371500.13334306X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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