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- PDB-5en7: Crystal structure of the Smu1-RED complex (native) of Caenorhabdi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5en7
タイトルCrystal structure of the Smu1-RED complex (native) of Caenorhabditis elegans.
要素
  • SMU-1
  • Suppressor of Mec and Unc defects
キーワードSPLICING / LisH motif / CTLH / dimer / heterotetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


nematode larval development / muscle organ morphogenesis / mechanosensory behavior / locomotion / U2-type precatalytic spliceosome / embryo development ending in birth or egg hatching / precatalytic spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / neuron development / RNA splicing ...nematode larval development / muscle organ morphogenesis / mechanosensory behavior / locomotion / U2-type precatalytic spliceosome / embryo development ending in birth or egg hatching / precatalytic spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / neuron development / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nucleolus / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein RED, C-terminal / RED-like, N-terminal / Protein Red-like / RED-like protein C-terminal region / RED-like protein N-terminal region / WD40 repeat-containing protein SMU1 / LisH-like dimerisation domain / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. ...Protein RED, C-terminal / RED-like, N-terminal / Protein Red-like / RED-like protein C-terminal region / RED-like protein N-terminal region / WD40 repeat-containing protein SMU1 / LisH-like dimerisation domain / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / G-protein beta WD-40 repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Smu-1 suppressor of mec-8 and unc-52 protein / Smu-2 suppressor of mec-8 and unc-52 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.936 Å
データ登録者Ulrich, A.K.C. / Wahl, M.C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationWA1126/7-1 ドイツ
引用ジャーナル: to be published
タイトル: splicing factor
著者: Ulrich, A.K.C. / Schulz, J.F. / Kamprad, A. / Schuetze, T. / Wahl, M.C.
履歴
登録2015年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SMU-1
B: Suppressor of Mec and Unc defects
C: SMU-1
D: Suppressor of Mec and Unc defects
E: SMU-1
F: Suppressor of Mec and Unc defects
G: SMU-1
H: Suppressor of Mec and Unc defects


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,6928
ポリマ－110,6928
非ポリマー00
水2,540141
1
A: SMU-1
B: Suppressor of Mec and Unc defects
C: SMU-1
D: Suppressor of Mec and Unc defects


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3464
ポリマ－55,3464
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area22140 Å2
手法PISA
2
E: SMU-1
F: Suppressor of Mec and Unc defects
G: SMU-1
H: Suppressor of Mec and Unc defects


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3464
ポリマ－55,3464
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area22030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.322, 41.036, 126.382
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain C and segid C
31chain E and segid E
41chain G and segid G
12chain B and segid B
22chain D and segid D
32chain F and segid F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain C and segid CC0
311chain E and segid EE0
411chain G and segid GG0
112chain B and segid BB0
212chain D and segid DD0
312chain F and segid FF0

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
SMU-1 / Suppressor of Mec and Unc defects


分子量: 20708.719 Da / 分子数: 4 / 断片: NTR, UNP residues 2-181 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: smu-1, CC4.3, CELE_CC4.3 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: G5EEG7
#2: タンパク質
Suppressor of Mec and Unc defects


分子量: 6964.369 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 163-223 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: smu-2, CELE_Y49F6B.4, Y49F6B.4 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q9N4U5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.72 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.02 M MgCl2, 22 % [w/v] polyacrilic acid 5,100
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.936→46.16 Å / Num. obs: 26994 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 62.7 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.94→3.11 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 92.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5en6

5en6


解像度: 2.936→46.156 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2686 1350 5 %Random selection
Rwork0.2215 25634 --
obs0.2239 26984 98.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 167.65 Å2 / Biso mean: 67.6457 Å2 / Biso min: 17.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.936→46.156 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6320 0 0 141 6461
Biso mean---53.71 -
残基数----785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056411
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8988670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381034
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041106
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5612457
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3414X-RAY DIFFRACTION12.234TORSIONAL
12C3414X-RAY DIFFRACTION12.234TORSIONAL
13E3414X-RAY DIFFRACTION12.234TORSIONAL
14G3414X-RAY DIFFRACTION12.234TORSIONAL
21B217X-RAY DIFFRACTION12.234TORSIONAL
22D217X-RAY DIFFRACTION12.234TORSIONAL
23F217X-RAY DIFFRACTION12.234TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9361-3.0410.38961170.34742216233388
3.041-3.16280.3371370.30126022739100
3.1628-3.30670.36571320.26762521265399
3.3067-3.4810.32311360.260625822718100
3.481-3.6990.26161380.223826102748100
3.699-3.98440.281340.20642540267499
3.9844-4.38510.26361350.1852568270399
4.3851-5.0190.20541380.183326252763100
5.019-6.32080.26361380.230426342772100
6.3208-46.16180.23711450.2042736288199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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