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万見
- PDB-5emg: Crystal structures of PNA p(GCTGCTGC)2 duplex containing T-T mism... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5emg
タイトルCrystal structures of PNA p(GCTGCTGC)2 duplex containing T-T mismatches
要素GPN-CPN-TPN-GPN-CPN-TPN-GPN-CPN
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / PNA-PNA duplex / TREDs / T-T mismatches
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.06 Å
データ登録者Kiliszek, A. / Banaszak, K. / Dauter, Z. / Rypniewski, W.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号国
National Science CentreUMO-2011/01/B/NZ1/04429 ポーランド
Ministry of Science and Higher Education0450/IP1/2013/72 ポーランド
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: The first crystal structures of RNA-PNA duplexes and a PNA-PNA duplex containing mismatches-toward anti-sense therapy against TREDs.
著者: Kiliszek, A. / Banaszak, K. / Dauter, Z. / Rypniewski, W.
履歴
登録2015年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GPN-CPN-TPN-GPN-CPN-TPN-GPN-CPN
B: GPN-CPN-TPN-GPN-CPN-TPN-GPN-CPN
C: GPN-CPN-TPN-GPN-CPN-TPN-GPN-CPN
D: GPN-CPN-TPN-GPN-CPN-TPN-GPN-CPN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,30822
ポリマ－8,7444
非ポリマー56318
水3,549197
1
A: GPN-CPN-TPN-GPN-CPN-TPN-GPN-CPN
B: GPN-CPN-TPN-GPN-CPN-TPN-GPN-CPN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,61810
ポリマ－4,3722
非ポリマー2468
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area3140 Å2
手法PISA
2
C: GPN-CPN-TPN-GPN-CPN-TPN-GPN-CPN
D: GPN-CPN-TPN-GPN-CPN-TPN-GPN-CPN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,68912
ポリマ－4,3722
非ポリマー31710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area3250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.771, 42.896, 64.253
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
GPN-CPN-TPN-GPN-CPN-TPN-GPN-CPN


分子量: 2186.107 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: poly-PNA molecule; residues are connected by peptide bond
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.75 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 6mM MgCl2, HEPES and 2.4 M lithium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.06→20 Å / Num. obs: 36759 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 1.06→1.08 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.06→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.262 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19328 1464 4 %RANDOM
Rwork0.1631 ---
obs0.16437 35227 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.448 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.06→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数624 0 18 197 839
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0191063
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7892.8981491
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.44331431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0230.0191261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02246
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6971.0851063
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6941.0851063
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9431.6191493
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.08912.0881770
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.40111.0951636
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.16331695
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.967572
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.85851804
LS精密化 シェル解像度: 1.061→1.088 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 78 -
Rwork0.268 2577 -
obs--99.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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