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- PDB-5em2: Crystal structure of the Erb1-Ytm1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5em2
タイトルCrystal structure of the Erb1-Ytm1 complex
要素
  • Ribosome biogenesis protein ERB1
  • Ribosome biogenesis protein YTM1
キーワードRIBOSOME / ribosome biogenesis / complex / WD40 / transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


PeBoW complex / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, large subunit precursor / ribonucleoprotein complex binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
WD repeat WDR12/Ytm1 / BOP1, N-terminal domain / WD repeat BOP1/Erb1 / BOP1NT (NUC169) domain / BOP1NT (NUC169) domain / NLE / NLE (NUC135) domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H ...WD repeat WDR12/Ytm1 / BOP1, N-terminal domain / WD repeat BOP1/Erb1 / BOP1NT (NUC169) domain / BOP1NT (NUC169) domain / NLE / NLE (NUC135) domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome biogenesis protein ERB1 / Ribosome biogenesis protein YTM1
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Ahmed, Y.L. / Sinning, I.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Concerted removal of the Erb1-Ytm1 complex in ribosome biogenesis relies on an elaborate interface.
著者: Thoms, M. / Ahmed, Y.L. / Maddi, K. / Hurt, E. / Sinning, I.
履歴
登録2015年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome biogenesis protein ERB1
B: Ribosome biogenesis protein YTM1
C: Ribosome biogenesis protein ERB1
D: Ribosome biogenesis protein YTM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,70916
ポリマ－193,0024
非ポリマー70712
水3,297183
1
A: Ribosome biogenesis protein ERB1
B: Ribosome biogenesis protein YTM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8989
ポリマ－96,5012
非ポリマー3977
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area32930 Å2
手法PISA
2
C: Ribosome biogenesis protein ERB1
D: Ribosome biogenesis protein YTM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8117
ポリマ－96,5012
非ポリマー3105
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area33440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.662, 81.353, 141.695
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
12chain B
22chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUMETMETchain AAA432 - 80119 - 388
21LEULEUMETMETchain CCC432 - 80119 - 388
12ALAALAGLYGLYchain BBB10 - 48714 - 491
22ALAALAGLYGLYchain DDD10 - 48714 - 491

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Ribosome biogenesis protein ERB1 / Eukaryotic ribosome biogenesis protein 1


分子量: 43174.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
遺伝子: ERB1, CTHT_0057570 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: G0SCK6
#2: タンパク質 Ribosome biogenesis protein YTM1


分子量: 53326.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
遺伝子: YTM1, CTHT_0061460 / プラスミド: YEplac112 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): W303 / 参照: UniProt: G0SFB5
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.34 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20-28% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.2 % / 数: 306061 / Rmerge(I) obs: 0.163 / D res high: 2.67 Å / D res low: 48.61 Å / Num. obs: 58449 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRedundancy
2.672.7411.1765.2
11.6448.6110.0375.1
反射解像度: 2.67→48.61 Å / Num. obs: 58449 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 44.75 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 306061
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.67-2.745.21.1761.52326645040.5290.567100
11.64-48.615.10.03736.537887450.9990.01898.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.605
最高解像度最低解像度
Rotation48.61 Å2.95 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.67→48.609 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 27.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2509 5574 4.92 %
Rwork0.221 107833 -
obs0.2225 58449 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126.91 Å2 / Biso mean: 50.8885 Å2 / Biso min: 23.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.67→48.609 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12526 0 45 183 12754
Biso mean--47.83 39.92 -
残基数----1631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312861
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91717481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0351985
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9274635
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3382X-RAY DIFFRACTION6.925TORSIONAL
12C3382X-RAY DIFFRACTION6.925TORSIONAL
21B3982X-RAY DIFFRACTION6.925TORSIONAL
22D3982X-RAY DIFFRACTION6.925TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.67-2.70040.37272080.33083544375299
2.7004-2.73210.36931700.3353627379799
2.7321-2.76540.36092030.331435763779100
2.7654-2.80040.3661490.33013667381699
2.8004-2.83730.35072010.32493568376999
2.8373-2.87620.3412130.32063585379899
2.8762-2.91720.33061770.32153608378599
2.9172-2.96080.3281880.29913564375299
2.9608-3.0070.31731630.2943578374199
3.007-3.05630.30072100.29063550376099
3.0563-3.1090.30732090.28623481369098
3.109-3.16550.31541880.27663640382899
3.1655-3.22640.35411640.27713621378599
3.2264-3.29230.24922130.25223531374499
3.2923-3.36380.25291750.25053573374899
3.3638-3.44210.21741690.2373561373099
3.4421-3.52810.2961590.22993675383499
3.5281-3.62350.29452010.21393501370298
3.6235-3.73010.20772120.21733577378999
3.7301-3.85040.24031940.206736103804100
3.8504-3.9880.24161800.194936413821100
3.988-4.14760.21861810.187936153796100
4.1476-4.33620.23051550.170736553810100
4.3362-4.56470.18042000.15936043804100
4.5647-4.85040.1541700.151536143784100
4.8504-5.22450.21921850.159836033788100
5.2245-5.74950.21281710.189236373808100
5.7495-6.57980.19231780.19936123790100
6.5798-8.28310.24692060.201136173823100
8.2831-48.61680.22911820.19053598378099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.4289 Å / Origin y: 15.6363 Å / Origin z: 38.4202 Å
111213212223313233
T0.3383 Å2-0.0325 Å20.0134 Å2-0.2579 Å2-0.0655 Å2--0.304 Å2
L0.2602 °2-0.0975 °20.0233 °2-0.2496 °2-0.1845 °2--0.2896 °2
S0.0173 Å °-0.0593 Å °0.0392 Å °0.0163 Å °-0.0512 Å °0.0502 Å °0.0598 Å °-0.0817 Å °0.0312 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA432 - 801
2X-RAY DIFFRACTION1allB10 - 487
3X-RAY DIFFRACTION1allC432 - 801
4X-RAY DIFFRACTION1allD10 - 487
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 11
6X-RAY DIFFRACTION1allF1
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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