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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5elv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the GluA2 ligand-binding domain (S1S2J-L504-N775) in complex with glutamate and BPAM-521 at 1.92 A resolution | ||||||
![]() | Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / AMPA RECEPTOR LIGAND-BINDING DOMAIN / BPAM-521 ALLOSTERIC MODULATION / FUSION PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / cellular response to glycine / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / glutamate-gated receptor activity / presynaptic active zone membrane / response to fungicide / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / dendrite cytoplasm / SNARE binding / dendritic shaft / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / PDZ domain binding / protein tetramerization / postsynaptic density membrane / ionotropic glutamate receptor binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / modulation of chemical synaptic transmission / establishment of protein localization / terminal bouton / receptor internalization / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / presynaptic membrane / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Krintel, C. / Juknaite, L. / Frydenvang, K. / Kastrup, J.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Enthalpy-Entropy Compensation in the Binding of Modulators at Ionotropic Glutamate Receptor GluA2. 著者: Krintel, C. / Francotte, P. / Pickering, D.S. / Juknaite, L. / Phlsgaard, J. / Olsen, L. / Frydenvang, K. / Goffin, E. / Pirotte, B. / Kastrup, J.S. #1: ![]() タイトル: Synthesis, pharmacological and structural characterization, and thermodynamic aspects of GluA2-positive allosteric modulators with a 3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide scaffold. 著者: Noerholm, A.B. / Francotte, P. / Olsen, L. / Krintel, C. / Frydenvang, K. / Goffin, E. / Challal, S. / Danober, L. / Botez-Pop, I. / Lestage, P. / Pirotte, B. / Kastrup, J.S. #2: ![]() タイトル: Thermodynamics and structural analysis of positive allosteric modulation of the ionotropic glutamate receptor GluA2. 著者: Krintel, C. / Frydenvang, K. / Olsen, L. / Kristensen, M.T. / de Barrios, O. / Naur, P. / Francotte, P. / Pirotte, B. / Gajhede, M. / Kastrup, J.S. #3: ![]() タイトル: Positive allosteric modulators of 2-amino-3-(3-hydroxy-5-methylisoxazol-4-yl)propionic acid receptors belonging to 4-cyclopropyl-3,4-dihydro-2h-1,2,4-pyridothiadiazine dioxides and ...タイトル: Positive allosteric modulators of 2-amino-3-(3-hydroxy-5-methylisoxazol-4-yl)propionic acid receptors belonging to 4-cyclopropyl-3,4-dihydro-2h-1,2,4-pyridothiadiazine dioxides and diversely chloro-substituted 4-cyclopropyl-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxides. 著者: Francotte, P. / Noerholm, A.B. / Deva, T. / Olsen, L. / Frydenvang, K. / Goffin, E. / Fraikin, P. / de Tullio, P. / Challal, S. / Thomas, J.Y. / Iop, F. / Louis, C. / Botez-Pop, I. / Lestage, ...著者: Francotte, P. / Noerholm, A.B. / Deva, T. / Olsen, L. / Frydenvang, K. / Goffin, E. / Fraikin, P. / de Tullio, P. / Challal, S. / Thomas, J.Y. / Iop, F. / Louis, C. / Botez-Pop, I. / Lestage, P. / Danober, L. / Kastrup, J.S. / Pirotte, B. #4: ![]() タイトル: Probing the allosteric modulator binding site of GluR2 with thiazide derivatives. 著者: Ptak, C.P. / Ahmed, A.H. / Oswald, R.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 509.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 513.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3tdjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 29301.729 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues, 413-527,UNP residue, 653-797 / 変異: L504Y and N775S / 由来タイプ: 組換発現 詳細: THE PROTEIN COMPRISES SEGMENT S1 RESIDUES 413-527, A GT LINKER AND S2 RESIDUES 653-798. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 8種, 469分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/5PX.gif)
![](data/chem/img/GLU.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/5PX.gif)
![](data/chem/img/GLU.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ACT / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.97 % |
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結晶化 | 温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 20% PEG4000, 0.3 M lithium sulfate and 0.1 M phosphate-citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9753 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.92→34.25 Å / Num. all: 44908 / Num. obs: 44908 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 14.19 Å2 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.097 / Rsym value: 0.088 / Net I/av σ(I): 5.166 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 228349 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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-
解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3TDJ 解像度: 1.92→31.801 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 82.71 Å2 / Biso mean: 17.8297 Å2 / Biso min: 1.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.92→31.801 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16
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