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- PDB-5elp: Ketosynthase from module 1 of the bacillaene synthase from Bacill... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5elp
タイトルKetosynthase from module 1 of the bacillaene synthase from Bacillus amyloliquefaciens FZB42
要素NRPS/PKS protein
キーワードHYDROLASE / trans-AT / ketosynthase / polyketide / bacillaene
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3290 / : / RhiE-like, KS-MAT linker domain / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH ...Alpha-Beta Plaits - #3290 / : / RhiE-like, KS-MAT linker domain / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / ANL, N-terminal domain / : / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Wagner, D.T. / Gay, D.C. / Keatinge-Clay, A.T. / Zogzas, C.E.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: The LINKS motif zippers trans-acyltransferase polyketide synthase assembly lines into a biosynthetic megacomplex.
著者: Gay, D.C. / Wagner, D.T. / Meinke, J.L. / Zogzas, C.E. / Gay, G.R. / Keatinge-Clay, A.T.
履歴
登録2015年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: NRPS/PKS protein
A: NRPS/PKS protein
B: NRPS/PKS protein
D: NRPS/PKS protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,4874
ポリマ－273,4874
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area97280 Å2
2
B: NRPS/PKS protein

C: NRPS/PKS protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,7442
ポリマ－136,7442
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area46560 Å2
手法PISA
3
A: NRPS/PKS protein

D: NRPS/PKS protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,7442
ポリマ－136,7442
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area4710 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area43370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.620, 99.950, 100.840
Angle α, β, γ (deg.)91.93, 88.18, 96.04
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21A
12C
22B
13C
23D
14A
24B
15A
25D
16B
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUPROPROCA9 - 59926 - 616
21GLUGLUPROPROAB9 - 59826 - 616
12TYRTYRLYSLYSCA7 - 60024 - 617
22TYRTYRLYSLYSBC7 - 60024 - 617
13TYRTYRPROPROCA7 - 59924 - 616
23TYRTYRPROPRODD7 - 59924 - 616
14GLUGLULYSLYSAB9 - 59926 - 617
24GLUGLULYSLYSBC9 - 60026 - 617
15GLUGLULYSLYSAB9 - 59926 - 617
25GLUGLULYSLYSDD9 - 60026 - 617
16PROPROLYSLYSBC5 - 60022 - 617
26PROPROLYSLYSDD5 - 60022 - 617

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
NRPS/PKS protein


分子量: 68371.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
遺伝子: baeJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1RS73
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 32% PEG 400 (v/v), 0.2 M MgCl2, 100 mM HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→99.35 Å / Num. obs: 46279 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 1.1 % / Net I/σ(I): 15.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.93→99.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.874 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.552 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30252 2426 5 %RANDOM
Rwork0.26971 ---
obs0.27139 46279 94.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.501 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0.02 Å2
2---0.04 Å2-0.03 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.93→99.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16749 0 0 0 16749
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01917144
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0216133
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0941.9623125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.618337368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.59952135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.10724.532737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.93152897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.5281558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.22466
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02119250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023798
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4555.9218636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.4555.9218635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.5498.86410739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.5498.86510740
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8116.2748508
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8116.2748509
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.279.28212387
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.22749.03520499
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.22749.03820499
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11C515920.27
12A515920.27
21C512940.28
22B512940.28
31C487040.29
32D487040.29
41A512000.27
42B512000.27
51A493720.28
52D493720.28
61B494640.28
62D494640.28
LS精密化 シェル解像度: 2.93→3.006 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 164 -
Rwork0.359 3213 -
obs--89.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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