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万見
- PDB-5elh: Crystal structure of mouse Unkempt zinc fingers 1-3 (ZnF1-3), bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5elh
タイトルCrystal structure of mouse Unkempt zinc fingers 1-3 (ZnF1-3), bound to RNA
要素
  • RING finger protein unkempt homolog
  • RNA (5'-R(*UP*UP*AP*UP*U)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Unkempt / RNA-binding protein / CCCH zinc fingers / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA CDS binding / : / : / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / negative regulation of cytoplasmic translation / neuron migration / in utero embryonic development / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Unkempt, zinc finger domain 1 / RING finger protein Unkempt-like / Unkempt Zinc finger domain 1 (Znf1) / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RING finger protein unkempt homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Teplova, M. / Murn, J. / Zarnack, K. / Shi, Y. / Patel, D.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM104962 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Recognition of distinct RNA motifs by the clustered CCCH zinc fingers of neuronal protein Unkempt.
著者: Murn, J. / Teplova, M. / Zarnack, K. / Shi, Y. / Patel, D.J.
履歴
登録2015年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月23日Group: Database references
改定 1.22016年1月20日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RING finger protein unkempt homolog
B: RING finger protein unkempt homolog
R: RNA (5'-R(*UP*UP*AP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,95513
ポリマ－36,1783
非ポリマー77710
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area18230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.194, 56.559, 131.025
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 RING finger protein unkempt homolog / Zinc finger CCCH domain-containing protein 5


分子量: 17334.453 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 31-174 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Unk, Kiaa1753, Zc3h5, Zc3hdc5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BL48
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*AP*UP*U)-3')


分子量: 1508.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.2827 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2827 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→131 Å / Num. obs: 30245 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 14.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化解像度: 1.8→19.941 Å / FOM work R set: 0.7925 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2155 1525 5.06 %
Rwork0.1782 28589 -
obs0.1801 30114 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.41 Å2 / Biso mean: 29.15 Å2 / Biso min: 9.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→19.941 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2373 99 26 307 2805
Biso mean--59.88 33.61 -
残基数----287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072596
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0273533
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.57972
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.86150.46681410.40132471261297
1.8615-1.9280.34421320.29512544267699
1.928-2.00510.31981390.268525572696100
2.0051-2.09630.24821200.22962599271999
2.0963-2.20670.25841280.18922557268599
2.2067-2.34470.22891310.1812600273199
2.3447-2.52540.23111190.17022620273999
2.5254-2.7790.23851590.18162568272799
2.779-3.17970.221490.172426272776100
3.1797-4.00080.18991520.146526602812100
4.0008-19.94230.15491550.15042786294199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.93610.23580.29962.0317-0.14692.17920.0616-0.31690.04670.1905-0.00610.1924-0.0161-0.2889-0.03570.1739-0.00970.03190.1984-0.04390.16249.83186.4191113.5322
22.07150.154-0.00580.9808-0.61342.9097-0.00570.02690.09-0.01790.04230.0295-0.0385-0.0812-0.04220.12010.01710.00040.0677-0.00540.12486.7536-24.0251113.5776
30.2468-1.1818-0.22165.9591.01510.206-0.18110.0721-0.04140.04760.4424-0.15230.25430.0543-0.18790.17540.0203-0.04040.192-0.04640.172912.6853-36.3845119.8249
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 172 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 31 through 170 )B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'R' and (resid 1 through 5 )R0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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