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- PDB-5elf: Cholera toxin El Tor B-pentamer in complex with A-pentasaccharide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5elf
タイトルCholera toxin El Tor B-pentamer in complex with A-pentasaccharide
要素Cholera enterotoxin subunit B
キーワードTOXIN / Cholera toxin B-pentamer / Human milk oligosaccharide / complex / blood group oligosaccharide/antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface binding / galactose binding / catalytic complex / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / toxin activity / periplasmic space / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / alpha-D-glucopyranose / Cholera enterotoxin subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Heggelund, J.E. / Burschowsky, D. / Krengel, U.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: High-Resolution Crystal Structures Elucidate the Molecular Basis of Cholera Blood Group Dependence.
著者: Heggelund, J.E. / Burschowsky, D. / Bjrnestad, V.A. / Hodnik, V. / Anderluh, G. / Krengel, U.
履歴
登録2015年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cholera enterotoxin subunit B
B: Cholera enterotoxin subunit B
C: Cholera enterotoxin subunit B
D: Cholera enterotoxin subunit B
E: Cholera enterotoxin subunit B
F: Cholera enterotoxin subunit B
G: Cholera enterotoxin subunit B
H: Cholera enterotoxin subunit B
I: Cholera enterotoxin subunit B
J: Cholera enterotoxin subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,38342
ポリマ－116,60310
非ポリマー8,78032
水21,5101194
1
A: Cholera enterotoxin subunit B
B: Cholera enterotoxin subunit B
C: Cholera enterotoxin subunit B
D: Cholera enterotoxin subunit B
E: Cholera enterotoxin subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,19230
ポリマ－58,3025
非ポリマー4,89025
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Cholera enterotoxin subunit B
G: Cholera enterotoxin subunit B
H: Cholera enterotoxin subunit B
I: Cholera enterotoxin subunit B
J: Cholera enterotoxin subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,19112
ポリマ－58,3025
非ポリマー3,8907
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.626, 84.720, 195.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
Cholera enterotoxin subunit B / Cholera enterotoxin B chain / Cholera enterotoxin gamma chain / Choleragenoid


分子量: 11660.348 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: ctxB, toxB, VC_1456 / 発現宿主: Vibrio (バクテリア) / 株 (発現宿主): sp. 60 / 参照: UniProt: P01556

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糖 , 4種, 11分子

#2: 多糖
alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 837.771 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-2[DGalpNAca1-3]DGalpb1-4[LFucpa1-3]DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-2-4/a3-b1_a4-c1_c2-d1_c3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-GalpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 837.771 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-2[DGalpNAca1-3]DGalpb1-4[LFucpa1-3]DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-2-4/a3-b1_a4-c1_c2-d1_c3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}[(3+1)][a-D-GalpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1215分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Bicine-Tris, 9% PEG1000, 9% PEG3350, 9% MPD, 0.03 M calcium chloride, 0.03 M magnesium chloride. Microseeding.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→48.92 Å / Num. obs: 153547 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.2 % / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.55→1.64 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSJanuary 10, 2014データ削減
XDSJanuary 10, 2014データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CHB

3chb


解像度: 1.55→48.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.761 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21956 7664 5 %RANDOM
Rwork0.17907 ---
obs0.1811 145899 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.241 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.25 Å20 Å20 Å2
2--2.12 Å20 Å2
3----0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→48.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8170 0 554 1194 9918
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.029171
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.028775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9022.02912470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2313.03520418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.15451048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.44625.416373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.505151586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.311530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.21585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.029515
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021873
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4791.7994147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4761.7984146
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1782.6845177
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1792.6855178
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0542.1035024
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0522.1035024
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.133.0717283
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.64116.58411232
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.64216.58611233
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.549→1.589 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 530 -
Rwork0.352 10549 -
obs--97.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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