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- PDB-5elb: Cholera toxin classical B-pentamer in complex with Lewis-y -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5elb
タイトルCholera toxin classical B-pentamer in complex with Lewis-y
要素Cholera enterotoxin B subunit
キーワードTOXIN / Cholera toxin B-pentamer / Lewis-y / complex / blood group oligosaccharide/antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lewis Y antigen, alpha anomer / beta-D-galactopyranose / alpha-D-galactopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cholera enterotoxin B-subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Heggelund, J.E. / Burschowsky, D. / Krengel, U.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: High-Resolution Crystal Structures Elucidate the Molecular Basis of Cholera Blood Group Dependence.
著者: Heggelund, J.E. / Burschowsky, D. / Bjrnestad, V.A. / Hodnik, V. / Anderluh, G. / Krengel, U.
履歴
登録2015年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22017年10月11日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cholera enterotoxin B subunit
B: Cholera enterotoxin B subunit
C: Cholera enterotoxin B subunit
D: Cholera enterotoxin B subunit
E: Cholera enterotoxin B subunit
F: Cholera enterotoxin B subunit
G: Cholera enterotoxin B subunit
H: Cholera enterotoxin B subunit
I: Cholera enterotoxin B subunit
J: Cholera enterotoxin B subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,13761
ポリマ－116,23310
非ポリマー12,90451
水27,9231550
1
A: Cholera enterotoxin B subunit
B: Cholera enterotoxin B subunit
C: Cholera enterotoxin B subunit
D: Cholera enterotoxin B subunit
E: Cholera enterotoxin B subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,32940
ポリマ－58,1165
非ポリマー7,21235
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19860 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area21460 Å2
手法PISA
2
F: Cholera enterotoxin B subunit
G: Cholera enterotoxin B subunit
H: Cholera enterotoxin B subunit
I: Cholera enterotoxin B subunit
J: Cholera enterotoxin B subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,80921
ポリマ－58,1165
非ポリマー5,69216
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19260 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area22800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.333, 98.984, 152.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
Cholera enterotoxin B subunit / Cholera enterotoxin subunit B / Cholera toxin B protein (CTB) / Cholera toxin B subunit / Cholera ...Cholera enterotoxin subunit B / Cholera toxin B protein (CTB) / Cholera toxin B subunit / Cholera toxin beta subunit / Cholera toxin subunit B / Cholerae toxin B subunit / CtxB


分子量: 11623.267 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 (コレラ菌)
遺伝子: ctxB, EN12_07055, ERS013160_03498, ERS013165_03981, ERS013197_06217, ERS013202_03762, ERS013206_03003, ERS013207_03244, ERS013212_03447
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57193

-
糖 , 4種, 30分子

#2: 多糖
alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Lewis Y antigen / alpha anomer


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 675.630 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide with branches / 参照: Lewis Y antigen, alpha anomer
記述子タイププログラム
LFucpa1-2DGalpb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-3-2/a3-b1_a4-c1_c2-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 878.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-2DGalpb1-4DGlcpNAca1-3LFucpa1-3DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖
ChemComp-GLA / alpha-D-galactopyranose / alpha-D-galactose / D-galactose / galactose / ALPHA D-GALACTOSE / α-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 1571分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物
ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Bicine-Tris, 10% PEG1000, 10% PEG3350, 10% MPD, 0.03 M calcium chloride, 0.03 M magnesium chloride. Microseeding.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→49.5 Å / Num. obs: 369957 / % possible obs: 78.9 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 12.48
反射 シェル解像度: 1.08→1.14 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 19.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSJanuary 10, 2014データ削減
XDSJanuary 10, 2014データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CHB

3chb


解像度: 1.08→49.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 1.311 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15548 18334 5 %RANDOM
Rwork0.1205 ---
obs0.12221 351626 78.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.551 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20 Å20 Å2
2--0.91 Å20 Å2
3----1.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.08→49.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8140 0 707 1550 10397
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.02110284
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0219758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2182.06214142
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2953.05622897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.17351217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.33325.36403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.614151768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg30.6421532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1920.21872
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0210575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022061
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6341.1274438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6031.1264437
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8811.6915632
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8821.6915633
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.681.4685846
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.681.4685847
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1932.1378452
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.91512.31312720
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.91512.31312721
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.535320042
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free38.8555321
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.706521012
LS精密化 シェル解像度: 1.076→1.104 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 165 -
Rwork0.344 3376 -
obs--10.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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