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- PDB-5el2: Crystal structure of Odorant Binding Protein 1 from Anopheles gam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5el2
タイトルCrystal structure of Odorant Binding Protein 1 from Anopheles gambiae (AgamOBP1) with Icaridin (butan-2-yl 2-(2-hydroxyethyl)piperidine-1-carboxylate)
要素AGAP003309-PA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / INSECT ODORANT BINDING PROTEIN / OBP1 / AGAMOBP1 / OLFACTION / ICARIDIN / butan-2-yl 2-(2-hydroxyethyl)piperidine-1-carboxylate
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stimulus / odorant binding / sensory perception of smell
類似検索 - 分子機能
Pheromone/general odorant binding protein domain / Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Icaridin / AGAP003309-PA
類似検索 - 構成要素
生物種Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Drakou, C.E. / Tsitsanou, K.E. / Zographos, S.E.
資金援助 ギリシャ, 4件
組織認可番号国
general secretariat for research and technologyGSRT 14TUR ギリシャ
European CommissionGA-222927 ギリシャ
European CommissionGA-245866 ギリシャ
European CommissionGA-283570 ギリシャ
引用ジャーナル: Cell. Mol. Life Sci. / 年: 2017
タイトル: The crystal structure of the AgamOBP1Icaridin complex reveals alternative binding modes and stereo-selective repellent recognition.
著者: Drakou, C.E. / Tsitsanou, K.E. / Potamitis, C. / Fessas, D. / Zervou, M. / Zographos, S.E.
履歴
登録2015年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AGAP003309-PA
B: AGAP003309-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0377
ポリマ－29,0952
非ポリマー9425
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.984, 68.476, 61.675
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 AGAP003309-PA / Odorant-binding protein AgamOBP1


分子量: 14547.619 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 20-144 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
遺伝子: AgamOBP1, OBP17, AgaP_AGAP003309, agCG48275 / プラスミド: PET-22B(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ORIGAMI B / 参照: UniProt: Q8I8T0
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-KBR / Icaridin / Picaridin / Bayrepel / KBR 3023 / (2S)-2-(2-ヒドロキシエチル)ピペリジン-1-カルボン酸(1R)-1-メチルプロピル


分子量: 229.316 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H23NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 32% PEG 8000, 250 mM MgCl2, 50 mM Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月23日
詳細: 1st mirror: Rh-coated Si mirror, bent for vertical collimation; 2nd mirror: Rh-coated toroidal Si mirror
放射モノクロメーター: double crystal Si(111), first crystal indirectly water-cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→60.81 Å / Num. all: 24664 / Num. obs: 24664 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.1 % / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.062 / Rsym value: 0.054 / Net I/av σ(I): 11.908 / Net I/σ(I): 17.6 / Num. measured all: 100635
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.75-1.843.80.38121334835310.2240.3813.598.6
1.84-1.964.20.25531427233990.1410.2555.698.9
1.96-2.094.20.155.21342332040.0830.159.199.3
2.09-2.264.20.0987.81240929730.0550.09813.399.4
2.26-2.474.20.07710.11146627520.0430.07716.499.4
2.47-2.774.10.05613.41024824810.0320.05621.499.6
2.77-3.24.10.03818.5888721850.0210.0382999.6
3.2-3.9140.02921752118720.0160.02938.899.6
3.91-5.5340.02623.7580114440.0140.02644.699.4
5.53-28.52640.02225.632608230.0130.02243.899.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.21データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ERB

2erb


解像度: 1.75→60.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 3.306 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2209 1253 5.1 %RANDOM
Rwork0.1775 ---
obs0.1796 23395 99.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.78 Å2 / Biso mean: 19.18 Å2 / Biso min: 9.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20 Å2-1.89 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→60.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2034 0 65 307 2406
Biso mean--35.24 28.6 -
残基数----250
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192431
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022271
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3951.9913307
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1263.0125350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.345299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.75125.556117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.64815455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.057157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212751
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8621.7341133
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.861.7331132
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.432.5911453
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 89 -
Rwork0.263 1688 -
all-1777 -
obs--98.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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