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- PDB-5ekt: Crystal structure of mutant-K146A of peptidyl-tRNA hydrolase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ekt
タイトルCrystal structure of mutant-K146A of peptidyl-tRNA hydrolase from Vibrio cholerae at 1.63A resolution.
要素Peptidyl-tRNA hydrolaseAlternative ribosome-rescue factor B
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Peptidyl-tRNA hydrolase / K146A mutant / Vibrio cholerae (コレラ菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-tRNA hydrolase / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / 翻訳 (生物学) / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-tRNA hydrolase / Peptidyl-tRNA hydrolase signature 2. / Peptidyl-tRNA hydrolase signature 1. / Peptidyl-tRNA hydrolase / Peptidyl-tRNA hydrolase, conserved site / Peptidyl-tRNA hydrolase superfamily / Peptidyl-tRNA hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / Peptidyl-tRNA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Shahid, S. / Kabr, A. / Pal, R.K. / Arora, A.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of mutant-K146A of peptidyl-tRNA hydrolase from Vibrio cholerae at 1.63A resolution.
著者: Shahid, S. / Kabra, A. / Pal, R.K. / Arora, A.
履歴
登録2015年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-tRNA hydrolase
B: Peptidyl-tRNA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6253
ポリマ－43,4362
非ポリマー1891
水6,900383
1
A: Peptidyl-tRNA hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7181
ポリマ－21,7181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptidyl-tRNA hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9072
ポリマ－21,7181
非ポリマー1891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area16870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.934, 74.295, 123.571
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 1 - 197 / Label seq-ID: 3 - 199

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Peptidyl-tRNA hydrolase / Alternative ribosome-rescue factor B / PTH


分子量: 21718.064 Da / 分子数: 2 / 変異: K146A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: pth, VC_2184 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KQ21, peptidyl-tRNA hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト / クエン酸


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Val (2) was introduced due to cloning artifact.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM Sodium citrate (pH 8), 200mM Ammonium acetate, 20% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 46655 / % possible obs: 88.4 % / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 32.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZXP

4zxp


解像度: 1.63→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.843 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2281 2345 5.1 %RANDOM
Rwork0.18711 ---
obs0.18914 44043 88.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.066 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å20 Å20 Å2
2--1.23 Å2-0 Å2
3----0.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3034 0 13 383 3430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0193106
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.023086
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.971.984188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.65237108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7345392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.61624.545132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.13315552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0761516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02682
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1571.6641574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1521.6621573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9512.4911964
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.952.4931965
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5812.0541532
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5712.0531530
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9982.9332224
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.64515.9353808
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.63715.9193804
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 23910 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.628→1.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 188 -
Rwork0.23 3663 -
obs--99.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.20660.61660.22151.71920.89461.89120.0105-0.13520.1345-0.0013-0.0440.1478-0.1679-0.01070.03350.0310.00140.00530.0254-0.01580.0219-21.146-5.6225.848
21.0643-0.115-0.39391.6974-0.84772.39820.01730.12830.0423-0.0340.13930.1463-0.04-0.1943-0.15660.0434-0.0108-0.02440.0380.03230.0382-21.331-1.792-28.141
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 197
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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