PDB-5eks: Structure of 3-dehydroquinate synthase from Acinetobacter baumann...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eks

タイトル

Structure of 3-dehydroquinate synthase from Acinetobacter baumannii in complex with NAD

要素

3-dehydroquinate synthase

キーワード

LYASE / SSGCID / Acinetobacter baumannii / 3-dehydroquinate synthase / NAD / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

3-dehydroquinate synthase / 3-dehydroquinate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of 3-dehydroquinate synthase from Acinetobacter baumannii in complex with NAD
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2015年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5eks.cif.gz	299 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5eks.ent.gz	238.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5eks.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5eks_validation.pdf.gz	944.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5eks_full_validation.pdf.gz	945.8 KB	表示
XML形式データ	5eks_validation.xml.gz	32 KB	表示
CIF形式データ	5eks_validation.cif.gz	48.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/5eks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/5eks	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3okfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xcs-1 6t6o-d 1nhc-3 4dqd-d 6ao1-1 4gsj-d 2ofj-1 1k5c-d 4a37-1 1nhc-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-AcbaC.17683.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3-dehydroquinate synthase

B: 3-dehydroquinate synthase

ヘテロ分子

82.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 3-dehydroquinate synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 3-dehydroquinate synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.3 kDa, 1 ポリマー
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3

A: 3-dehydroquinate synthase

ヘテロ分子

B: 3-dehydroquinate synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
82.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.400, 58.920, 104.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.400, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3-dehydroquinate synthase 分子量: 40564.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 株: AB5075-UW 遺伝子: aroB, AB895_1177, AB988_0958, AB994_2838, ABCIP7010_3378, ABUW_0296, ACX61_01585, IOMTU433_0312, RU84_01465, TE32_01480, VM83_15710 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: V5V8R5, 3-dehydroquinate synthase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Rigaku Reagents JCSG+ screen, B10: 50% PEG 200, 200mM MgCl2, 100mM Na-cacodylate/HCl pH 6.5; AcbaC.17683.a.B1.PS02371 at 10.6mg/ml, 2.5mM NAD; cryo: direct; tray 263095b10, puck jtp5-6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月24日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 60565 / Num. obs: 60449 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.17 % / B_iso Wilson estimate: 18.18 Å² / R_merge F obs: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_rim(I) all: 0.092 / Χ²: 0.976 / Net I/σ(I): 13.32 / Num. measured all: 252073

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.85-1.9	4.19	0.858	0.538	2.62	18710	4470	4463	0.616	99.8
1.9-1.95		0.887	0.435	3.26	18037	4316	4315	0.498	100
1.95-2.01		0.922	0.35	4.06	17660	4211	4212	0.4	100
2.01-2.07		0.94	0.275	5.18	17229	4096	4098	0.315	100
2.07-2.14		0.963	0.23	6.21	16658	3977	3968	0.264	99.8
2.14-2.21		0.975	0.184	7.52	16093	3842	3838	0.211	99.9
2.21-2.29		0.98	0.165	8.5	15588	3729	3727	0.189	99.9
2.29-2.39		0.986	0.135	10.09	15040	3583	3578	0.155	99.9
2.39-2.49		0.989	0.121	11.06	14262	3406	3398	0.138	99.8
2.49-2.62		0.991	0.102	13.09	13834	3307	3305	0.117	99.9
2.62-2.76		0.993	0.087	15.14	13155	3139	3138	0.1	100
2.76-2.93		0.994	0.075	17.38	12368	2976	2969	0.086	99.8
2.93-3.13		0.996	0.06	20.57	11456	2757	2753	0.069	99.9
3.13-3.38		0.997	0.049	24.34	10717	2598	2591	0.057	99.7
3.38-3.7		0.998	0.044	27.73	9785	2399	2385	0.05	99.4
3.7-4.14		0.998	0.036	31.79	8918	2180	2176	0.041	99.8
4.14-4.78		0.998	0.034	33.53	7842	1922	1910	0.039	99.4
4.78-5.85		0.998	0.032	32.24	6837	1652	1645	0.037	99.6
5.85-8.27		0.999	0.03	32.65	5224	1274	1271	0.034	99.8
8.27-50		0.998	0.027	37.06	2660	731	709	0.031	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
ARP		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX	dev_2210	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3okf

3okf

解像度: 1.85→48.029 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2144	2009	3.32 %	Random selection
R_work	0.1671	58415	-	-
obs	0.1686	60424	99.81 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.01 Å² / B_iso mean: 23.9529 Å² / B_iso min: 9.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→48.029 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5346	0	90	624	6060
B_iso mean	-	-	16.97	33.8	-
残基数	-	-	-	-	709

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5632
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.832	7688
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	897
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	988
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.287	3345

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.85-1.8963	0.3158	153	0.2285	4137	4290	100
1.8963-1.9475	0.2628	139	0.2131	4153	4292	100
1.9475-2.0048	0.2728	137	0.2003	4142	4279	100
2.0048-2.0696	0.2624	126	0.189	4169	4295	100
2.0696-2.1435	0.2813	145	0.1816	4158	4303	100
2.1435-2.2294	0.2295	138	0.1717	4157	4295	100
2.2294-2.3308	0.245	143	0.1702	4160	4303	100
2.3308-2.4537	0.2311	143	0.1697	4175	4318	100
2.4537-2.6074	0.2148	127	0.1697	4152	4279	100
2.6074-2.8087	0.2071	151	0.1721	4180	4331	100
2.8087-3.0913	0.2256	160	0.1712	4192	4352	100
3.0913-3.5385	0.1808	149	0.1576	4155	4304	100
3.5385-4.4577	0.1804	147	0.1359	4201	4348	100
4.4577-48.045	0.182	151	0.1566	4284	4435	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6213	0.8	0.1294	1.6665	-0.2815	3.2415	0.1624	-0.1741	0.0374	0.3498	-0.0412	-0.0702	-0.2192	0.1353	-0.0547	0.243	0.0344	0.0282	0.1448	-0.0286	0.17	22.7293	11.9595	-10.4314
2	1.1574	0.2127	-0.1865	1.1323	-0.1283	1.0299	0.0323	0.0024	0.0574	0.1705	0.0379	0.0643	-0.0877	-0.0218	-0.0754	0.1472	0.0314	0.0212	0.127	-0.003	0.1398	20.7467	6.3344	-21.3788
3	1.0496	0.3359	0.2117	2.8151	-0.3659	0.7735	0.064	0.0307	-0.0039	0.1113	-0.0442	0.0463	-0.0206	0.0325	-0.0325	0.1662	0.0243	0.0354	0.1657	0.0041	0.1169	10.6393	-12.5535	-6.3974
4	5.4037	0.1826	0.0067	5.3301	2.0679	3.1716	0.072	0.3874	-0.2397	0.1832	0.1388	-0.2315	0.1716	0.1894	-0.1827	0.2323	0.0595	0.004	0.1384	0.0392	0.0949	14.5705	-25.8521	-7.8091
5	3.0139	0.4366	0.6134	1.9714	-0.6015	1.461	-0.0423	-0.233	-0.3577	0.2035	-0.0007	-0.2733	0.0318	0.1429	0.0422	0.1486	0.045	-0.0001	0.123	0.0058	0.1689	-8.5202	-14.9906	-32.47
6	1.2478	-0.0073	-0.4145	1.2292	0.0439	0.8953	-0.0422	-0.0114	-0.0229	0.0608	0.0623	0.0607	0.0465	-0.0256	-0.0165	0.1227	0.0135	-0.0027	0.1361	-0.006	0.1363	-18.8796	-8.7454	-36.4829
7	0.8271	0.1859	0.3265	2.4102	-0.3276	0.5438	0.0098	-0.0369	0.0222	0.0573	0.0166	-0.0414	0.0014	-0.0353	-0.0252	0.0888	0.0134	-0.0102	0.1354	-0.0083	0.117	-0.5668	8.507	-42.2202
8	2.3256	-1.5585	0.3936	3.8108	0.5443	2.1561	-0.0982	-0.1066	0.2171	0.0957	-0.0162	0.0764	-0.2293	-0.2459	0.1279	0.0907	-0.0081	-0.0017	0.1492	-0.0224	0.1761	-6.6804	22.1205	-42.5654

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 44 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 173 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 174 through 319 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 320 through 360 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -1 through 43 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 44 through 173 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 174 through 299 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 300 through 360 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)