PDB-5ekc: Thermostable aldehyde dehydrogenase from Pyrobaculum sp.1860 comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ekc

タイトル

Thermostable aldehyde dehydrogenase from Pyrobaculum sp.1860 complexed with NADP+

要素

Aldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Aldehyde dehydrogenase / thermostable

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrobaculum sp. 1860 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.895 Å

データ登録者

Petrova, T. / Bezsudnova, E.Y. / Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Rakitina, T.V. / Shabalin, I.G. / Popov, V.O.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of thermostable aldehyde dehydrogenase from Pyrobaculum sp.1860 complexed with NADP+
著者: Bezsudnova, E.Y. / Petrova, T.E. / Rakitina, T.V. / Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Polyakov, K.M. / Shabalin, I.G. / Popov, V.O.

履歴

登録	2015年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ekc.cif.gz	789.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ekc.ent.gz	653 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ekc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ekc_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ekc_full_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示
XML形式データ	5ekc_validation.xml.gz	156.7 KB	表示
CIF形式データ	5ekc_validation.cif.gz	223.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/5ekc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/5ekc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4h73S 1h73 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4h73-6 5euy-1 5eeb-1 5exf-2 3rhj-d 5l13-1 4pz2-d 5eeb-2 5f2c-1 4h73-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (5) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Aldehyde dehydrogenase

B: Aldehyde dehydrogenase

C: Aldehyde dehydrogenase

D: Aldehyde dehydrogenase

E: Aldehyde dehydrogenase

F: Aldehyde dehydrogenase

G: Aldehyde dehydrogenase

H: Aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

442 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aldehyde dehydrogenase

B: Aldehyde dehydrogenase

C: Aldehyde dehydrogenase

D: Aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
221 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Aldehyde dehydrogenase

F: Aldehyde dehydrogenase

G: Aldehyde dehydrogenase

H: Aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
221 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.550, 185.210, 208.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Aldehyde dehydrogenase 分子量: 54459.207 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum sp. 1860 (古細菌) / 遺伝子: P186_1147 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Dlt1270/prare2 / 参照: UniProt: G7VCG0
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES 0.05 M, pH=7.5 NaCl 0.05 M

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.895→49.646 Å / Num. obs: 492441 / % possible obs: 98.55 % / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 27.3
反射シェル	解像度: 1.895→1.92 Å / R_merge(I) obs: 0.754 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4H73

4h73

解像度: 1.895→49.646 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2206	24744	5.02 %	Random selection
R_work	0.193	-	-	-
obs	0.1944	492441	98.55 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.895→49.646 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29989	0	312	2639	32940

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	31168
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.017	42383
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.917	11387
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	4794
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	5435

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8949-1.9165	0.3018	682	0.2752	13023	X-RAY DIFFRACTION	83
1.9165-1.939	0.2967	841	0.2708	14936	X-RAY DIFFRACTION	95
1.939-1.9627	0.3342	784	0.279	15396	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9627-1.9875	0.2921	818	0.2589	15553	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9875-2.0137	0.2917	825	0.2509	15554	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0137-2.0413	0.2803	833	0.247	15592	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0413-2.0704	0.2683	825	0.2369	15633	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0704-2.1013	0.2769	836	0.232	15683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1013-2.1342	0.2578	801	0.2302	15638	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1342-2.1691	0.266	833	0.2285	15612	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1691-2.2065	0.2656	812	0.2289	15474	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2065-2.2467	0.2476	852	0.2144	15410	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2467-2.2899	0.2338	824	0.21	15740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2899-2.3366	0.2414	865	0.2125	15556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3366-2.3874	0.243	864	0.2064	15710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3874-2.443	0.24	817	0.2078	15718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.443-2.5041	0.2448	839	0.2054	15784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5041-2.5718	0.2366	854	0.2039	15696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5718-2.6474	0.2586	749	0.2045	15809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6474-2.7329	0.2316	825	0.2035	15737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7329-2.8305	0.2269	794	0.1965	15626	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8305-2.9439	0.2284	817	0.1923	15597	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9439-3.0778	0.2235	867	0.1979	15793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0778-3.2401	0.216	841	0.1969	15861	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2401-3.443	0.1989	836	0.1824	15877	X-RAY DIFFRACTION	100
3.443-3.7088	0.1929	841	0.1714	15843	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7088-4.0818	0.1727	818	0.1495	15827	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0818-4.6721	0.1564	847	0.1344	15734	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6721-5.8849	0.166	843	0.1465	16074	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8849-49.663	0.1775	861	0.1638	16212	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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