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- PDB-5ejr: Structure of Dictyostelium Discoideum Myosin VII MyTH4-FERM MF2 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ejr
タイトルStructure of Dictyostelium Discoideum Myosin VII MyTH4-FERM MF2 domain
要素Myosin-I heavy chain
キーワードMOTOR PROTEIN / Myosin / motor myosin / myosin tail / MyTH4-FERM
機能・相同性
機能・相同性情報


spore germination / filopodium tip / actin filament-based movement / filopodium assembly / myosin complex / microfilament motor activity / cell-substrate adhesion / cell leading edge / cytoskeletal motor activity / phagocytosis ...spore germination / filopodium tip / actin filament-based movement / filopodium assembly / myosin complex / microfilament motor activity / cell-substrate adhesion / cell leading edge / cytoskeletal motor activity / phagocytosis / phagocytic cup / actin filament organization / filopodium / endocytosis / cell morphogenesis / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin binding / cell cortex / microtubule binding / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DdMyo7 FERM domain / MyTH4 domain / : / MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. / Domain in Myosin and Kinesin Tails / RA like domain ...: / DdMyo7 FERM domain / MyTH4 domain / : / MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. / Domain in Myosin and Kinesin Tails / RA like domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Variant SH3 domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / FERM central domain / PH-domain like / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Kinesin motor domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha Horseshoe / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin-I heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Planelles-Herrero, V.J. / Sirkia, H. / Sourigues, Y. / Clause, J. / Titus, M.A. / Houdusse, A.
資金援助 フランス, 5件
組織認可番号国
CNRS フランス
French National Research Agency フランス
FRM フランス
Ligue Nationale contre le Cancer フランス
ARC フランス
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Myosin MyTH4-FERM structures highlight important principles of convergent evolution.
著者: Planelles-Herrero, V.J. / Blanc, F. / Sirigu, S. / Sirkia, H. / Clause, J. / Sourigues, Y. / Johnsrud, D.O. / Amigues, B. / Cecchini, M. / Gilbert, S.P. / Houdusse, A. / Titus, M.A.
履歴
登録2015年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-I heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7578
ポリマ－58,3221
非ポリマー4347
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint23 kcal/mol
Surface area25480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.020, 58.950, 64.360
Angle α, β, γ (deg.)90.070, 96.780, 108.480
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Myosin-I heavy chain / Class VII unconventional myosin / DdMVII / DdM7


分子量: 58322.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: myoI, DDB_G0274455 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: Q9U1M8
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.15 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 18% PEG 1500, 0.1M MMT (DL-Malic Acid-MES-Tris) pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 36454 / % possible obs: 97.51 % / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / % possible all: 95.07

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.1精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX2.5.6位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 2→41.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9404 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9218 / SU R Cruickshank DPI: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.171 / SU Rfree Blow DPI: 0.15 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.152
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2179 1798 4.93 %RANDOM
Rwork0.1788 ---
obs0.1808 36454 97.51 %-
原子変位パラメータBiso max: 135.84 Å2 / Biso mean: 40.07 Å2 / Biso min: 10.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.0235 Å24.6655 Å2-1.8514 Å2
2--3.0203 Å24.4864 Å2
3---1.0032 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.252 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→41.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4049 0 30 271 4350
Biso mean--39.39 40.37 -
残基数----503
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1506SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes116HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes584HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4198HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion575SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5108SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4198HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5665HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.98
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.16
LS精密化 シェル解像度: 2→2.06 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2335 119 4.11 %
Rwork0.2276 2779 -
all0.2278 2898 -
obs--97.51 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.3447 Å / Origin y: -42.9024 Å / Origin z: -62.1179 Å
111213212223313233
T0.0256 Å2-0.0554 Å2-0.0035 Å2--0.0632 Å2-0.0059 Å2---0.0516 Å2
L0.1221 °20.1428 °2-0.0553 °2-0.8863 °20.271 °2--0.6407 °2
S-0.0761 Å °0.062 Å °-0.0088 Å °-0.1697 Å °0.0575 Å °0.0426 Å °0.2072 Å °-0.1175 Å °0.0187 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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