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- PDB-5eiy: Bacterial cellulose synthase bound to a substrate analogue -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eiy
タイトルBacterial cellulose synthase bound to a substrate analogue
要素
  • (Putative cellulose ...) x 2
  • poly(unk)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / cellulose biosynthesis / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose synthase (UDP-forming) / cellulose synthase (UDP-forming) activity / cellulose biosynthetic process / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / cyclic-di-GMP binding / endomembrane system / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4520 / Chitobiase; domain 2 - #20 / Chitobiase; domain 2 - #30 / : / Cellulose Synthase Subunit B, alpha-beta domain / Cellulose synthase, subunit A / : / Cellulose synthase BcsB, bacterial / Bacterial cellulose synthase subunit / Cellulose synthase ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4520 / Chitobiase; domain 2 - #20 / Chitobiase; domain 2 - #30 / : / Cellulose Synthase Subunit B, alpha-beta domain / Cellulose synthase, subunit A / : / Cellulose synthase BcsB, bacterial / Bacterial cellulose synthase subunit / Cellulose synthase / predicted glycosyltransferase like domains / Glycosyltransferase like family 2 / PilZ domain / PilZ domain / Chitobiase; domain 2 / Glycosyl transferase family 2 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Galactose-binding domain-like / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Thrombin, subunit H / Jelly Rolls / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Beta Barrel / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-43Y / Chem-660 / Chem-C2E / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / Cellulose synthase catalytic subunit [UDP-forming] / Cyclic di-GMP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者McNamara, J.T. / Zimmer, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Observing cellulose biosynthesis and membrane translocation in crystallo.
著者: Morgan, J.L. / McNamara, J.T. / Fischer, M. / Rich, J. / Chen, H.M. / Withers, S.G. / Zimmer, J.
履歴
登録2015年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22016年3月30日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cellulose synthase
B: Putative cellulose synthase
D: poly(unk)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,03213
ポリマ－167,8123
非ポリマー6,22010
水19811
1
A: Putative cellulose synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,21110
ポリマ－90,0151
非ポリマー6,1969
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative cellulose synthase
D: poly(unk)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8223
ポリマ－77,7972
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.475, 216.654, 221.335
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Putative cellulose ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative cellulose synthase


分子量: 90014.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158) (バクテリア)
株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: RSP_0333 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3J125, cellulose synthase (UDP-forming)
#2: タンパク質 Putative cellulose synthase


分子量: 77013.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: RSP_0332 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3J126

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 D

#3: タンパク質・ペプチド poly(unk)


分子量: 783.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2774.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,17,16/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g4-h1_h4-i1_i4-j1_j4-k1_k4-l1_l4-m1_m4-n1_n4-o1_o4-p1_p4-q1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}}}}}}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 7種, 20分子

#5: 化合物 ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 622.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H65NO8P / コメント: リン脂質*YM
#6: 化合物 ChemComp-43Y / [(2R)-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-2-propanoyloxy-propyl] propanoate / 1,2-dipropionyl-sn-glycero-3-phosphocholine / [O-(1-O,2-O-ジプロピオニル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン]アニオン


分子量: 370.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H29NO8P
#7: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#8: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物 ChemComp-660 / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-[[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl]phosphinic acid / UDP-glucose phosphonate


分子量: 564.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26N2O16P2
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.04 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→35 Å / Num. obs: 133706 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 5.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P00

4p00


解像度: 2.95→34.92 Å / FOM work R set: 0.7935 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 28.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2481 6659 4.98 %
Rwork0.2215 127047 -
obs0.2229 133706 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 239.95 Å2 / Biso mean: 83.94 Å2 / Biso min: 38.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→34.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10689 0 408 11 11108
Biso mean--88.18 62.72 -
残基数----1395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311423
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90515635
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0321827
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041980
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8034151
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.95-2.98350.39172070.357242984505100
2.9835-3.01860.32991840.340242664450100
3.0186-3.05540.3462200.334841834403100
3.0554-3.09410.36522520.326942684520100
3.0941-3.13480.35562440.329242394483100
3.1348-3.17770.38192070.336942194426100
3.1777-3.2230.38962040.316442404444100
3.223-3.27110.36252540.298242434497100
3.2711-3.32220.31442320.297841934425100
3.3222-3.37660.34442030.277342504453100
3.3766-3.43480.23552340.261642774511100
3.4348-3.49720.28182130.273441874400100
3.4972-3.56440.30942460.259542654511100
3.5644-3.63710.3092170.257742284445100
3.6371-3.71610.33272390.253842044443100
3.7161-3.80240.29912070.253442914498100
3.8024-3.89740.26442240.236141704394100
3.8974-4.00260.23542570.217742524509100
4.0026-4.12020.26511720.219142534425100
4.1202-4.2530.27082140.20142704484100
4.253-4.40470.20012330.199142034436100
4.4047-4.58070.22172030.190542944497100
4.5807-4.78870.19882520.181441574409100
4.7887-5.04050.17842400.177242314471100
5.0405-5.35520.24022450.178741964441100
5.3552-5.7670.20472020.192242624464100
5.767-6.34420.21451700.185743004470100
6.3442-7.25510.21191790.184142444423100
7.2551-9.11370.15462160.16164201441799
9.1137-34.92240.22762890.20164163445299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8755-0.64080.99260.5421-0.621.53470.33480.2303-0.07130.7717-0.15850.77670.33960.7908-0.22571.0966-0.47450.23450.7391-0.34410.8894-23.5477-21.575576.1689
21.4789-0.17680.68981.94520.84473.40140.0328-0.13750.06650.4525-0.18450.08670.4724-0.2360.16290.6578-0.16410.050.5972-0.21410.5617-10.4367-12.852667.19
33.9479-4.3232-5.50879.05253.26849.5723-0.34510.2239-0.44510.0673-0.13170.22150.2337-0.65560.25460.8516-0.34020.03131.0745-0.32820.8103-23.02982.044592.7283
44.42030.5588-0.66544.57291.08043.87160.0787-0.6164-0.04031.11160.1233-0.45670.82280.4938-0.16321.18460.0008-0.05730.7256-0.18820.5655-3.280811.1685109.0788
54.40711.3626-1.26355.34893.25023.12860.1441-0.32690.3948-0.08930.0946-0.261-0.5301-0.36090.03850.6004-0.0713-00.7278-0.13090.6203-1.483614.950880.6888
60.6338-0.2687-0.76371.8841.86473.73080.0093-0.1107-0.1910.79490.1061-0.06570.69980.223-0.0990.86-0.0524-0.00350.6218-0.19650.6969-4.3082-3.640985.2362
78.7731.6527-5.3495.4798-5.01449.01020.4890.2043-0.6213-0.2566-0.8883-0.60480.59672.23980.40021.42330.5068-0.3951.1335-0.27831.014912.0814-9.343991.8221
83.51-1.51640.1014.1155-4.21075.1429-0.008-0.56910.64491.43010.7049-0.2737-0.65221.2041-0.76190.91490.0575-0.02791.2315-0.50171.04913.472513.891386.9406
91.6950.41410.22512.43280.26213.044-0.2350.488-0.1796-0.20580.7329-0.53120.01341.1626-0.46580.5443-0.12710.09180.9157-0.45360.818310.28570.262162.1181
103.327-0.6297-0.00685.30061.12222.6548-0.12250.48890.0759-0.2330.1005-0.1097-0.2147-0.010.04060.4941-0.10830.01370.5522-0.0950.4558-4.716139.238393.3835
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127.56632.30021.03122.9876-0.89683.4178-0.52290.50570.6385-0.50360.5403-0.6325-0.80120.7013-0.00420.8265-0.20340.24491.0254-0.49490.88428.68115.088469.524
139.63224.01626.24875.1281.30054.5178-0.0821-0.59110.52370.09990.13250.2838-1.179-1.08740.32090.54760.05680.04790.5346-0.06740.6262-7.7718-37.941310.9622
144.55432.1294-0.28499.51510.76565.88420.08090.26990.1293-0.1394-0.2434-0.4882-0.71630.74580.12450.5108-0.0171-0.01210.6092-0.00870.49564.1295-35.194610.4548
156.05214.1640.97613.29312.42447.62591.3354-0.96720.74811.4516-0.23750.3073-1.76260.4998-0.92841.0276-0.25540.27640.8669-0.29040.984210.0871-18.556716.6685
167.45744.019-0.48932.7531-0.46842.4870.06020.32750.14120.10920.00410.10870.1999-0.245-0.00950.54650.06310.00110.3905-0.06050.4232-15.5241-44.85959.6402
173.49511.4834-2.36627.10042.24943.3881-0.89721.87540.5061-1.04391.4618-0.30621.74670.2497-0.68371.0873-0.14130.16891.0797-0.06980.8056-31.4646-48.01340.0313
187.2111-0.4468-1.78295.1943-0.59294.3447-0.11680.2012-1.3624-0.22240.09640.560.8776-0.32850.0690.7025-0.09-0.10350.5601-0.06790.6943-22.3462-56.88157.0486
193.20790.9095-0.26472.71990.69791.73620.1509-0.0095-0.07150.01650.0935-0.36460.18910.3371-0.25950.54750.0729-0.03670.7179-0.22110.54015.1114-27.680736.6521
202.12841.4130.86744.04112.05997.15640.1043-0.6395-0.25080.4238-0.38330.42390.424-0.70570.14650.5378-0.0820.11890.6635-0.12830.5471-24.7107-40.897929.4007
218.0994.5512-2.82742.8367-1.01452.54810.4699-0.64270.6317-0.0543-0.81091.6442-0.7656-1.79520.35970.80070.2748-0.06581.2-0.31920.9207-33.9521-23.507824.7041
220.40850.78710.81464.98892.29666.21210.1222-0.14020.5329-0.2221-0.31580.9709-0.398-1.18050.13660.73730.08210.01540.9785-0.26930.7028-15.7427-11.248842.5195
236.1434-1.91793.41826.1158-0.77774.2129-0.1588-0.12820.80160.1545-0.1974-0.2038-0.2667-0.18350.27210.5445-0.00320.03770.5362-0.18360.5453-22.3103-28.465926.694
242.3594-0.1298-1.00523.23270.0954.9260.1856-0.20140.06290.3649-0.34240.36781.0688-0.23880.22050.5685-0.3470.19310.7997-0.2940.5977-22.943-22.34863.0519
253.7798-3.1468-1.06726.18455.00725.18130.4762-0.4994-0.4037-0.0239-0.3411.314-0.70170.1639-0.17560.9614-0.18480.14150.96620.10991.1739-42.1282-19.603424.0463
263.23512.9304-2.76484.7564-3.14724.7156-0.94750.9851-0.4135-0.52190.3776-0.08370.251-0.2566-0.24751.1285-0.1521-0.51980.4682-0.37421.3736-44.3331-30.637629.2868
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 13:35)A13 - 35
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 36:117)A36 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 118:135)A118 - 135
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 136:277)A136 - 277
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 278:297)A278 - 297
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 298:488)A298 - 488
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 489:502)A489 - 502
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 503:522)A503 - 522
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 523:575)A523 - 575
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 576:674)A576 - 674
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN A AND RESID 675:706)A675 - 706
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN A AND RESID 707:740)A707 - 740
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 54:67)B54 - 67
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 68:153)B68 - 153
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 154:169)B154 - 169
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND RESID 170:242)B170 - 242
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN B AND RESID 243:248)B243 - 248
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN B AND RESID 249:303)B249 - 303
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN B AND RESID 304:451)B304 - 451
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN B AND RESID 452:504)B452 - 504
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN B AND RESID 505:531)B505 - 531
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN B AND RESID 544:599)B544 - 599
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN B AND RESID 600:665)B600 - 665
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN B AND RESID 666:720)B666 - 720
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN D AND RESID 169:174)D169 - 174
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN D AND RESID 175:177)D175 - 177

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る