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- PDB-5eii: Structural determination of an protein complex of a Fab with incr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eii
タイトルStructural determination of an protein complex of a Fab with increased solubility
要素
  • Fab Heavy Chain
  • Fab Light Chain
  • Histone chaperone ASF1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Fab / Asf1 / Structural Genomics / PSI-Biology / Chaperone-Enabled Studies of Epigenetic Regulation Enzymes / CEBS
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / H3 histone acetyltransferase complex / acetyltransferase activator activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / silent mating-type cassette heterochromatin formation / negative regulation of DNA damage checkpoint / subtelomeric heterochromatin formation / regulation of DNA repair / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / H3 histone acetyltransferase complex / acetyltransferase activator activity / DNA replication-dependent chromatin assembly / nucleosome disassembly / silent mating-type cassette heterochromatin formation / negative regulation of DNA damage checkpoint / subtelomeric heterochromatin formation / regulation of DNA repair / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of protein phosphorylation / protein modification process / nucleosome assembly / chromatin organization / histone binding / regulation of gene expression / chromosome, telomeric region / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histone chaperone ASF1-like / Histone deposition protein Asf1 / Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like superfamily / ASF1 like histone chaperone / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone chaperone ASF1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Bailey, L.J. / Kossiakoff, A.A. / Chaperone-Enabled Studies of Epigenetic Regulation Enzymes (CEBS)
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM087519 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094588 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)HG006436 米国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural determination of an protein complex of a Fab with increased solubility
著者: Bailey, L.J. / Kossiakoff, A.A. / Schaefer, Z.P.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: A polar ring endows improved specificity to an antibody fragment
著者: Schaefer, Z.P. / Bailey, L.J. / Kossiakoff, A.A.
履歴
登録2015年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab Heavy Chain
B: Fab Light Chain
G: Histone chaperone ASF1
H: Fab Heavy Chain
I: Histone chaperone ASF1
L: Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,2596
ポリマ－132,2596
非ポリマー00
水7,728429
1
A: Fab Heavy Chain
B: Fab Light Chain
I: Histone chaperone ASF1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1303
ポリマ－66,1303
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area25060 Å2
手法PISA
2
G: Histone chaperone ASF1
H: Fab Heavy Chain
L: Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1303
ポリマ－66,1303
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area26240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.486, 62.945, 161.828
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Fab Heavy Chain


分子量: 25084.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Fab Light Chain


分子量: 23298.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Histone chaperone ASF1 / Anti-silencing function protein 1 / yASF1


分子量: 17746.012 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 1-156 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ASF1, CIA1, YJL115W, J0755 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32447
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion
詳細: Crystals were grown by hanging drop liquid diffusion by adding a solution containing 20% PEG 3350 and Sodium Acetate, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43723→46.3844 Å / Num. obs: 61283 / % possible obs: 99.4499 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 12.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2152: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.44→46.384 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2326 3101 5.06 %
Rwork0.1851 --
obs0.1875 61283 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→46.384 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8627 0 0 429 9056
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048838
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71612043
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6865269
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041530
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4372-2.47530.34251460.27132363X-RAY DIFFRACTION90
2.4753-2.51590.31321530.2532636X-RAY DIFFRACTION100
2.5159-2.55930.32671510.23982611X-RAY DIFFRACTION100
2.5593-2.60580.29781330.24492636X-RAY DIFFRACTION100
2.6058-2.65590.28031470.24132624X-RAY DIFFRACTION100
2.6559-2.71010.31861560.23262669X-RAY DIFFRACTION100
2.7101-2.76910.35971530.24332629X-RAY DIFFRACTION100
2.7691-2.83350.33221420.24552615X-RAY DIFFRACTION100
2.8335-2.90430.30711370.23192641X-RAY DIFFRACTION100
2.9043-2.98280.28061140.22092660X-RAY DIFFRACTION100
2.9828-3.07060.27151410.2072654X-RAY DIFFRACTION100
3.0706-3.16970.27281310.21182664X-RAY DIFFRACTION100
3.1697-3.28290.24271450.20552645X-RAY DIFFRACTION100
3.2829-3.41430.23371500.19212638X-RAY DIFFRACTION100
3.4143-3.56970.23661440.17782657X-RAY DIFFRACTION100
3.5697-3.75780.21191330.17472654X-RAY DIFFRACTION100
3.7578-3.99310.22241400.16712657X-RAY DIFFRACTION100
3.9931-4.30120.19281180.1482707X-RAY DIFFRACTION100
4.3012-4.73370.14351450.12312654X-RAY DIFFRACTION100
4.7337-5.41770.17081320.1372718X-RAY DIFFRACTION100
5.4177-6.82230.21891410.1672696X-RAY DIFFRACTION100
6.8223-46.39270.18141490.18332754X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.3942 Å / Origin y: 5.5826 Å / Origin z: 34.589 Å
111213212223313233
T0.256 Å2-0.0078 Å2-0.0064 Å2-0.2785 Å2-0.0083 Å2--0.2536 Å2
L0.3422 °2-0.2033 °20.1035 °2-0.5867 °2-0.0969 °2--0.2027 °2
S-0.0343 Å °-0.1596 Å °-0.0083 Å °0.2232 Å °0.0578 Å °0.0093 Å °-0.0095 Å °0.0352 Å °-0.0208 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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