PDB-5ei8: Rapid Discovery of Pyrido[3,4-d]pyrimidine Inhibitors of Monopola...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ei8

タイトル

Rapid Discovery of Pyrido[3,4-d]pyrimidine Inhibitors of Monopolar Spindle kinase 1 (MPS1) Using a Structure-Based Hydridization Approach

要素

Dual specificity protein kinase TTK

キーワード

TRANSFERASE / Spindle Assembly Checkpoint (SAC) / Oncology target Pyrido[3 / 4-d]pyrimidine based inhibitors Selective against MPS1

機能・相同性

機能・相同性情報

protein localization to meiotic spindle midzone / meiotic spindle assembly checkpoint signaling / kinetochore binding / female meiosis chromosome segregation / protein localization to kinetochore / dual-specificity kinase / spindle organization / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / mitotic spindle organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Innocenti, P. / Woodward, H.L. / Solanki, S. / Naud, N. / Westwood, I.M. / Cronin, N. / Hayes, A. / Roberts, J. / Henley, A.T. / Baker, R. ...

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Rapid Discovery of Pyrido[3,4-d]pyrimidine Inhibitors of Monopolar Spindle Kinase 1 (MPS1) Using a Structure-Based Hybridization Approach.
著者: Innocenti, P. / Woodward, H.L. / Solanki, S. / Naud, S. / Westwood, I.M. / Cronin, N. / Hayes, A. / Roberts, J. / Henley, A.T. / Baker, R. / Faisal, A. / Mak, G.W. / Box, G. / Valenti, M. / ...

履歴

登録	2015年10月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月11日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月30日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ei8.cif.gz	124.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ei8.ent.gz	95.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ei8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/5ei8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/5ei8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5eh0C 5ehyC 5ei2C 5ei6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4cva-d 4cv9-d 5n7v-d 5n84-d 3hmn-d 5na0-d 4c4e-d 4c4g-d 4c4i-d 5ap3-d 5csw-2 2qo9-d 3wyx-d 3vqu-d 5eho-d 5ap4-d 3piz-d 2qo7-d 4byj-d 5ljj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dual specificity protein kinase TTK

ヘテロ分子

36.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.003, 101.983, 110.868
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Dual specificity protein kinase TTK / Phosphotyrosine picked threonine-protein kinase / PYT 分子量: 36115.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: N-[2-methoxy-4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)phenyl]-8-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)pyrido[3,4-d]pyrimidin-2-amine 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTK, MPS1, MPS1L1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P33981, dual-specificity kinase
#2: 化合物	ChemComp-5OE / ~{N}-[2-methoxy-4-(1-methylpyrazol-4-yl)phenyl]-8-(1-methylpyrazol-4-yl)pyrido[3,4-d]pyrimidin-2-amine 分子量: 412.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₀N₈O
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / Density meas: 55.61 Mg/m³ / 溶媒含有率: 55.1 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS Propane 0.2 M NgCl2 0.2 M Sodium formate 20 % PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→39.98 Å / Num. obs: 21262 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 21.6 % / B_iso Wilson estimate: 41.97 Å² / Net I/σ(I): 8.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.17→37.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9387 / SU R Cruickshank DPI: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.191 / SU R_free Blow DPI: 0.167 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.169

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2441	1092	5.22 %	RANDOM
R_work	0.2141	-	-	-
obs	0.2157	20909	99.18 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.2267 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.4311 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.6578 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.405 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.17→37.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2040	0	43	40	2123

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	2130	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.09	2894	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		704	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		52	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		333	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2130	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.95
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.6
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		286	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		2419	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.17→2.29 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2391	145	5.27 %
R_work	0.224	2604	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.3155	2.7143	-2.6261	7.8239	-0.7499	7.8355	-0.0737	-0.5442	-0.2124	0.5437	-0.0232	-0.4511	-0.0196	0.0532	0.0969	-0.1386	-0.0396	-0.0453	0.1497	0.1514	-0.2853	10.3827	-30.2962	-7.573
2	5.4927	0.7787	2.8022	1.3288	-0.6466	5.3633	0.0038	0.3161	-0.257	-0.062	0.1699	-0.1226	-0.1051	-0.1106	-0.1737	-0.304	-0.1292	0.0122	0.304	0.152	-0.0492	8.7834	-27.87	-24.9652
3	8.2273	1.2473	2.9104	2.989	-0.3763	2.975	0.0716	-0.113	0.29	0.2195	0.0673	-0.053	-0.2167	-0.5017	-0.1389	-0.1221	-0.0198	0.0793	0.2784	0.1402	-0.2687	0.4192	-30.7919	-14.0803
4	7.2371	1.7674	2.1083	5.2703	-1.3399	5.9138	-0.0009	0.1609	0.092	-0.1431	-0.1934	0.1681	-0.2562	0.0448	0.1943	-0.304	0.0779	-0.0286	0.2802	0.152	-0.1274	-13.0317	-30.3928	-22.6143
5	8.0722	1.0101	1.429	4.4326	0.6194	5.1731	0.1879	0.2724	-0.2832	0.2156	0.0037	-0.1152	0.007	0.0399	-0.1916	-0.304	-0.0302	0.003	0.304	0.152	-0.2803	-2.0653	-37.6187	-21.1294
6	1.0849	-0.7439	2.2683	6.0132	-1.659	0	0.024	0.1345	-0.3922	-0.2861	0.0077	0.0692	0.2546	0.0275	-0.0317	-0.304	-0.0278	-0.0259	0.304	0.1008	-0.2904	-9.503	-42.0434	-31.2203
7	4.7947	-1.5986	1.0624	4.2683	-0.5762	1.368	-0.0344	0.1119	-0.227	-0.1736	0.1811	0.4597	0.5365	-0.0304	-0.1467	-0.2399	-0.1236	-0.0391	0.2889	0.0769	-0.1478	-13.8837	-52.2022	-29.5712
8	4.8598	-2.0641	2.9104	4.8641	-2.869	0	-0.0132	0.4162	-0.117	-0.2093	0.1307	0.5182	0.1571	-0.2655	-0.1174	-0.304	-0.0183	-0.069	0.304	0.152	-0.1469	-19.7007	-35.8088	-31.3368

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|516 - 561}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|562 - 580}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|581 - 620}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|621 - 641}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|642 - 691}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|692 - 729}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|730 - 761}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|762 - 794}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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