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- PDB-5ehb: A de novo designed hexameric coiled-coil peptide with iodotyrosine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ehb
タイトルA de novo designed hexameric coiled-coil peptide with iodotyrosine
要素pHiosYI
キーワードDE NOVO PROTEIN / coiled-coil / peptide design
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Lizatovic, R. / Aurelius, O. / Stenstrom, O. / Drakenberg, T. / Akke, M. / Logan, D.T. / Andre, I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: A De Novo Designed Coiled-Coil Peptide with a Reversible pH-Induced Oligomerization Switch.
著者: Lizatovic, R. / Aurelius, O. / Stenstrom, O. / Drakenberg, T. / Akke, M. / Logan, D.T. / Andre, I.
履歴
登録2015年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pHiosYI
B: pHiosYI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7062
ポリマ－7,7062
非ポリマー00
水00
1
A: pHiosYI
B: pHiosYI

A: pHiosYI
B: pHiosYI

A: pHiosYI
B: pHiosYI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1196
ポリマ－23,1196
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area8220 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area9810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.068, 53.068, 136.114
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C3 (3回回転対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 28 / Label seq-ID: 1 - 28

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質・ペプチド pHiosYI


分子量: 3853.132 Da / 分子数: 2 / 変異: Y5(IYR) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Designed sequence / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 2 uL 10 mg/mL pHiosYI mixed with a 2 uL solution of the below components 0.1 M Na HEPES pH 7.5 0.2 M MgCl2 10% (v/v) PEG400 Al's oil was used to separate the external reservoir, which ...詳細: 2 uL 10 mg/mL pHiosYI mixed with a 2 uL solution of the below components 0.1 M Na HEPES pH 7.5 0.2 M MgCl2 10% (v/v) PEG400 Al's oil was used to separate the external reservoir, which consisted of 15% (v/v) 2-propanol.
Temp details: The crystal was moved to 277 K during fishing and cryo-cooling.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1.8 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月25日
放射モノクロメーター: double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→27.4 Å / Num. obs: 2301 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 10.8 %
詳細: Data quality statistics are with unmerged Friedel mates for data collection and merged Friedel mates for refinement
Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
AutoSol1.9_1692位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 3.19→27.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / SU B: 59.117 / SU ML: 0.835 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.951 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.4336 139 10.9 %RANDOM
Rwork0.3256 ---
obs0.3359 1131 93.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 121.25 Å2 / Biso mean: 120.615 Å2 / Biso min: 121.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.78 Å2-1.89 Å2-0 Å2
2---3.78 Å2-0 Å2
3---12.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.19→27.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数464 0 0 0 464
残基数----56
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02476
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02477
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.532.09639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12631106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.112554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.5627.27322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.4371598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.06152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.0285
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2996 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.185→3.267 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.551 15 -
Rwork0.266 62 -
all-77 -
obs--79.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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