PDB-5eh7: human carbonic anhydrase II in complex with ligand

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eh7

タイトル

human carbonic anhydrase II in complex with ligand

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / human carbonic anhydrase

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.425 Å

データ登録者

Ren, B.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Native State Mass Spectrometry, Surface Plasmon Resonance, and X-ray Crystallography Correlate Strongly as a Fragment Screening Combination.
著者: Woods, L.A. / Dolezal, O. / Ren, B. / Ryan, J.H. / Peat, T.S. / Poulsen, S.A.

履歴

登録	2015年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月23日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5eh7.cif.gz	131.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5eh7.ent.gz	100.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5eh7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5eh7_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5eh7_full_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示
XML形式データ	5eh7_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	5eh7_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/5eh7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/5eh7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5eh5C 5eh8C 5ehvC 5ehwC 5floC 5flpC 5flqC 5flrC 5flsC 5fltC 5fngC 5fnhC 5fniC 5fnjC 5fnkC 5fnlC 5fnmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1zsb-d 5sz6-d 7jo2-d 3mzc-d 5wgp-d 1cnj-d 6e8p-d 5ehv-d 5wlu-d 4cnw-1 6uh0-d 4knm-1 1tbt-d 4r5a-d 3p5l-d 4q8y-d 1ca2-d 1xpz-d 3t84-d 5dsq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.317, 41.601, 72.032
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 5種, 415分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-5O5 / 5-[[3,4-bis(chloranyl)phenoxy]methyl]-1~{H}-1,2,3,4-tetrazole 分子量: 245.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₆Cl₂N₄O
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.43 %
結晶化	温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, tris chloride / PH範囲: 8.61

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.425→41.6 Å / Num. obs: 45538 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 12.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.425→39.877 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1743	2007	4.41 %
R_work	0.1454	-	-
obs	0.1467	45518	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.425→39.877 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2039	0	20	411	2470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	2252
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.468	3077
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.189	848
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	317
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	407

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4253-1.461	0.2748	156	0.2187	2991	X-RAY DIFFRACTION	97
1.461-1.5005	0.2198	122	0.1973	3094	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5005-1.5446	0.2582	146	0.189	3073	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5446-1.5945	0.1921	147	0.1715	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5945-1.6515	0.2042	133	0.1686	3094	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6515-1.7176	0.2069	159	0.1601	3077	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7176-1.7958	0.2144	128	0.1552	3148	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7958-1.8904	0.188	147	0.1456	3089	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8904-2.0089	0.1699	143	0.1348	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0089-2.164	0.1437	142	0.1292	3117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.164-2.3817	0.1694	143	0.1322	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3817-2.7263	0.1772	145	0.1408	3129	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7263-3.4346	0.155	140	0.1337	3157	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4346-39.8926	0.141	156	0.1339	3212	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7201	0.3818	-0.8549	1.1864	-0.2565	1.644	-0.0455	-0.0167	-0.0413	-0.0534	0.0054	-0.2147	0.041	0.2097	0.0378	0.056	0.0109	0.0014	0.0935	-0.0045	0.0927	26.0289	-2.4668	20.6913
2	0.9837	-1.1432	1.0282	1.8015	-1.5531	3.7589	-0.3582	-0.4414	0.023	0.2802	0.4351	0.0698	-0.1228	-0.5879	-0.0685	0.125	0.0315	0.0246	0.2286	0.0093	0.1305	1.6876	-0.6188	32.5068
3	1.0796	-0.2946	-0.1984	0.9536	-0.0006	1.376	0.0237	0.0879	0.0977	-0.0796	0.0043	0.0832	-0.0967	-0.0818	-0.0275	0.0661	-0.0121	-0.0084	0.0698	0.0091	0.0915	8.0476	1.1847	13.8864
4	0.7615	0.6796	0.0927	2.6179	0.7054	1.1576	0.0146	0.0008	0.0666	-0.0286	-0.0201	0.135	-0.0383	-0.0286	0.0132	0.0592	0.0044	-0.0035	0.0602	0.0022	0.0657	9.274	3.5345	17.8735
5	6.0517	3.2229	-2.3693	3.539	-2.0679	4.2079	-0.2283	0.6965	-0.1147	-0.4055	0.2509	0.192	0.2994	-0.4162	-0.0076	0.138	-0.0233	-0.0306	0.1564	-0.0223	0.1115	5.4559	-6.2689	0.1541
6	1.0587	0.0286	0.0086	0.428	0.1288	1.0482	0.0019	0.0951	0.003	-0.0647	0.0159	0.0445	-0.008	-0.0731	-0.016	0.0622	0.0012	-0.0063	0.0541	0.0066	0.0674	8.3164	-0.9514	14.7207
7	2.0517	0.0008	-0.9997	1.8376	-0.8665	2.4817	-0.0629	0.3509	-0.2379	-0.2557	-0.0231	-0.1291	0.2097	0.1446	0.1098	0.1445	0.0109	0.0058	0.1597	-0.0317	0.0759	16.0694	-10.5242	1.1241
8	1.4939	-0.338	0.5372	1.2357	0.8687	1.3581	0.0048	-0.1879	-0.0483	0.0315	0.0804	-0.0512	0.0396	0.0813	-0.0847	0.0614	-0.0057	0.0042	0.0363	0.0234	0.0604	15.9473	-5.9651	23.9029

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 50 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 115 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 116 through 153 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 154 through 166 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 167 through 218 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 219 through 237 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 238 through 260 )

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