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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5egj | ||||||
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タイトル | The structural and biochemical characterization of acyl-coa hydrolase mutant Asn28Ala from Staphylococcus aureus in complex with COENZYME A | ||||||
要素 | Acyl CoA Hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Acyl CoA thioesterase / Staphylococcus aureus / Coenzyme A / Hotdog thioesterase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 long-chain fatty acyl-CoA binding / acyl-CoA metabolic process / fatty acyl-CoA hydrolase activity / fatty acid metabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Khandokar, Y.B. / Srivastava, P.S. / Forwood, J.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The structural and biochemical characterization of acyl-coa hydrolase from Staphylococcus aureus 著者: Khandokar, Y.B. / Srivastava, P.S. / Forwood, J.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5egj.cif.gz | 50.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5egj.ent.gz | 33.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5egj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5egj_validation.pdf.gz | 672.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5egj_full_validation.pdf.gz | 674.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5egj_validation.xml.gz | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5egj_validation.cif.gz | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/5egj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/5egj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20221.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain Mu50 / ATCC 700699) (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: SAV1878 / プラスミド: pMCSG21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)pLysS / 参照: UniProt: A0A0H3K033 |
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#2: 化合物 | ChemComp-COA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Sodium HEPES pH7.5, 0.8 M Sodium phosphate monobasic |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月31日 |
放射 | モノクロメーター: SILICON DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→33.44 Å / Num. obs: 10919 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.02896 / Net I/σ(I): 8.73 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.486 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.09755 / Mean I/σ(I) obs: 3.61 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4NCP 解像度: 2.4→33.44 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.46 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→33.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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