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万見
- PDB-5egg: Crystal structure of human ubiquitin-conjugating enzyme UBCH5C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5egg
タイトルCrystal structure of human ubiquitin-conjugating enzyme UBCH5C
要素Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
キーワードTRANSFERASE / BIQUITIN-CONJUGATING ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Signaling by BMP / protein K6-linked ubiquitination / protein K11-linked ubiquitination / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / protein monoubiquitination / ubiquitin conjugating enzyme activity / negative regulation of BMP signaling pathway / protein autoubiquitination ...(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Signaling by BMP / protein K6-linked ubiquitination / protein K11-linked ubiquitination / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / protein monoubiquitination / ubiquitin conjugating enzyme activity / negative regulation of BMP signaling pathway / protein autoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin ligase complex / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Peroxisomal protein import / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Regulation of TNFR1 signaling / protein modification process / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endosome membrane / protein ubiquitination / DNA repair / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Zhu, L. / Li, H. / Wu, F. / Zhu, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
the National Natural Science Foundation of China81302697 中国
引用ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2017
タイトル: Structural analysis of recombinant human ubiquitin-conjugating enzyme UbcH5c
著者: Wu, F. / Zhu, J. / Li, H. / Zhu, L.
履歴
登録2015年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7801
ポリマ－17,7801
非ポリマー00
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8160 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)28.170, 66.280, 76.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME UBCH5C / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D3 / E2 ...UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME UBCH5C / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D3 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D3 / Ubiquitin carrier protein D3 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2(17)KB 3 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-17 kDa 3 / Ubiquitin-protein ligase D3


分子量: 17780.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2D3, UBC5C, UBCH5C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P61077, E2 ubiquitin-conjugating enzyme, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.44 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2% v/v Tacsimate pH 4.0, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 16% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→30.42 Å / Num. obs: 14797 / % possible obs: 99.47 % / 冗長度: 13.7 % / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 1.76→1.86 Å / Num. unique all: 2116

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AUTOMAR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1X23

1x23


解像度: 1.76→30.42 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.81 / 位相誤差: 25.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2528 750 5.07 %
Rwork0.206 --
obs0.2082 14797 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→30.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1178 0 0 67 1245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111213
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3161654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.903457
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008216
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.89590.31341620.23852738X-RAY DIFFRACTION100
1.8959-2.08660.27811650.22552735X-RAY DIFFRACTION100
2.0866-2.38850.25621610.20912804X-RAY DIFFRACTION100
2.3885-3.00880.26171340.21422832X-RAY DIFFRACTION100
3.0088-30.42880.22711280.19162938X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.5398 Å / Origin y: -20.744 Å / Origin z: 14.7688 Å
111213212223313233
T0.1567 Å2-0.0379 Å20.0204 Å2-0.1773 Å2-0.0188 Å2--0.1251 Å2
L0.8544 °21.266 °20.0616 °2-4.6128 °2-1.1412 °2--0.8007 °2
S-0.271 Å °0.2088 Å °-0.0199 Å °-0.393 Å °0.2908 Å °-0.1912 Å °0.0489 Å °-0.1435 Å °-0.0277 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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