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- PDB-5egf: The crystal structure of SeMet-CT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5egf
タイトルThe crystal structure of SeMet-CT
要素TqaA
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Biochemistry / enzyme / SeMet mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / ligase activity / phosphopantetheine binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain ...Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Penicillium aethiopicum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Zhang, J.R. / Tang, Y. / Zhou, J.H.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural basis of nonribosomal peptide macrocyclization in fungi
著者: Zhang, J. / Liu, N. / Cacho, R.A. / Gong, Z. / Liu, Z. / Qin, W. / Tang, C. / Tang, Y. / Zhou, J.
履歴
登録2015年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月30日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TqaA
B: TqaA
C: TqaA
D: TqaA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,53743
ポリマ－219,1394
非ポリマー3,39839
水9,476526
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7610 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area73280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)216.602, 100.284, 128.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-649-

HOH

21D-698-

HOH

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要素

#1: タンパク質
TqaA


分子量: 54784.652 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain residues 3595-4074 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium aethiopicum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F1CWE4
#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium malnate, Bis-Tris propane, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 113585 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.29→2.33 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7_650精密化
PHENIX位相決定
AutoSolモデル構築
HKL-2000data processing
精密化解像度: 2.29→29.75 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 1806 1.75 %
Rwork0.225 --
obs0.226 103317 85.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.96 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.9659 Å20 Å2-9.4638 Å2
2---9.8235 Å20 Å2
3---15.7894 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→29.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14096 0 228 529 14853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00914731
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20420024
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4785324
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062556
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2935-2.35550.35591150.31696334X-RAY DIFFRACTION70
2.3555-2.42480.35841270.30877109X-RAY DIFFRACTION78
2.4248-2.5030.38681320.30287357X-RAY DIFFRACTION81
2.503-2.59240.3631270.2887522X-RAY DIFFRACTION83
2.5924-2.69610.3381340.28097646X-RAY DIFFRACTION84
2.6961-2.81880.30921350.26747950X-RAY DIFFRACTION87
2.8188-2.96720.32471480.26498099X-RAY DIFFRACTION89
2.9672-3.1530.32451480.26078213X-RAY DIFFRACTION90
3.153-3.39610.30431490.24018354X-RAY DIFFRACTION92
3.3961-3.73730.25031500.22628334X-RAY DIFFRACTION91
3.7373-4.27670.22941500.18768339X-RAY DIFFRACTION91
4.2767-5.3830.19681470.17458252X-RAY DIFFRACTION90
5.383-29.75630.231440.20368002X-RAY DIFFRACTION86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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