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- PDB-5ege: Structure of ENPP6, a choline-specific glycerophosphodiester-phos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ege
タイトルStructure of ENPP6, a choline-specific glycerophosphodiester-phosphodiesterase
要素Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 6
キーワードHYDROLASE / Choline metabolism / Phosphodiesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerophosphocholine cholinephosphodiesterase / glycerophosphocholine cholinephosphodiesterase activity / Glycerophospholipid catabolism / glycerophosphodiester phosphodiesterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phosphoric diester hydrolase activity / choline metabolic process / lipid catabolic process / lipid metabolic process / extracellular region ...glycerophosphocholine cholinephosphodiesterase / glycerophosphocholine cholinephosphodiesterase activity / Glycerophospholipid catabolism / glycerophosphodiester phosphodiesterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / phosphoric diester hydrolase activity / choline metabolic process / lipid catabolic process / lipid metabolic process / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gyrase A; domain 2 - #180 / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycerophosphocholine cholinephosphodiesterase ENPP6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Morita, J. / Kano, K. / Kato, K. / Takita, H. / Ishitani, R. / Nishimasu, H. / Nureki, O. / Aoki, J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structure and biological function of ENPP6, a choline-specific glycerophosphodiester-phosphodiesterase
著者: Morita, J. / Kano, K. / Kato, K. / Takita, H. / Sakagami, H. / Yamamoto, Y. / Mihara, E. / Ueda, H. / Sato, T. / Tokuyama, H. / Arai, H. / Asou, H. / Takagi, J. / Ishitani, R. / Nishimasu, H. ...著者: Morita, J. / Kano, K. / Kato, K. / Takita, H. / Sakagami, H. / Yamamoto, Y. / Mihara, E. / Ueda, H. / Sato, T. / Tokuyama, H. / Arai, H. / Asou, H. / Takagi, J. / Ishitani, R. / Nishimasu, H. / Nureki, O. / Aoki, J.
履歴
登録2015年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 6
B: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 6
C: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 6
D: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,81933
ポリマ－198,3954
非ポリマー6,42429
水36,8952048
1
A: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2919
ポリマ－49,5991
非ポリマー1,6928
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16280 Å2
手法PISA
2
B: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2298
ポリマ－49,5991
非ポリマー1,6307
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area16280 Å2
手法PISA
3
C: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2919
ポリマ－49,5991
非ポリマー1,6928
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area16350 Å2
手法PISA
4
D: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0087
ポリマ－49,5991
非ポリマー1,4096
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.290, 78.240, 103.640
Angle α, β, γ (deg.)90.040, 89.980, 114.610
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 6 / NPP-6 / Choline-specific glycerophosphodiester phosphodiesterase / Glycerophosphocholine ...NPP-6 / Choline-specific glycerophosphodiester phosphodiesterase / Glycerophosphocholine cholinephosphodiesterase / GPC-Cpde


分子量: 49598.664 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-421 / 変異: C393A, C412S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Enpp6 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8BGN3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素, glycerophosphocholine cholinephosphodiesterase

-
糖 , 3種, 15分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 2062分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2048 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 / 詳細: ammonium chloride, sodium acetate pH, PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.282 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 120105 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 6.11
反射 シェルRejects: 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
PHENIX(1.10_2155: 000)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→41.896 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2057 5988 4.99 %
Rwork0.167 114096 -
obs0.1689 120084 96.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.01 Å2 / Biso mean: 22.2974 Å2 / Biso min: 7.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→41.896 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12804 0 394 2048 15246
Biso mean--38.53 31.05 -
残基数----1568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713592
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8918493
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0592012
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.947985
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.02270.29942000.26113615381595
2.0227-2.04650.29171930.24483755394895
2.0465-2.07150.27771840.2323778396295
2.0715-2.09770.27942000.23413741394195
2.0977-2.12530.30291920.23323732392495
2.1253-2.15440.26581980.21363739393796
2.1544-2.18520.23891970.21093724392195
2.1852-2.21780.27771970.20233830402796
2.2178-2.25250.23732030.20053714391796
2.2525-2.28940.23811860.18813820400696
2.2894-2.32890.22811970.18843713391096
2.3289-2.37120.2372100.18213849405996
2.3712-2.41680.2511930.1783705389896
2.4168-2.46610.23432100.17413852406297
2.4661-2.51980.21722030.17383775397896
2.5198-2.57840.23662000.16593794399497
2.5784-2.64280.19022020.16633795399797
2.6428-2.71430.25461940.16323852404697
2.7143-2.79410.1932020.16373846404897
2.7941-2.88430.1972080.16273844405297
2.8843-2.98740.22981980.16423770396897
2.9874-3.10690.1961940.15233867406198
3.1069-3.24830.17811960.15083881407798
3.2483-3.41950.17222040.14883824402898
3.4195-3.63360.17162050.14973823402898
3.6336-3.91390.17342050.13893895410098
3.9139-4.30750.17322050.13533882408799
4.3075-4.92990.11862040.11623884408899
4.9299-6.2080.1732050.15433882408799
6.208-41.90560.21772030.17473915411899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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