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万見
- PDB-5eg7: The cap binding site of influenza virus protein PB2 as a drug target -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eg7
タイトルThe cap binding site of influenza virus protein PB2 as a drug target
要素Polymerase basic protein 2
キーワードVIRAL PROTEIN / PB2 cap
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Severin, C. / Rocha de Moura, T. / Liu, Y. / Li, K. / Zheng, X. / Luo, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: The cap-binding site of influenza virus protein PB2 as a drug target.
著者: Severin, C. / Rocha de Moura, T. / Liu, Y. / Li, K. / Zheng, X. / Luo, M.
履歴
登録2015年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase basic protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6693
ポリマ－18,0381
非ポリマー6312
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.262, 45.262, 156.451
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Polymerase basic protein 2


分子量: 18037.945 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 106-207, 215-269 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/swine/Quebec/1257777/2010(H3N2) / 遺伝子: PB2 / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: G3LZH2
#2: 化合物 ChemComp-MGT / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7,8-ジヒドロ-7-メチルグアノシン5′-三りん酸


分子量: 539.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H20N5O14P3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 10% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→31.356 Å / Num. obs: 31468 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.4 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 2.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ収集
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EG8

5eg8


解像度: 1.4→31.356 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.918 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1834 1652 5 %RANDOM
Rwork0.1616 ---
obs0.1627 31451 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.12 Å2 / Biso mean: 14.531 Å2 / Biso min: 5.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0 Å20 Å2
2---0.04 Å2-0 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→31.356 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1256 0 39 162 1457
Biso mean--25.54 25.85 -
残基数----161
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0191500
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021475
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6311.9912039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00233405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1745198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.03322.37359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.47215293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0111515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02355
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6261.074744
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6031.071743
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5271.606958
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 112 -
Rwork0.275 2211 -
all-2323 -
obs--98.02 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.1358 Å / Origin y: 5.8704 Å / Origin z: 11.4587 Å
111213212223313233
T0.0014 Å20.0013 Å2-0.0008 Å2-0.0051 Å20.0022 Å2--0.0029 Å2
L0.1531 °20.041 °20.0672 °2-0.0586 °2-0.0231 °2--0.0704 °2
S0.0089 Å °0.0131 Å °-0.0053 Å °-0.0027 Å °0.0006 Å °0.0014 Å °0.009 Å °0.003 Å °-0.0095 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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