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- PDB-5eg6: CSL-RITA complex bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eg6
タイトルCSL-RITA complex bound to DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3')
  • Recombining binding protein suppressor of hairless
  • hRITA
キーワードTRANSCRIPTION/DNA BINDING PROTEIN/DNA / Notch / RBPJ / TRANSCRIPTION-DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


determination of heart left/right asymmetry / blood vessel endothelial cell fate specification / positive regulation of ERBB signaling pathway / regulation of generation of precursor metabolites and energy / club cell differentiation / arterial endothelial cell fate commitment / blood vessel lumenization / regulation of timing of cell differentiation / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / secondary heart field specification ...determination of heart left/right asymmetry / blood vessel endothelial cell fate specification / positive regulation of ERBB signaling pathway / regulation of generation of precursor metabolites and energy / club cell differentiation / arterial endothelial cell fate commitment / blood vessel lumenization / regulation of timing of cell differentiation / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / secondary heart field specification / pulmonary valve development / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / dorsal aorta morphogenesis / sebaceous gland development / endocardium morphogenesis / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / aortic valve development / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / auditory receptor cell fate commitment / positive regulation of transcription of Notch receptor target / Notch-HLH transcription pathway / heart induction / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / cardiac left ventricle morphogenesis / epidermal cell fate specification / pituitary gland development / endocardium development / atrioventricular canal development / hair follicle maturation / cardiac muscle cell myoblast differentiation / regulation of epithelial cell proliferation / myeloid dendritic cell differentiation / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / positive regulation of BMP signaling pathway / inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of ossification / nuclear export / negative regulation of cold-induced thermogenesis / artery morphogenesis / labyrinthine layer blood vessel development / ventricular septum morphogenesis / negative regulation of Notch signaling pathway / heart looping / outflow tract morphogenesis / somatic stem cell population maintenance / hemopoiesis / negative regulation of cell differentiation / humoral immune response / epithelial to mesenchymal transition / blood vessel remodeling / cell fate commitment / somitogenesis / negative regulation of stem cell proliferation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / transcription repressor complex / tubulin binding / B cell differentiation / neurogenesis / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / protein-DNA complex / stem cell proliferation / neuron differentiation / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / heart development / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell population proliferation / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / defense response to bacterium / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / chromatin binding / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RBPJ-interacting and tubulin-associated protein 1 / RBPJ-interacting and tubulin associated protein / LAG1, DNA binding domain / Beta-trefoil DNA-binding domain / RBP-J/Cbf11/Cbf12, DNA binding / Beta-trefoil domain superfamily / RBP-J/Cbf11, DNA binding domain superfamily / RBP-Jkappa, IPT domain / Suppressor of hairless-like / Beta-trefoil DNA-binding domain ...RBPJ-interacting and tubulin-associated protein 1 / RBPJ-interacting and tubulin associated protein / LAG1, DNA binding domain / Beta-trefoil DNA-binding domain / RBP-J/Cbf11/Cbf12, DNA binding / Beta-trefoil domain superfamily / RBP-J/Cbf11, DNA binding domain superfamily / RBP-Jkappa, IPT domain / Suppressor of hairless-like / Beta-trefoil DNA-binding domain / LAG1, DNA binding / TIG domain / LAG1, DNA binding / Beta-trefoil DNA-binding domain / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / p53-like transcription factor, DNA-binding / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-BUTANEDIOL / DNA / DNA (> 10) / Recombining binding protein suppressor of hairless / RBPJ-interacting and tubulin-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.094 Å
データ登録者Tabaja, N.H. / Kovall, R.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA178974-02 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)T32CA117846-07 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CSL-RITA complex bound to DNA
著者: Tabaja, N.H. / Kovall, R.A.
履歴
登録2015年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3')
C: Recombining binding protein suppressor of hairless
R: hRITA
A: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,60630
ポリマ－58,7964
非ポリマー1,81026
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8840 Å2
ΔGint19 kcal/mol
Surface area25990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.788, 96.410, 96.711
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-701-

HOH

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BA

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*CP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*T)-3')


分子量: 4503.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*GP*A)-3')


分子量: 4673.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 CR

#2: タンパク質 Recombining binding protein suppressor of hairless / J kappa-recombination signal-binding protein / RBP-J kappa


分子量: 47869.641 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 53-474 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rbpj, Igkjrb1, Igkrsbp, Rbpsuh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31266
#3: タンパク質・ペプチド hRITA


分子量: 1749.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q96K30*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 187分子

#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 0.1M Bis-Tris pH5.5, 0.2M Ammonium Acetate, 10% 1,4-butanediol, and 16% polyethylene glycol 3350
PH範囲: 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.094→50 Å / Num. obs: 42943 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 25.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 0.93 / Net I/av σ(I): 22.83 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 303810
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.094-2.145.50.53621020.86398.6
2.14-2.1860.51621070.87399.6
2.18-2.226.80.45721270.899100
2.22-2.267.20.41720970.924100
2.26-2.317.40.36521390.946100
2.31-2.377.40.33121250.951100
2.37-2.427.40.2921320.953100
2.42-2.497.40.26721180.939100
2.49-2.567.40.22421060.971100
2.56-2.657.40.1921290.966100
2.65-2.747.40.16821441.044100
2.74-2.857.40.14421521.088100
2.85-2.987.40.1221301.121100
2.98-3.147.30.10121321.149100
3.14-3.337.30.07921751.00799.9
3.33-3.597.20.06921370.92100
3.59-3.957.20.06221750.884100
3.95-4.5270.05521770.85100
4.52-5.770.04522260.58999.9
5.7-506.50.04623130.59899

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.3位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.094→40.827 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.25 / 位相誤差: 23.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 1981 5.15 %
Rwork0.1978 --
obs0.1999 38480 89.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.094→40.827 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3381 609 118 161 4269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074249
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2295822
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2421627
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078637
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005635
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0942-2.14660.2831730.19851389X-RAY DIFFRACTION48
2.1466-2.20460.2581980.20741872X-RAY DIFFRACTION65
2.2046-2.26950.28021190.21672195X-RAY DIFFRACTION77
2.2695-2.34270.26371320.21552451X-RAY DIFFRACTION86
2.3427-2.42640.29641400.22622699X-RAY DIFFRACTION93
2.4264-2.52360.29781490.22542730X-RAY DIFFRACTION95
2.5236-2.63840.26121530.23132786X-RAY DIFFRACTION97
2.6384-2.77750.28321540.23422819X-RAY DIFFRACTION98
2.7775-2.95140.29441590.23372843X-RAY DIFFRACTION98
2.9514-3.17920.25491590.21282872X-RAY DIFFRACTION99
3.1792-3.4990.24651580.20592888X-RAY DIFFRACTION99
3.499-4.0050.231590.18822927X-RAY DIFFRACTION99
4.005-5.04440.18631640.15312946X-RAY DIFFRACTION100
5.0444-40.83460.18521640.17473082X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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