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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eft
タイトルStructural Basis for Specific Recognition of ssDNA by SRBSDV P9-1 Octamers
要素(p9-1) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / Specific Recognition / ssDNA / SRBSDV P9-1 / Octamers
機能・相同性Reovirus P9-like / Reovirus P9-like family / p9-1
機能・相同性情報
生物種Rice black-streaked dwarf virus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Li, X.Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31460460 中国
National Natural Science Foundation of China21132003 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis for Specific Recognition of ssDNA by SRBSDV P9-1 Octamers
著者: Li, X.Y.
履歴
登録2015年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: p9-1
B: p9-1
C: p9-1
D: p9-1
E: p9-1
F: p9-1
G: p9-1
H: p9-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,2038
ポリマ－155,2038
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10160 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area51920 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)118.520, 155.720, 157.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13A
23G
14B
24D
15B
25F
16B
26H
17C
27E
18C
28G
19D
29F
110D
210H
111E
211G
112F
212H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAVALVALAA332 - 3471 - 16
21ALAALAVALVALCC332 - 3471 - 16
12ALAALAVALVALAA332 - 3471 - 16
22ALAALAVALVALEE332 - 3471 - 16
13ALAALAVALVALAA332 - 3471 - 16
23ALAALAVALVALGG332 - 3471 - 16
14LEULEUPHEPHEBB4 - 3241 - 321
24LEULEUPHEPHEDD4 - 3241 - 321
15LEULEUPHEPHEBB4 - 3241 - 321
25LEULEUPHEPHEFF4 - 3241 - 321
16LEULEUPHEPHEBB4 - 3241 - 321
26LEULEUPHEPHEHH4 - 3241 - 321
17ALAALAVALVALCC332 - 3471 - 16
27ALAALAVALVALEE332 - 3471 - 16
18ALAALAVALVALCC332 - 3471 - 16
28ALAALAVALVALGG332 - 3471 - 16
19LEULEUPHEPHEDD4 - 3241 - 321
29LEULEUPHEPHEFF4 - 3241 - 321
110LEULEUPHEPHEDD4 - 3241 - 321
210LEULEUPHEPHEHH4 - 3241 - 321
111ALAALAVALVALEE332 - 3471 - 16
211ALAALAVALVALGG332 - 3471 - 16
112LEULEUPHEPHEFF4 - 3241 - 321
212LEULEUPHEPHEHH4 - 3241 - 321

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
p9-1


分子量: 1725.936 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal peptide / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rice black-streaked dwarf virus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6SCH3
#2: タンパク質
p9-1


分子量: 37074.844 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 4-324 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rice black-streaked dwarf virus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6SCH3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Trimethylamine N-oxide dihydrate, 100 mM Tris-HCl, 16% Polyethylene glycol monomethyl ether 3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 195 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: RIGAKU AFC9 / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 2015年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→29.6 Å / Num. obs: 65431 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.4 % / Net I/σ(I): 10.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootデータ削減
Coot位相決定
精密化解像度: 2.5→29.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 14.068 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.537 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2842 2566 5.1 %RANDOM
Rwork0.2534 ---
obs0.255 47882 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 249.72 Å2 / Biso mean: 88.171 Å2 / Biso min: 19.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.67 Å20 Å2-0 Å2
2---2.79 Å2-0 Å2
3---5.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→29.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8792 0 0 0 8792
残基数----1084
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0198944
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.028732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3141.98412068
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.858320036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.37851056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.923.905420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.198151608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7161556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21396
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022068
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A6770.02
12C6770.02
21A6800.02
22E6800.02
31A6780.02
32G6780.02
41B165540.01
42D165540.01
51B165670.01
52F165670.01
61B165670.01
62H165670.01
71C6780.01
72E6780.01
81C6770.01
82G6770.01
91D165630.01
92F165630.01
101D165620.01
102H165620.01
111E6810.01
112G6810.01
121F165750.01
122H165750.01
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 194 -
Rwork0.408 3490 -
all-3684 -
obs--99.59 %
精密化 TLSL11 esd: 0 °2 / L12 esd: 0 °2 / L13 esd: 0 °2 / L22 esd: 0 °2 / L23 esd: 0 °2 / L33 esd: 0 °2 / S11 esd: 0 Å ° / S12 esd: 0 Å ° / S13 esd: 0 Å ° / S21 esd: 0 Å ° / S22 esd: 0 Å ° / S23 esd: 0 Å ° / S31 esd: 0 Å ° / S32 esd: 0 Å ° / S33 esd: 0 Å ° / T11 esd: 0 Å2 / T12 esd: 0 Å2 / T13 esd: 0 Å2 / T22 esd: 0 Å2 / T23 esd: 0 Å2 / T33 esd: 0 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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