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万見
- PDB-5ef4: 2.05 A crystal structure of the Amb a 11 cysteine protease, a maj... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ef4
タイトル2.05 A crystal structure of the Amb a 11 cysteine protease, a major ragweed pollen allergen, in its proform
要素Cysteine protease
キーワードALLERGEN / ragweed / cysteine protease / propeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / protein homodimerization activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine protease Amb a 11.0101
類似検索 - 構成要素
生物種Ambrosia artemisiifolia (ブタクサ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Briozzo, P. / Kopecny, D. / Savko, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Characterization of the Major Allergen Amb a 11 from Short Ragweed Pollen.
著者: Groeme, R. / Airouche, S. / Kopecny, D. / Jaekel, J. / Savko, M. / Berjont, N. / Bussieres, L. / Le Mignon, M. / Jagic, F. / Zieglmayer, P. / Baron-Bodo, V. / Bordas-Le Floch, V. / Mascarell, ...著者: Groeme, R. / Airouche, S. / Kopecny, D. / Jaekel, J. / Savko, M. / Berjont, N. / Bussieres, L. / Le Mignon, M. / Jagic, F. / Zieglmayer, P. / Baron-Bodo, V. / Bordas-Le Floch, V. / Mascarell, L. / Briozzo, P. / Moingeon, P.
履歴
登録2015年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22016年6月29日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine protease
B: Cysteine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5316
ポリマ－86,1632
非ポリマー3684
水5,080282
1
A: Cysteine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4505
ポリマ－43,0811
非ポリマー3684
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cysteine protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0811
ポリマ－43,0811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.680, 117.680, 101.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Cysteine protease


分子量: 43081.473 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-386 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ambrosia artemisiifolia (ブタクサ)
プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: V5LU01
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: protein buffer:20 mM Tris HCl pH 8.5, 150 mM NaCl, 5% (v/v) glycerol; precipitant solution: 100 mM trisodium citrate, 24% PEG 4000, 30% isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→65 Å / Num. obs: 51287 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.8 % / Rsym value: 0.187 / Net I/σ(I): 10.69
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / CC1/2: 0.608 / Rsym value: 1.176 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3tnx

3tnx


解像度: 2.05→41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9502 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9369 / SU R Cruickshank DPI: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Blow DPI: 0.133 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.133
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1992 2473 4.82 %RANDOM
Rwork0.1704 ---
obs0.1718 51284 99.86 %-
原子変位パラメータBiso max: 124.33 Å2 / Biso mean: 30.64 Å2 / Biso min: 11.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9856 Å20 Å20 Å2
2--0.9856 Å20 Å2
3----1.9712 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.217 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5128 0 24 282 5434
Biso mean--46.11 35.8 -
残基数----650
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1844SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes137HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes775HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5293HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion639SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6331SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5293HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7129HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.51
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2904 160 4.33 %
Rwork0.2642 3536 -
all0.2653 3696 -
obs--99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4483-0.0403-0.06510.50360.0760.5016-0.0082-0.0301-0.0631-0.00080.0154-0.0832-0.00690.08-0.0072-0.1709-0.0305-0.0083-0.18440.0049-0.1706-41.438220.0625-2.5681
20.9849-0.0196-0.18910.96530.0580.869-0.0165-0.0635-0.00040.108-0.03440.1697-0.0128-0.04960.0508-0.1636-0.02220.0199-0.233-0.013-0.1799-73.1479.75079.2201
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A5 - 346
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B21 - 348

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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