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- PDB-5eet: Crystal structure of murine neuroglobin at ambient pressure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eet
タイトルCrystal structure of murine neuroglobin at ambient pressure
要素Neuroglobin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / GLOBIN / OXYGEN STORAGE-TRANSPORTER / HPMX
機能・相同性
機能・相同性情報


Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hypoxia / mitochondrial matrix / heme binding ...Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hypoxia / mitochondrial matrix / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Neuroglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Colloc'h, N. / Girard, E. / Vallone, B.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Determinants of neuroglobin plasticity highlighted by joint coarse-grained simulations and high pressure crystallography.
著者: Colloc'h, N. / Sacquin-Mora, S. / Avella, G. / Dhaussy, A.C. / Prange, T. / Vallone, B. / Girard, E.
履歴
登録2015年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22021年7月28日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuroglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3473
ポリマ－16,6351
非ポリマー7132
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area7700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.316, 88.316, 114.457
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Neuroglobin


分子量: 16634.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ngb / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PlysS / 参照: UniProt: Q9ER97
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, 10 % dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: CRISTAL / 波長: 0.454 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月2日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.454 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4 % / 数: 47048 / Rsym value: 0.104 / D res high: 2 Å / D res low: 45.821 Å / Num. obs: 11623 / % possible obs: 98.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
6.3245.8210.0440.0443.8
4.476.3210.0510.0514
3.654.4710.0530.0534
3.163.6510.0720.0724
2.833.1610.1050.1054.1
2.582.8310.1420.1424.1
2.392.5810.1910.1914.1
2.242.3910.2570.2574.1
2.112.2410.3470.3474.1
22.1110.4790.4794.1
反射解像度: 2→45.821 Å / Num. all: 11623 / Num. obs: 11623 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4 % / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.119 / Rsym value: 0.104 / Net I/av σ(I): 5.818 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 47048
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.114.10.4791.5685416850.2560.4793.399.7
2.11-2.244.10.3472652716040.1860.3474.599.7
2.24-2.394.10.2572.6614315100.1370.2576.199.4
2.39-2.584.10.1913.5575014080.1020.1917.799.4
2.58-2.834.10.1424.7523712890.0760.1429.899
2.83-3.164.10.1056.4476111700.0550.10512.698.6
3.16-3.6540.0728.3411410270.040.07216.198.3
3.65-4.4740.05311.434718640.0290.05320.997.2
4.47-6.3240.05111.227426870.0290.05121.796.5
6.32-45.8213.80.04411.214493790.0250.04423.593.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å45.82 Å
Translation2.5 Å45.82 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 11623
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
5.72-10037.20.702509
4.54-5.7250.10.778501
3.96-4.5444.80.789504
3.6-3.9645.20.823505
3.34-3.641.30.83502
3.14-3.3444.20.809504
2.98-3.1445.80.776508
2.85-2.9844.50.786511
2.74-2.8545.30.774505
2.64-2.7444.30.783514
2.56-2.6446.20.788504
2.49-2.5642.30.78510
2.42-2.4947.40.783503
2.36-2.42430.78508
2.31-2.3643.40.832515
2.25-2.3144.70.818516
2.21-2.2544.40.805527
2.16-2.2148.50.795555
2.12-2.1646.70.795524
2.08-2.1250.80.693594
2.04-2.0855.80.732562
2-2.0458.80.663742

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
直接法6.2位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O4T

4o4t


解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.1758 / WRfactor Rwork: 0.1375 / FOM work R set: 0.8787 / SU B: 3.571 / SU ML: 0.096 / SU R Cruickshank DPI: 0.1425 / SU Rfree: 0.1288 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1805 552 4.8 %RANDOM
Rwork0.1431 ---
obs0.1449 11058 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.21 Å2 / Biso mean: 29.779 Å2 / Biso min: 9.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1172 0 48 76 1296
Biso mean--20.14 38.88 -
残基数----148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0191305
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021230
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8792.0251774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.14432835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0495147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.75521.66760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.93315229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6971516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02321
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7732.609591
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7732.599590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1923.89737
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 35 -
Rwork0.233 817 -
all-852 -
obs--99.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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