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万見
- PDB-3gln: Carbonmonoxy Ngb under Xenon pressure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gln
タイトルCarbonmonoxy Ngb under Xenon pressure
要素Neuroglobin
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT PROTEIN / neuroglobin / hemeprotein / xenon binding / cavities / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT PROTEIN COMPLEX / Heme / Iron / Metal-binding / Oxygen transport / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hypoxia / mitochondrial matrix / heme binding ...Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hypoxia / mitochondrial matrix / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / XENON / Neuroglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Moschetti, T. / Mueller, U. / Schultze, J. / Brunori, M. / Vallone, B.
引用ジャーナル: Biophys. J. / 年: 2009
タイトル: The structure of neuroglobin at high Xe and Kr pressure reveals partial conservation of globin internal cavities.
著者: Moschetti, T. / Mueller, U. / Schulze, J. / Brunori, M. / Vallone, B.
履歴
登録2009年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuroglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5728
ポリマ－17,3071
非ポリマー1,2667
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Neuroglobin
ヘテロ分子

A: Neuroglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,14516
ポリマ－34,6132
非ポリマー2,53114
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_655-x+4/3,-x+y+2/3,-z+2/31
Buried area6710 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area13380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.680, 88.680, 109.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-200-

HOH

21A-203-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Neuroglobin


分子量: 17306.572 Da / 分子数: 1 / 変異: C55S, C120S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ngb / プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9ER97

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非ポリマー , 5種, 54分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#4: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M ammonium sulphate, 0.1M MES, pH6.5, 10%(v/v) dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→31.5 Å / Num. all: 7984 / Num. obs: 7884 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 35.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Num. unique all: 975 / % possible all: 84.7

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1W92

1w92


解像度: 2.26→31.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 5.787 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.339 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25444 374 4.7 %RANDOM
Rwork0.19201 ---
all0.224 7562 --
obs0.19474 7509 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.347 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.16 Å2-0.58 Å20 Å2
2---1.16 Å20 Å2
3---1.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→31.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1171 0 98 47 1316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8142.1731808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4095152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.15222.12847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.12715198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.049159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02990
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2750.2702
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.2887
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2390.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.951.5757
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.77321218
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6173553
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.974.5590
LS精密化 シェル解像度: 2.263→2.322 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 31 -
Rwork0.205 507 -
obs--94.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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