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- PDB-5eel: Grb7 SH2 with bicyclic peptide inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eel
タイトルGrb7 SH2 with bicyclic peptide inhibitor
要素
  • Bicyclic Peptide Inhibitor
  • Growth factor receptor-bound protein 7
キーワードSignaling Protein/Peptide / SH2 / inhibitor / bicyclic / Signaling Protein-Peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / Tie2 Signaling / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / Downstream signal transduction / cell projection / Signaling by SCF-KIT / epidermal growth factor receptor signaling pathway ...GRB7 events in ERBB2 signaling / RND1 GTPase cycle / RET signaling / Tie2 Signaling / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / Downstream signal transduction / cell projection / Signaling by SCF-KIT / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cytoplasmic stress granule / negative regulation of translation / positive regulation of cell migration / focal adhesion / protein kinase binding / RNA binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Growth factor receptor-bound protein 7 / : / BPS (Between PH and SH2) domain / BPS (Between PH and SH2) / GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / RA like domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain ...Growth factor receptor-bound protein 7 / : / BPS (Between PH and SH2) domain / BPS (Between PH and SH2) / GRB/APBB1IP / APBB1IP, PH domain / RA like domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / MALONIC ACID / Growth factor receptor-bound protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Watson, G.M. / Gunzburg, M.J. / Wilce, M.C.J. / Wilce, J.A.
引用ジャーナル: Sci Rep / : 2016
タイトル: Unexpected involvement of staple leads to redesign of selective bicyclic peptide inhibitor of Grb7.
著者: Gunzburg, M.J. / Kulkarni, K. / Watson, G.M. / Ambaye, N.D. / Del Borgo, M.P. / Brandt, R. / Pero, S.C. / Perlmutter, P. / Wilce, M.C. / Wilce, J.A.
履歴
登録2015年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年12月26日Group: Data collection / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity_poly / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.12025年4月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Growth factor receptor-bound protein 7
B: Growth factor receptor-bound protein 7
C: Growth factor receptor-bound protein 7
D: Growth factor receptor-bound protein 7
E: Growth factor receptor-bound protein 7
F: Growth factor receptor-bound protein 7
L: Bicyclic Peptide Inhibitor
M: Bicyclic Peptide Inhibitor
N: Bicyclic Peptide Inhibitor
P: Bicyclic Peptide Inhibitor
Q: Bicyclic Peptide Inhibitor
R: Bicyclic Peptide Inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,88429
ポリマ-88,94912
非ポリマー93417
1,35175
1
A: Growth factor receptor-bound protein 7
M: Bicyclic Peptide Inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9985
ポリマ-14,8252
非ポリマー1733
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area6060 Å2
手法PISA
2
B: Growth factor receptor-bound protein 7
N: Bicyclic Peptide Inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8944
ポリマ-14,8252
非ポリマー692
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area6590 Å2
手法PISA
3
C: Growth factor receptor-bound protein 7
P: Bicyclic Peptide Inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9985
ポリマ-14,8252
非ポリマー1733
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area6200 Å2
手法PISA
4
D: Growth factor receptor-bound protein 7
Q: Bicyclic Peptide Inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9985
ポリマ-14,8252
非ポリマー1733
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area6220 Å2
手法PISA
5
E: Growth factor receptor-bound protein 7
R: Bicyclic Peptide Inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9985
ポリマ-14,8252
非ポリマー1733
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area6100 Å2
手法PISA
6
F: Growth factor receptor-bound protein 7
L: Bicyclic Peptide Inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9985
ポリマ-14,8252
非ポリマー1733
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area6350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.228, 95.228, 241.566
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 12分子 ABCDEFLMNPQR

#1: タンパク質
Growth factor receptor-bound protein 7 / B47 / Epidermal growth factor receptor GRB-7 / GRB7 adapter protein


分子量: 13690.711 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP rersidues 415-532 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRB7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14451
#2: タンパク質・ペプチド
Bicyclic Peptide Inhibitor


分子量: 1134.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 92分子

#3: 化合物
ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C3H4O4
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : CH2O2
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 5% v/v Tacsimate pH 5.0, 8% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→46.72 Å / Num. obs: 40842 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 12.9 % / Net I/σ(I): 16.84

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.47→46.72 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 2048 5.02 %
Rwork0.185 --
obs0.188 40819 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→46.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5438 0 59 75 5572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075622
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0157515
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5322028
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037805
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004981
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.47-2.52750.30291270.24442531X-RAY DIFFRACTION100
2.5275-2.59070.31081560.23922528X-RAY DIFFRACTION100
2.5907-2.66070.26271280.22752542X-RAY DIFFRACTION100
2.6607-2.7390.26721530.21792517X-RAY DIFFRACTION100
2.739-2.82740.27541370.21582521X-RAY DIFFRACTION100
2.8274-2.92840.23031160.22152585X-RAY DIFFRACTION100
2.9284-3.04570.32281390.22472541X-RAY DIFFRACTION100
3.0457-3.18420.2621210.21552572X-RAY DIFFRACTION100
3.1842-3.35210.20831470.19622549X-RAY DIFFRACTION100
3.3521-3.5620.25921280.19782581X-RAY DIFFRACTION100
3.562-3.83690.22011310.17852593X-RAY DIFFRACTION100
3.8369-4.22280.24131440.15942590X-RAY DIFFRACTION100
4.2228-4.83330.19581350.13472638X-RAY DIFFRACTION100
4.8333-6.08740.18191560.15682642X-RAY DIFFRACTION100
6.0874-46.72380.19391300.17582841X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.94375.0098-3.72037.24110.23713.398-0.11990.1440.1082-0.61730.5361-1.3992-0.4831.0585-0.46070.3991-0.01350.04980.5581-0.11140.66419.695251.73499.4442
20.97441.971-0.07654.9433-1.20191.46450.79060.13540.722-0.6548-0.2894-1.4386-1.22450.1441-0.47590.84330.01180.3810.324-0.05350.74440.701361.480997.1988
38.27145.7999-4.08489.3518-6.38654.40920.6536-0.73680.39250.2212-0.4893-0.9809-0.23540.4195-0.1990.55810.0530.09370.3015-0.08370.4622.505748.3923104.5294
44.1312-0.4170.85060.8835-1.39915.16750.4142-0.01620.2112-0.7013-0.3112-0.3796-0.3738-0.0872-0.05530.56390.1220.12030.2527-0.02260.329-2.96848.802197.6304
52.6896-1.79191.34968.89283.4288.32390.62020.1026-0.41140.0022-0.3647-0.20560.63830.1692-0.24320.45420.07210.08070.2643-0.06020.4059-0.145535.55296.8252
66.57383.06574.29291.47152.1093.03640.75560.7623-0.4049-0.5333-0.2653-0.2928-0.02640.2344-0.5780.54790.1930.14420.424-0.09250.42624.191743.697189.0229
76.65132.9552-1.72846.76253.55676.15440.63180.6950.1213-1.362-0.2713-0.7732-1.3212-0.1344-0.4690.86160.18670.22510.3724-0.10060.4949-0.385351.645888.4684
86.5482-3.77914.62592.9548-1.15326.46530.0227-0.18060.21590.2596-0.1550.1807-0.2258-0.77380.1390.2767-0.08310.04850.63910.00510.366762.774471.5668103.6445
94.6946-0.1593-0.89685.45165.5055.7145-0.09970.15620.6685-0.5190.0724-0.2241-0.16520.0851-0.02360.28370.018-0.03440.46180.06130.342361.873761.620698.7576
100.8886-1.31961.10015.7095-2.99778.0690.11040.106-0.3545-0.3773-0.09-0.71090.65460.2584-0.01810.28540.11170.0020.3934-0.00050.393758.743652.275697.1404
114.7337-4.6878-3.95847.00836.22427.14550.70591.50290.2636-1.37610.608-0.0382-1.28161.2438-0.93130.52670.02630.0250.47690.05950.353153.509667.072989.3827
123.33852.4683-0.08643.03450.47965.9857-0.0544-0.2555-0.21170.08760.0935-0.4447-0.00170.1295-0.03840.2140.0531-0.03870.227-0.01960.181249.600258.956797.6309
134.85731.8551-0.40275.3264-1.87233.10070.10570.28950.79590.22850.1870.74-1.0073-0.5249-0.14140.3210.0558-0.05030.3337-0.02420.3445.309370.7247102.5401
148.17027.7203-7.27967.2988-6.97919.06580.32280.0417-0.23410.5627-0.08850.0933-0.09510.245-0.27850.22130.1284-0.03920.3241-0.03540.308751.34362.7134109.2111
154.6831-3.0474-2.40738.99510.73685.7866-0.6370.1834-0.14230.20630.194-0.07260.7280.89880.38070.29170.0919-0.04030.370.01250.245652.175654.6867105.768
166.9794-6.9364-0.61929.41861.96962.758-0.0254-0.58870.638-0.3070.1037-1.0663-0.93740.1872-0.07530.4556-0.07440.1560.3821-0.09440.467314.204926.931576.0463
171.2881-0.42350.01462.5473-0.0920.0861-0.14620.284-0.26170.0111-0.69460.76980.0723-1.3161-0.46090.3660.21420.41280.4657-0.81140.2818.216415.29372.6669
184.322-1.1249-1.48837.0523-2.65498.9374-0.01970.4085-0.1431-0.4747-0.51930.04150.3532-0.63420.37530.47150.06890.04830.5709-0.27950.45186.613423.729374.4722
193.4360.7374-1.09011.95472.25446.5016-0.2220.2186-0.4692-0.2065-0.48780.0248-0.4644-1.10480.5950.44840.12090.01020.6899-0.30180.54981.100425.78675.6341
205.1422-0.8197-1.35348.02795.84087.66160.03450.33170.0348-0.8802-0.21570.1006-1.3133-0.9494-0.14610.90740.5082-0.04520.7175-0.23210.47291.266640.271876.5385
212.4413-2.0419-1.07874.47320.73034.6952-0.25940.2078-0.27780.4245-0.15310.28330.1454-0.3970.36610.37150.02430.05270.5738-0.26920.50595.68627.435584.1209
224.6120.771-3.92684.623-2.32797.77-0.2650.0338-0.6660.0155-0.0281-0.81920.44250.02440.24370.3204-0.0737-0.02420.2598-0.01760.604952.358611.294757.3586
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精密化 TLSグループ
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20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'C' AND (RESID 488 THROUGH 504 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'C' AND (RESID 505 THROUGH 532 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'D' AND (RESID 428 THROUGH 447 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'D' AND (RESID 448 THROUGH 454 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'D' AND (RESID 455 THROUGH 466 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN 'D' AND (RESID 467 THROUGH 475 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN 'D' AND (RESID 476 THROUGH 487 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN 'D' AND (RESID 488 THROUGH 494 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN 'D' AND (RESID 495 THROUGH 504 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN 'D' AND (RESID 505 THROUGH 514 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN 'D' AND (RESID 515 THROUGH 529 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN 'E' AND (RESID 429 THROUGH 437 )
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN 'E' AND (RESID 438 THROUGH 447 )
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN 'E' AND (RESID 448 THROUGH 459 )
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN 'E' AND (RESID 460 THROUGH 466 )
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN 'E' AND (RESID 467 THROUGH 475 )
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN 'E' AND (RESID 476 THROUGH 504 )
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN 'E' AND (RESID 505 THROUGH 519 )
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN 'E' AND (RESID 520 THROUGH 530 )
39X-RAY DIFFRACTION39CHAIN 'F' AND (RESID 427 THROUGH 448 )
40X-RAY DIFFRACTION40CHAIN 'F' AND (RESID 449 THROUGH 466 )
41X-RAY DIFFRACTION41CHAIN 'F' AND (RESID 467 THROUGH 482 )
42X-RAY DIFFRACTION42CHAIN 'F' AND (RESID 483 THROUGH 492 )
43X-RAY DIFFRACTION43CHAIN 'F' AND (RESID 493 THROUGH 514 )
44X-RAY DIFFRACTION44CHAIN 'F' AND (RESID 515 THROUGH 530 )
45X-RAY DIFFRACTION45CHAIN 'L' AND (RESID 1 THROUGH 8 )
46X-RAY DIFFRACTION46CHAIN 'M' AND (RESID 1 THROUGH 8 )
47X-RAY DIFFRACTION47CHAIN 'N' AND (RESID 1 THROUGH 8 )
48X-RAY DIFFRACTION48CHAIN 'P' AND (RESID 1 THROUGH 8 )
49X-RAY DIFFRACTION49CHAIN 'Q' AND (RESID 1 THROUGH 8 )
50X-RAY DIFFRACTION50CHAIN 'R' AND (RESID 1 THROUGH 8 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る