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- PDB-5ee4: The crystal structure of HpuA from Kingella denitrificans in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ee4
タイトルThe crystal structure of HpuA from Kingella denitrificans in complex with human haemoglobin
要素
  • (Hemoglobin subunit ...) x 2
  • HpuA
キーワードMETAL TRANSPORT / Outer membrane / receptor / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / cell outer membrane / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / peroxidase activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Haemoglobin-haptoglobin utilisation, porphyrin transporter / Haemoglobin-haptoglobin utilisation, porphyrin transporter / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like ...Haemoglobin-haptoglobin utilisation, porphyrin transporter / Haemoglobin-haptoglobin utilisation, porphyrin transporter / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Transferrin-binding protein B C-lobe/N-lobe beta barrel domain-containing protein / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Kingella denitrificans ATCC 33394 (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wong, C.T. / Hare, S.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100332 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural analysis of haemoglobin binding by HpuA from the Neisseriaceae family.
著者: Wong, C.T. / Xu, Y. / Gupta, A. / Garnett, J.A. / Matthews, S.J. / Hare, S.A.
履歴
登録2015年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月30日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HpuA
B: HpuA
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,45616
ポリマ－129,6786
非ポリマー2,77810
水6,738374
1
A: HpuA
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3209
ポリマ－64,8393
非ポリマー1,4816
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area24590 Å2
手法PISA
2
B: HpuA
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1367
ポリマ－64,8393
非ポリマー1,2974
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6730 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area24660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.790, 87.210, 124.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22E
13D
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROVALVALAA15 - 32015 - 320
21PROPROVALVALBB15 - 32015 - 320
12VALVALARGARGCC1 - 1411 - 141
22VALVALARGARGEE1 - 1411 - 141
13GLUGLUTYRTYRDD6 - 1456 - 145
23GLUGLUTYRTYRFF6 - 1456 - 145

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HpuA


分子量: 33798.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kingella denitrificans ATCC 33394 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF9098_0447 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F0EX68

-
Hemoglobin subunit ... , 2種, 4分子 CEDF

#2: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood / 参照: UniProt: P69905
#3: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood / 参照: UniProt: P68871

-
非ポリマー , 4種, 384分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 100 mM Hepes, 18 % Peg 4,000, 10 % Isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→123.071 Å / Num. all: 49897 / Num. obs: 49897 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.5 % / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.191 / Rsym value: 0.175 / Net I/av σ(I): 3.467 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 322547
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.426.30.8182.14619972810.3530.8182.197.8
2.42-2.576.60.6241.24573969070.2610.6242.997.4
2.57-2.756.40.5461.14112564400.2360.5463.696.5
2.75-2.976.10.3122.43594058520.1350.3125.194.7
2.97-3.256.80.2133.53897757000.0880.2137.799.4
3.25-3.646.60.1474.33386451000.0620.14711.597.9
3.64-4.25.90.1074.52519642650.0480.10715.693.4
4.2-5.146.70.06410.32567838140.0260.06420.298.4
5.14-7.276.60.065101920229290.0270.0651897.6
7.27-41.1016.60.04910.71062716090.020.04925.895

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.49 Å41.1 Å
Translation6.49 Å41.1 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EC6, 1HHO

5ec6

1hho


解像度: 2.3→123.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 9.388 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.458 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2443 2491 5 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.2041 47357 96.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.52 Å2 / Biso mean: 33.173 Å2 / Biso min: 14.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.65 Å20 Å2-0.13 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----2.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→123.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8742 0 192 374 9308
Biso mean--30.05 33.21 -
残基数----1164
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0199158
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.028548
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5041.97812490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04319673
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022115
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3163.1884648
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3163.1884647
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5844.7735796
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A156220.13
12B156220.13
21C75990.12
22E75990.12
31D74030.12
32F74030.12
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 168 -
Rwork0.286 3501 -
all-3669 -
obs--97.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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