PDB-5edh: human PDE10A, 8-ethyl-5-methyl-2-[2-(2-methyl-5-pyrrolidin-1-yl-1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5edh

タイトル

human PDE10A, 8-ethyl-5-methyl-2-[2-(2-methyl-5-pyrrolidin-1-yl-1,2,4-triazol-3-yl)ethyl]-[1,2,4]triazolo[1,5-c]pyrimidine, 2.03A, H3, Rfree=22.7%

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE / PHOSPHODIESTERASE / PDE10

機能・相同性

機能・相同性情報

cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Joseph, C. / Rudolph, M.G.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: A Real-World Perspective on Molecular Design.
著者: Kuhn, B. / Guba, W. / Hert, J. / Banner, D. / Bissantz, C. / Ceccarelli, S. / Haap, W. / Korner, M. / Kuglstatter, A. / Lerner, C. / Mattei, P. / Neidhart, W. / Pinard, E. / Rudolph, M.G. / ...

履歴

登録	2015年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月25日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5edh.cif.gz	268.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5edh.ent.gz	225.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5edh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5edh_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5edh_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5edh_validation.xml.gz	50.1 KB	表示
CIF形式データ	5edh_validation.cif.gz	70.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/5edh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/5edh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5edbC 5edcC 5edeC 5edgC 5ediC 5ezxC 5ezzC 5f00C 5f01C 5f02C 5f03C 5i2rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ede-3 3uuo-1 5i2r-3 2o8h-d 3sn7-1 4msc-1 6ko1-1 5edi-3 3lxg-d 5dh5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

148 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.401, 135.401, 235.335
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 36515.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-5MF / 8-ethyl-5-methyl-2-[2-(2-methyl-5-pyrrolidin-1-yl-1,2,4-triazol-3-yl)ethyl]-[1,2,4]triazolo[1,5-c]pyrimidine 分子量: 340.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₄N₈
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.59 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.99995 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.99995	1
2	0.99995	1

反射

解像度: 2.03→43.68 Å / Num. obs: 103725 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.17 % / B_iso Wilson estimate: 44.61 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_rim(I) all: 0.084 / R_sym value: 0.069 / Χ²: 0.988 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 548572

反射シェル

解像度: 2.03→2.13 Å / 冗長度: 5.05 % / R_merge(I) obs: 0.742 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. measured obs: 6324 / Num. possible: 1183 / Num. unique obs: 1173 / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.018 / R_sym value: 0.742 / Rejects: 0 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
REFMAC		精密化
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.03→43.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 4.759 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2266	5007	5 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.188	95000	96.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 80 Å² / B_iso mean: 40.871 Å² / B_iso min: 18.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.37 Å²	-0.37 Å²	0 Å²
2-	-	-0.37 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.03→43.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10166	0	108	526	10800
B_iso mean	-	-	32.77	40.22	-
残基数	-	-	-	-	1253

LS精密化シェル

解像度: 2.03→2.083 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.377	341	-
R_work	0.367	6422	-
all	-	6763	-
obs	-	-	87.97 %

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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