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- PDB-5ed0: Structure of the Shigella flexneri VapC mutant D7N -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ed0
タイトルStructure of the Shigella flexneri VapC mutant D7N
要素tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
キーワードHYDROLASE / Toxin / PIN-domain
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA nuclease activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / PIN domain / VapC family / 5'-nuclease / PIN domain / PIN-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Xu, K. / Dedic, E. / Brodersen, D.E.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Scholarship Council 中国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2016
タイトル: Structural analysis of the active site architecture of the VapC toxin from Shigella flexneri.
著者: Xu, K. / Dedic, E. / Brodersen, D.E.
履歴
登録2015年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32020年3月4日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
B: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
C: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
D: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
E: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
F: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
G: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
H: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
I: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
J: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
K: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
L: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,96812
ポリマ－187,96812
非ポリマー00
水26,5901476
1
A: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
I: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3282
ポリマ－31,3282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11900 Å2
手法PISA
2
B: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
L: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3282
ポリマ－31,3282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11930 Å2
手法PISA
3
C: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
K: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3282
ポリマ－31,3282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12220 Å2
手法PISA
4
D: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC

D: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3282
ポリマ－31,3282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area2140 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12410 Å2
手法PISA
5
E: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC

H: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3282
ポリマ－31,3282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_345-x-3/2,-y-1/2,z+1/21
Buried area2110 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12430 Å2
手法PISA
6
F: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC

J: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3282
ポリマ－31,3282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_344-x-3/2,-y-1/2,z-1/21
Buried area2130 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12230 Å2
手法PISA
7
G: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC

G: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3282
ポリマ－31,3282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area2200 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.550, 185.460, 146.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-299-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC / RNase VapC / Toxin VapC


分子量: 15663.971 Da / 分子数: 12 / 変異: D7N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: vapC, mvpA, stborf2, CP0245 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O06662, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.71 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.1 M sodium malonate, 0.1 M Hepes-NaOH, pH 7.0, and 0.5% v/v Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.41 Å / Num. obs: 12579 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 10.34

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1839精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.1→45.406 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2251 2000 1.58 %
Rwork0.1774 --
obs0.1781 126820 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.406 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12328 0 0 1476 13804
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812602
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2616994
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9544751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531916
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062235
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.15250.38771420.31468886X-RAY DIFFRACTION100
2.1525-2.21070.29071410.27968813X-RAY DIFFRACTION100
2.2107-2.27580.31631430.25798886X-RAY DIFFRACTION100
2.2758-2.34920.29711410.23738826X-RAY DIFFRACTION100
2.3492-2.43320.28411430.2218892X-RAY DIFFRACTION100
2.4332-2.53060.2551420.20588868X-RAY DIFFRACTION100
2.5306-2.64580.2641410.20238871X-RAY DIFFRACTION100
2.6458-2.78520.2581440.19298902X-RAY DIFFRACTION100
2.7852-2.95970.23621410.18318855X-RAY DIFFRACTION100
2.9597-3.18820.23911430.17378916X-RAY DIFFRACTION99
3.1882-3.50890.19041430.15698899X-RAY DIFFRACTION99
3.5089-4.01640.17821430.13288940X-RAY DIFFRACTION99
4.0164-5.05920.161440.12279019X-RAY DIFFRACTION100
5.0592-45.41620.18261490.14649247X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -97.2234 Å / Origin y: -46.9247 Å / Origin z: 7.9304 Å
111213212223313233
T0.1799 Å2-0.0018 Å2-0.0022 Å2-0.1813 Å2-0.0003 Å2--0.2091 Å2
L-0.0188 °20.0055 °2-0.0006 °2-0.0015 °2-0.0043 °2--0.0514 °2
S-0.0086 Å °-0.0007 Å °-0.0114 Å °-0.0181 Å °0.0052 Å °0.0153 Å °-0.0059 Å °-0.0222 Å °0.0027 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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