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- PDB-5ecj: Crystal structure of monobody Mb(S4) bound to Prdm14 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ecj
タイトルCrystal structure of monobody Mb(S4) bound to Prdm14 in complex with Mtgr1
要素
  • Monobody Mb(S4)
  • PR domain zinc finger protein 14,Protein CBFA2T2
キーワードGENE REGULATION/TRANSCRIPTION / TRANSFERASE / PROTEIN BINDING / GENE REGULATION-TRANSCRIPTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


methyltransferase regulator activity / inactivation of paternal X chromosome by genomic imprinting / inner cell mass cell fate commitment / positive regulation of flagellated sperm motility / intestinal epithelial cell differentiation / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / germ-line stem cell population maintenance / histone methyltransferase binding / fertilization / cell fate specification ...methyltransferase regulator activity / inactivation of paternal X chromosome by genomic imprinting / inner cell mass cell fate commitment / positive regulation of flagellated sperm motility / intestinal epithelial cell differentiation / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / germ-line stem cell population maintenance / histone methyltransferase binding / fertilization / cell fate specification / stem cell population maintenance / negative regulation of gene expression, epigenetic / positive regulation of stem cell population maintenance / germ cell development / negative regulation of Notch signaling pathway / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / epithelial cell differentiation / embryo implantation / homeostasis of number of cells within a tissue / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / epigenetic regulation of gene expression / methyltransferase activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin DNA binding / positive regulation of neuron projection development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cell morphogenesis / transcription corepressor activity / regulation of gene expression / negative regulation of neuron projection development / methylation / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Myeloid transforming gene-related protein-1 (MTGR1) / PRDM14, PR/SET domain / TAFH/NHR1 domain / CBFA2T family / NHR2-like / NHR2 domain like / PR domain zinc finger protein 2, PR domain / : / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF ...Myeloid transforming gene-related protein-1 (MTGR1) / PRDM14, PR/SET domain / TAFH/NHR1 domain / CBFA2T family / NHR2-like / NHR2 domain like / PR domain zinc finger protein 2, PR domain / : / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology / TAFH/NHR1 / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Beta Complex / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PR domain zinc finger protein 14 / Protein CBFA2T2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Gupta, A. / Koide, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R01DA036887 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM090324 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: ETO family protein Mtgr1 mediates Prdm14 functions in stem cell maintenance and primordial germ cell formation.
著者: Nady, N. / Gupta, A. / Ma, Z. / Swigut, T. / Koide, A. / Koide, S. / Wysocka, J.
履歴
登録2015年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PR domain zinc finger protein 14,Protein CBFA2T2
F: Monobody Mb(S4)
B: PR domain zinc finger protein 14,Protein CBFA2T2
E: Monobody Mb(S4)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4434
ポリマ－89,4434
非ポリマー00
水00
1
A: PR domain zinc finger protein 14,Protein CBFA2T2
E: Monobody Mb(S4)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7222
ポリマ－44,7222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Monobody Mb(S4)
B: PR domain zinc finger protein 14,Protein CBFA2T2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7222
ポリマ－44,7222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.812, 106.812, 180.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 PR domain zinc finger protein 14,Protein CBFA2T2 / PR domain-containing protein 14 / MTG8-like protein / MTG8-related protein 1


分子量: 34523.152 Da / 分子数: 2 / 変異: L200H,L200H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prdm14, Cbfa2t2, Cbfa2t2h, Mtgr1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: E9Q3T6, UniProt: O70374, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質 Monobody Mb(S4)


分子量: 10198.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 17% PEG3350, 8% Tacsimate / PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月13日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→37.764 Å / Num. obs: 20631 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20 % / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 3.05→3.16 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.05→37.764 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2496 1725 8.38 %
Rwork0.1886 --
obs0.1939 20581 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→37.764 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5480 0 0 0 5480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065617
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0747648
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6651972
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042856
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006991
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.05-3.13970.34691420.28341547X-RAY DIFFRACTION100
3.1397-3.2410.38321400.28661529X-RAY DIFFRACTION100
3.241-3.35680.41561390.26611536X-RAY DIFFRACTION100
3.3568-3.49110.31421410.24941536X-RAY DIFFRACTION100
3.4911-3.64990.33651410.22191544X-RAY DIFFRACTION100
3.6499-3.84210.28061430.20091574X-RAY DIFFRACTION100
3.8421-4.08260.23171410.18511550X-RAY DIFFRACTION100
4.0826-4.39740.25751430.15551561X-RAY DIFFRACTION100
4.3974-4.83910.20321450.14871583X-RAY DIFFRACTION100
4.8391-5.53740.2141450.15751588X-RAY DIFFRACTION100
5.5374-6.96940.25531480.20151621X-RAY DIFFRACTION100
6.9694-37.76660.21851570.18381687X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6097-1.7366-0.45123.58894.24045.7687-0.27490.2276-1.34233.2876-0.46211.61190.8622-0.36270.56362.13240.144-0.14460.60930.11.1654-2.365825.57035.6303
24.217-0.5140.85755.33520.02835.8059-0.00620.2243-0.17750.8862-0.1323-1.0184-0.07581.29830.23280.91390.0012-0.26150.9215-0.00981.01225.932243.6038-1.8187
36.1326-0.1585-1.72996.2130.47182.9354-0.07160.3324-0.33240.02040.33490.1259-0.4251-0.0509-0.29380.8253-0.0215-0.22560.7441-0.04060.5964-3.924839.7721-7.7071
45.55141.69880.43056.2303-0.4033.3429-0.17330.5099-1.5569-0.04330.231-0.50040.81970.3241-0.21.07490.3073-0.20230.907-0.40631.247-2.139720.5093-11.628
52.51440.17210.83645.03983.16644.58620.6555-0.4146-0.4058-1.44020.82630.43340.3524-0.21150.97481.8536-0.3854-0.87121.4956-0.20221.0152-25.537413.445426.1752
63.15892.27811.08942.2721-0.44423.9015-0.0276-0.8152-0.09512.0783-0.376-0.48170.3080.76440.5551.5185-0.26820.0211.29610.23230.8693-29.25461.882519.9773
78.4895-1.1073-3.26182.05840.67372.05520.4279-0.2589-0.2975-0.2726-0.4582-1.4421-1.2060.622-0.07341.011-0.09970.00111.18750.12381.256-25.84668.463610.7317
86.19421.08151.14082.0618-0.02268.81290.5917-1.459-0.28820.2377-0.443-0.8267-1.81340.0649-0.12131.0147-0.3399-0.01421.46970.11660.778-27.03275.683714.5363
96.45070.22430.91325.3035-0.80089.08160.8204-1.3868-0.73670.7163-0.98310.4233-2.1607-0.28910.31240.7512-0.4823-0.35991.51320.00840.8743-23.703311.393518.042
105.5712-4.5376.17327.1373-3.89777.3113-0.46310.4330.44173.10280.1340.9182-1.53631.00440.37891.64260.0334-0.24480.669-0.03931.6052-31.871644.7052-14.2214
112.82574.3946-2.87286.8085-5.24934.47040.0132-1.8061.67580.1494-0.81530.8054-0.63710.84621.22321.51370.3104-0.2171.3355-0.40871.2284-40.018439.49633.0356
122.7646-3.05612.18574.4562-1.22992.7242-0.2959-1.41262.115-0.2481-0.34140.0626-0.167-2.27360.86081.85460.39980.02851.4354-0.47261.3971-43.16135.94995.7651
137.87121.35131.63295.6818-0.74196.91330.2629-0.90640.08911.0455-0.10320.1954-0.3031-0.7547-0.18431.1160.10360.02310.8076-0.2250.7613-39.16722.1505-2.0152
144.5428-1.0728-2.07941.3302-0.18562.4820.0716-0.69130.1341.7243-0.0557-0.5908-0.72010.47790.00491.2787-0.1799-0.17110.6691-0.2580.8583-30.4324.31280.6899
154.3092-1.88010.7046.3357-2.10336.2051-0.28670.132-0.6462-0.76250.69230.53831.1151-0.0785-0.40110.9671-0.1157-0.21310.6626-0.06070.8448-32.173315.2454-10.3667
162.9652-0.54071.66184.7971-3.4475.2653-0.15620.84360.59990.33110.0494-0.63970.23750.9430.14920.86560.0329-0.18780.8528-0.21180.9671-24.221834.211-20.1984
174.3815-0.7061-0.89994.64476.44058.3628-0.5550.77-0.3712-0.39330.13142.01360.15-0.51060.17010.92990.2533-0.17861.0112-0.05881.0233-37.72134.6712-18.0263
182.461-1.2159-0.28122.28453.34726.0284-0.3696-0.48560.03690.4082-0.20682.7588-1.5278-0.31610.44981.11720.31740.06940.9281-0.22721.2121-15.523769.37840.6217
192.02071.1951-1.31782.6196-2.66232.71150.2410.8336-0.2054-1.10550.18161.84420.13110.19110.56220.842-0.0468-0.1390.92950.14160.7434-11.533173.8233-18.0498
209.2886-2.2621-2.82288.7167-2.91062.4738-0.19871.05210.1547-1.17960.22920.46620.749-0.15280.04140.9757-0.2034-0.32080.6030.03890.674-9.556770.3406-18.5881
218.67694.79586.69486.17695.87116.5738-0.6064-0.50471.05551.2428-0.05190.4369-0.51490.4918-0.01541.30970.1984-0.03450.68840.01320.6066-9.871865.0216-4.4378
223.7432-0.40755.22441.6552-0.31357.3120.32062.2022-1.40780.3691-0.22441.01420.376-0.65470.09860.7491-0.045-0.38031.5039-0.22371.1782-19.854755.6292-18.6959
235.5697-2.4045-0.67572.5725-1.532.658-0.2361-0.7395-0.3217-1.5966-0.3127-1.17691.40670.55970.78121.35190.2877-0.35971.01520.03350.9026-6.484760.3471-9.7029
243.34931.5659-0.62778.26961.46354.40950.91060.8863-0.01880.8021-0.1445-0.4266-0.53210.2010.4391.3063-0.0632-0.35840.54480.12261.0282-8.624766.7594-16.2074
253.74071.0479-2.06075.27420.27343.0377-0.32220.49110.36391.66260.06070.38661.53620.17330.05220.82580.0738-0.11470.58980.13340.7157-13.242562.1492-5.8095
265.12322.6736-1.7047.39562.82043.0547-0.6969-2.41680.25882.408-0.26640.2211-0.05180.2171-0.09461.66950.1846-0.04630.7701-0.14470.7351-11.812558.47955.9786
276.0041-2.4918-0.25127.53132.03240.5880.7417-1.2065-0.22251.86970.07540.05620.4666-0.3781-0.27390.58160.1238-0.23810.27580.50211.3851-18.88369.0336-16.195
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 129 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 130 through 225 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 226 through 288 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'F' and (resid 1 through 8 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 9 through 28 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resid 29 through 51 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and (resid 52 through 77 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'F' and (resid 78 through 93 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 2 through 14 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 15 through 53 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 54 through 77 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 78 through 150 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 151 through 181 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 182 through 206 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 207 through 263 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 264 through 286 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 1 through 8 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 9 through 14 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 15 through 21 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 22 through 38 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 39 through 45 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 46 through 51 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 52 through 66 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 67 through 77 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 78 through 86 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 87 through 93 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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