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- PDB-5ecg: Crystal structure of the BRCT domains of 53BP1 in complex with p5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ecg
タイトルCrystal structure of the BRCT domains of 53BP1 in complex with p53 and H2AX-pSer139 (gammaH2AX)
要素
  • Cellular tumor antigen p53
  • SEP-GLN-GLU-TYR
  • Tumor suppressor p53-binding protein 1
キーワードANTITUMOR PROTEIN / DNA Repair / NHEJ / H2AX / BRCT
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-modified histone reader activity / positive regulation of isotype switching / cellular response to X-ray / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate ...ubiquitin-modified histone reader activity / positive regulation of isotype switching / cellular response to X-ray / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein localization to site of double-strand break / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / negative regulation of helicase activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / regulation of fibroblast apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / oligodendrocyte apoptotic process / DNA repair complex / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of mitophagy / positive regulation of programmed necrotic cell death / mRNA transcription / bone marrow development / circadian behavior / histone deacetylase regulator activity / germ cell nucleus / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / negative regulation of glial cell proliferation / negative regulation of neuroblast proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / telomeric DNA binding / negative regulation of DNA replication / ER overload response / B cell lineage commitment / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / thymocyte apoptotic process / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / cardiac septum morphogenesis / positive regulation of execution phase of apoptosis / entrainment of circadian clock by photoperiod / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Zygotic genome activation (ZGA) / necroptotic process / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / rRNA transcription / mitophagy / SUMOylation of transcription factors / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / general transcription initiation factor binding / Transcriptional Regulation by VENTX / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / response to X-ray / replicative senescence / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / neuroblast proliferation / cellular response to UV-C / : / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / chromosome organization / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / T cell proliferation involved in immune response / glial cell proliferation / embryonic organ development / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / Pyroptosis / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / hematopoietic progenitor cell differentiation / cellular response to glucose starvation / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / cellular response to actinomycin D / somitogenesis / type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of stem cell proliferation / core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of fibroblast proliferation
類似検索 - 分子機能
: / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Tumour suppressor p53-binding protein-1 Tudor domain / Tumour suppressor p53-binding protein-1 Tudor / : / : / BRCT domain / Immunoglobulin-like - #720 / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 ...: / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Tumour suppressor p53-binding protein-1 Tudor domain / Tumour suppressor p53-binding protein-1 Tudor / : / : / BRCT domain / Immunoglobulin-like - #720 / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / breast cancer carboxy-terminal domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellular tumor antigen p53 / TP53-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Day, M. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC302/A14532 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: ATM Localization and Heterochromatin Repair Depend on Direct Interaction of the 53BP1-BRCT2 Domain with gamma H2AX.
著者: Baldock, R.A. / Day, M. / Wilkinson, O.J. / Cloney, R. / Jeggo, P.A. / Oliver, A.W. / Watts, F.Z. / Pearl, L.H.
履歴
登録2015年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月30日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellular tumor antigen p53
B: Cellular tumor antigen p53
C: Tumor suppressor p53-binding protein 1
D: Tumor suppressor p53-binding protein 1
E: SEP-GLN-GLU-TYR
F: SEP-GLN-GLU-TYR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,9528
ポリマ－110,8216
非ポリマー1312
水30617
1
A: Cellular tumor antigen p53
C: Tumor suppressor p53-binding protein 1
F: SEP-GLN-GLU-TYR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4764
ポリマ－55,4113
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cellular tumor antigen p53
D: Tumor suppressor p53-binding protein 1
E: SEP-GLN-GLU-TYR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4764
ポリマ－55,4113
非ポリマー651
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.264, 94.498, 131.742
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cellular tumor antigen p53 / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 25180.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53, P53 / プラスミド: pTHREE-E / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04637
#2: タンパク質 Tumor suppressor p53-binding protein 1 / p53BP1


分子量: 29624.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53BP1 / プラスミド: pHIS-SUMO-GG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12888
#3: タンパク質・ペプチド SEP-GLN-GLU-TYR


分子量: 605.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200mM NaF, 100mM Bis-Tris Propane pH 6.5, 20% (w/v) PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→48.06 Å / Num. obs: 18153 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KZY

1kzy


解像度: 3→48.056 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2638 919 5.08 %Random Selection
Rwork0.2035 ---
obs0.2067 18104 99.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→48.056 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6295 0 2 17 6314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046458
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5458807
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1623829
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043989
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051149
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.15810.39151310.31452410X-RAY DIFFRACTION100
3.1581-3.3560.37551160.2712416X-RAY DIFFRACTION100
3.356-3.6150.30321190.23762430X-RAY DIFFRACTION100
3.615-3.97860.28941240.19432432X-RAY DIFFRACTION100
3.9786-4.5540.23571490.172441X-RAY DIFFRACTION100
4.554-5.7360.22841490.1792456X-RAY DIFFRACTION100
5.736-48.0620.24051310.19782600X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9375-1.72591.49813.5410.94242.36560.61520.02831.4636-0.0032-0.2974-0.5941-0.79842.00220.10271.0872-0.08370.33850.89980.2030.6862-23.00594.638-10.1086
24.7798-4.2515-3.11926.64872.22167.7366-0.0990.1837-1.1413-1.2792-0.30270.1690.4859-0.88770.55610.5365-0.11810.14820.55740.09150.4972-40.62696.7748-1.0167
32.43671.328-0.46893.69523.8385.2578-0.2297-0.265-0.3348-0.1395-0.12450.02410.3214-0.01670.36510.8752-0.08440.02980.5630.18930.5362-29.60758.997-0.3368
45.4822-0.34892.11758.0045-1.22978.3703-0.2041-1.79820.08020.30050.0276-0.3972-1.057-0.7060.14370.93010.2284-0.01491.02650.08010.5292-25.356811.155417.2319
55.96642.0651.32156.6555-1.16736.25310.0394-0.12010.171.085-0.22320.33811.0717-0.76760.26461.21230.04510.15310.88210.14870.6286-27.21980.1969.6977
63.2424-0.38-0.23794.6503-1.246.4653-0.075-1.2301-0.9160.7226-0.0528-1.589-1.07751.07030.37520.3089-0.0322-0.00270.8330.09480.6657-17.88985.72455.6896
71.0818-0.36771.65535.0067-0.19152.9803-0.1897-0.5976-1.0567-0.0832-0.23770.48861.0519-0.5051-1.58121.3336-0.22590.36740.47790.2661.2455-34.6661-3.3410.5299
81.2707-0.509-0.22041.03182.66946.6554-0.2877-0.10410.2102-0.16010.2486-0.2629-0.94580.32580.04460.801-0.1730.10940.630.07120.5325-25.547812.663.5704
92.8689-2.5617-0.45224.94423.92976.33630.4448-0.22970.5607-0.7824-0.1051-0.5636-0.0476-0.14640.4060.6443-0.13390.0420.36560.06390.5621-30.646711.3678-1.8798
103.9154-0.02541.81284.035-0.14758.9122-0.69171.18840.7167-0.68080.5667-1.4179-2.912-0.28470.60951.39670.20120.0050.8887-0.01550.7451-42.714622.8212-5.8713
114.5564-3.8202-3.23694.73594.67994.9745-0.38340.2140.41921.76250.4992-0.2318-0.0037-0.1771-0.02951.6978-0.16680.15140.69390.10090.6683-21.98137.6595-15.8178
122.4851-1.96342.14162.75510.40325.2287-0.8734-0.4613-0.4032-0.2517-0.38981.3732-0.6335-0.25551.07191.2502-0.15340.15210.56780.08230.9757-29.254531.9428-32.6987
133.1866-3.7551-0.64566.84434.73117.2603-0.48310.17940.0442-0.29390.528-0.1055-0.1737-0.0045-0.13121.0693-0.20280.05850.5610.1450.7508-18.151734.6631-26.2768
147.6056-0.1922-2.44788.42321.5848.8171-1.1851-0.45560.0852-0.99471.0389-1.8113-0.80911.06981.00580.9269-0.0084-0.12430.88650.05371.0035-8.374931.911-39.5069
154.47011.8715-0.49244.62221.58920.8343-0.74410.71760.13280.23490.77650.627-1.72210.1505-0.0241.1356-0.10540.19120.35040.03320.5447-10.576539.074-30.441
160.16140.56550.10474.8433-3.61236.54130.1248-0.3740.20620.7590.70441.3412-1.5865-1.3264-0.45781.33130.02070.05530.38320.1510.7982-22.920747.1694-28.6357
179.4244-5.8709-3.90223.57812.17544.30720.07621.1566-0.5249-0.4304-0.67670.47510.0606-0.12550.67871.065-0.05960.06650.6624-0.11860.4858-18.276828.1779-34.8084
189.28964.70722.7373.41840.13269.8536-0.05840.7861-0.82950.77590.689-0.76950.34370.89771.03151.27380.0783-0.03690.40330.26450.7525-20.319635.2001-24.5455
191.1686-1.22230.01012.30842.2264.8128-1.93221.215-1.3164-1.52020.3947-0.94050.9260.48550.25061.3358-0.52220.47321.18-0.28330.9201-32.817719.8394-34.7518
208.08842.01721.45198.2714-2.38981.24770.1842-0.39170.86620.2622-0.50110.60821.25550.13190.30271.07910.1175-0.08071.2664-0.070.3796-16.559827.242226.4197
219.893-1.121-0.26347.774-3.93917.06330.32440.6881.33340.8962-0.48870.1652-0.20270.28140.36170.99660.0208-0.00230.7048-0.15060.5278-17.191339.225219.7064
222.15310.9858-1.58294.2428-3.57735.93430.0829-0.0522-0.3339-0.84610.15460.12331.73730.2823-0.03560.62230.076-0.02230.5481-0.04960.4274-20.704433.832813.2168
234.55851.9164-0.2944.2989-5.01929.05090.5801-0.4152-0.01790.0164-0.2131-0.2114-0.22820.2435-0.16750.6802-0.03540.02220.55840.04470.7039-23.395549.60460.8646
244.27041.47671.97024.9181-1.25412.23340.3592-0.79820.9465-0.0591-0.3185-0.1749-0.84740.0713-0.49920.82710.05460.36920.51840.080.8193-25.927462.6901-4.8727
252.77920.0304-0.01953.717-5.26388.73440.0212-0.0201-0.1597-0.52050.70110.4690.2776-0.7462-0.89470.8930.06720.03250.46130.09720.7245-30.644352.5586-6.494
263.72832.8805-0.52288.99572.3531.6879-0.71730.7879-0.4728-1.05190.537-1.45640.2999-0.1731-0.1781.0988-0.18090.04820.6194-0.02770.46150.39618.6118-42.1403
272.94841.974-2.76243.4111-2.53742.6074-0.15630.2022-0.12260.04150.2123-0.13310.1145-0.059-0.0071.1318-0.0613-0.01950.5346-0.05260.6025-13.6622-4.0813-27.0319
285.1582-1.08061.79555.20183.76264.06840.0114-0.7435-0.20241.3116-0.6297-0.53520.0186-0.12780.30081.4914-0.4710.21260.72530.15570.8588-15.624-7.0494-38.0238
298.86012.41480.26229.5987-5.67733.7021.80961.23280.6426-1.7108-1.2873-0.6496-0.8727-0.2205-0.77361.62830.6260.2611.05820.2161.3068-30.698149.422912.1468
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 96 through 109 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 110 through 123 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 124 through 176 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 177 through 194 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 195 through 206 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 207 through 219 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 220 through 236 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 237 through 263 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 264 through 277 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 278 through 293 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 96 through 109 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 110 through 140 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 141 through 178 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 179 through 194 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 195 through 213 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 214 through 229 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 230 through 250 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 251 through 277 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 278 through 289 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 1714 through 1731 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 1732 through 1800 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 1801 through 1850 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 1851 through 1904 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 1905 through 1927 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 1928 through 1970 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 1719 through 1782 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 1783 through 1970 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 140 through 142 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 140 through 142 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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