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- PDB-5ebw: KcsA with G77ester mutation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ebw
タイトルKcsA with G77ester mutation
要素
  • (Antibody Fab Fragment Light ...) x 2
  • pH-gated potassium channel KcsA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / alpha-helical / Channel / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DIACYL GLYCEROL / NONAN-1-OL / : / pH-gated potassium channel KcsA
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Streptomyces lividans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
Model detailsmutant4
データ登録者Matulef, K. / Valiyaveetil, F.I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Individual Ion Binding Sites in the K(+) Channel Play Distinct Roles in C-type Inactivation and in Recovery from Inactivation.
著者: Matulef, K. / Annen, A.W. / Nix, J.C. / Valiyaveetil, F.I.
履歴
登録2015年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody Fab Fragment Light Chain
B: Antibody Fab Fragment Light Chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,53711
ポリマ－59,5333
非ポリマー1,0048
水2,900161
1
A: Antibody Fab Fragment Light Chain
B: Antibody Fab Fragment Light Chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子

A: Antibody Fab Fragment Light Chain
B: Antibody Fab Fragment Light Chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子

A: Antibody Fab Fragment Light Chain
B: Antibody Fab Fragment Light Chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子

A: Antibody Fab Fragment Light Chain
B: Antibody Fab Fragment Light Chain
C: pH-gated potassium channel KcsA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,14844
ポリマ－238,13212
非ポリマー4,01532
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_665-y+1,x+1,z1
crystal symmetry operation4_465y-1,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.910, 156.910, 75.837
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1002-

K

21C-1003-

K

31C-1004-

K

41C-1005-

K

51C-1006-

K

61C-1007-

K

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 pH-gated potassium channel KcsA / Streptomyces lividans K+ channel / SKC1


分子量: 13072.444 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-123 / Mutation: G77(GOA) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア)
遺伝子: kcsA, skc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A334

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Antibody Fab Fragment Light Chain


分子量: 23296.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Antibody Fab Fragment Light Chain


分子量: 23164.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma Cells / 細胞株 (発現宿主): Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 169分子

#4: 化合物 ChemComp-F09 / NONAN-1-OL


分子量: 144.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O
#5: 化合物 ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL


分子量: 625.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2014年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.115→51.505 Å / Num. all: 50630 / Num. obs: 50630 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 35.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.132 / Rsym value: 0.122 / Net I/av σ(I): 5.056 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 350427
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.12-2.233.71.0180.72063755930.5641.0181.173.5
2.23-2.366.51.0360.74702572120.4421.0361.899.7
2.36-2.537.50.73515095568370.290.7352.9100
2.53-2.737.20.481.54585163440.1930.484.5100
2.73-2.997.30.2852.44270858570.1140.2857.3100
2.99-3.347.70.14354081552990.0550.14313.3100
3.34-3.867.70.0818.53595346810.0310.08121.4100
3.86-4.737.60.05910.63034439770.0230.05929100
4.73-6.697.60.05610.72338930880.0220.05629.7100
6.69-51.5057.30.04910.41275017420.020.0493499.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K4C

1k4c


解像度: 2.3→39.227 Å / FOM work R set: 0.8052 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2491 3860 10.04 %
Rwork0.2223 34598 -
obs0.2249 38458 93.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.03 Å2 / Biso mean: 56.19 Å2 / Biso min: 17.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→39.227 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4008 0 47 161 4216
Biso mean--64.54 52.14 -
残基数----530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034113
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6615617
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044644
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003712
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6121426
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.32810.32591080.30931037114581
2.3281-2.35750.29641260.271113123983
2.3575-2.38860.29121200.26711116123685
2.3886-2.42130.31321290.28931093122285
2.4213-2.45590.33791220.27761153127587
2.4559-2.49250.31431170.26431164128187
2.4925-2.53140.30081320.25871150128288
2.5314-2.57290.30211320.26521135126790
2.5729-2.61730.32411470.25821217136489
2.6173-2.66490.26371350.24611174130991
2.6649-2.71610.27371210.24661213133491
2.7161-2.77150.30381430.25491179132292
2.7715-2.83180.28671430.2411218136193
2.8318-2.89770.26551400.24721246138695
2.8977-2.97010.27281290.24711262139196
2.9701-3.05040.2681430.2411278142197
3.0504-3.14010.25951470.2361292143997
3.1401-3.24140.31421280.23081315144398
3.2414-3.35720.25691480.23921304145299
3.3572-3.49150.24991470.22291297144499
3.4915-3.65030.2331450.22111319146499
3.6503-3.84260.2121690.207912881457100
3.8426-4.08310.23881200.202913381458100
4.0831-4.3980.23571700.191713111481100
4.398-4.83990.20311460.180913361482100
4.8399-5.53850.21741350.194813481483100
5.5385-6.97160.22631740.209613221496100
6.9716-39.23320.21341440.208513801524100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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