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- PDB-5eb2: Trp-bound YfiR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eb2
タイトルTrp-bound YfiR
要素YfiR
キーワードTRANSCRIPTION / PERIPLASMIC REPRESSOR PROTEIN
機能・相同性YfiR/HmsC-like / YfiR/HmsC-like / periplasmic space / TRYPTOPHAN / Negative regulator YfiR
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.709 Å
データ登録者Xu, M. / Yang, X. / Yang, X.-A. / Zhou, L. / Liu, T.-Z. / Fan, Z. / Jiang, T.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation31570768 中国
National Natural Science Foundation91419308 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2016
タイトル: Structural insights into the regulatory mechanism of the Pseudomonas aeruginosa YfiBNR system
著者: Xu, M. / Yang, X. / Yang, X.-A. / Zhou, L. / Liu, T.-Z. / Fan, Z. / Jiang, T.
履歴
登録2015年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YfiR
B: YfiR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1825
ポリマ－34,7862
非ポリマー3963
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area15180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.875, 120.875, 88.457
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-336-

HOH

21B-223-

HOH

31B-232-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 YfiR


分子量: 17392.783 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 35-190 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: yfiR, PA1121 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q9I4L4
#2: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M BIS-TRIS, 25%(w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 18400 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 28.7 % / Biso Wilson estimate: 32.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Χ2: 0.981 / Net I/av σ(I): 28.721 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 527498
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.7-2.7529.40.5849060.973100
2.75-2.829.50.4688840.99100
2.8-2.8529.40.429101.018100
2.85-2.9129.50.3858900.988100
2.91-2.9729.30.349040.974100
2.97-3.0429.30.2759051.016100
3.04-3.1229.40.2398981.014100
3.12-3.229.20.2069020.999100
3.2-3.329.10.1759141.02100
3.3-3.429.10.1549110.99100
3.4-3.5229.10.1449071.037100
3.52-3.66290.1439181.128100
3.66-3.8328.90.1369231.187100
3.83-4.0328.70.1339161.231100
4.03-4.2928.70.1269221.197100
4.29-4.6228.50.129151.146100
4.62-5.0827.80.1049330.869100
5.08-5.8127.20.0869490.671100
5.81-7.32280.089660.593100
7.32-5024.80.07110270.56398.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
d*TREKデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YN7

4yn7


解像度: 2.709→41.535 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2299 877 5.1 %Random selection
Rwork0.1947 16324 --
obs0.1965 17201 93.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.26 Å2 / Biso mean: 35.3738 Å2 / Biso min: 10.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.709→41.535 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2319 0 25 98 2442
Biso mean--56.5 33.32 -
残基数----301
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082384
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0483225
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044367
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.409892
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7088-2.87850.29561210.22072112223375
2.8785-3.10070.24651410.2262508264988
3.1007-3.41260.25431690.21342810297999
3.4126-3.9060.22931370.179629023039100
3.906-4.91990.18711370.167429383075100
4.9199-41.54020.2261720.201430543226100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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