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- PDB-5e9p: Spirochaeta thermophila X module - CBM64 - wildtype -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e9p
タイトルSpirochaeta thermophila X module - CBM64 - wildtype
要素Cellulase, glycosyl hydrolase family 5, TPS linker, domain X
キーワードHYDROLASE / Carbohydrate-binding module 64 / CBM64 / Cellulose and Xylan binding / Type A CBM / Jelly roll
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding module 64 / Carbohydrate-binding module 64 / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / cellulase
類似検索 - 構成要素
生物種Spirochaeta thermophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Schiefner, A. / Skerra, A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2016
タイトル: Structural basis for cellulose binding by the type A carbohydrate-binding module 64 of Spirochaeta thermophila.
著者: Schiefner, A. / Angelov, A. / Liebl, W. / Skerra, A.
履歴
登録2015年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulase, glycosyl hydrolase family 5, TPS linker, domain X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1282
ポリマ－10,0261
非ポリマー1021
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area4820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.517, 58.517, 33.437
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Cellulase, glycosyl hydrolase family 5, TPS linker, domain X


分子量: 10025.756 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 456-541 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spirochaeta thermophila (バクテリア)
遺伝子: STHERM_c20620 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E0RQU0
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: 1.5 M Sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 34847 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 15.377 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.042 / Χ2: 0.962 / Net I/σ(I): 28.7 / Num. measured all: 253480
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.2-1.36.50.9330.3455.3745329753469660.37592.5
1.3-1.40.9770.2358.6840653555654620.25298.3
1.4-1.60.9940.12415.7154512736572980.13499.1
1.6-1.80.9980.06328.9933292445444340.06799.6
1.8-20.9990.03944.0521525286928610.04199.7
2-30.9990.02863.1340816546254590.0399.9
3-410.0284.6410048134913490.021100
4-610.01986.3251467077070.021100
6-810.01884.9112631741740.02100
8-1010.01684.4947069690.018100
100.9990.01882.8542673680.0293.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5e9o

5e9o


解像度: 1.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / WRfactor Rfree: 0.125 / WRfactor Rwork: 0.1052 / FOM work R set: 0.9418 / SU B: 0.703 / SU ML: 0.014 / SU R Cruickshank DPI: 0.0252 / SU Rfree: 0.0258 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1249 1739 5 %RANDOM
Rwork0.1056 ---
obs0.1066 33108 97.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 158.42 Å2 / Biso mean: 14.336 Å2 / Biso min: 6.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数715 0 14 148 877
Biso mean--29.55 31.4 -
残基数----86
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.02818
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.131.8941131
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09831516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1075101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.3662544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.72715108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg38.088151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.021005
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9711.042383
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9351.04382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5821.58491
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.57331471
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free33.83531
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.00451554
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.169 101 -
Rwork0.15 2060 -
all-2161 -
obs--83.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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