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- PDB-5e9f: Structural insights of isocitrate lyases from Magnaporthe oryzae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e9f
タイトルStructural insights of isocitrate lyases from Magnaporthe oryzae
要素Isocitrate lyase
キーワードLYASE / TIM BETA/ALPHA-BARREL / LYASE ACTIVITY
機能・相同性
機能・相同性情報


glyoxysome / methylisocitrate lyase / methylisocitrate lyase activity / isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #850 / Isocitrate lyase / Isocitrate lyase family / Isocitrate lyase/phosphorylmutase, conserved site / Isocitrate lyase signature. / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / TIM Barrel ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #850 / Isocitrate lyase / Isocitrate lyase family / Isocitrate lyase/phosphorylmutase, conserved site / Isocitrate lyase signature. / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Magnaporthe oryzae 70-15 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Park, Y. / Cho, Y. / Lee, Y.-H. / Lee, Y.-W. / Rhee, S.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure and functional analysis of isocitrate lyases from Magnaporthe oryzae and Fusarium graminearum
著者: Park, Y. / Cho, Y. / Lee, Y.-H. / Lee, Y.-W. / Rhee, S.
履歴
登録2015年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate lyase
B: Isocitrate lyase
C: Isocitrate lyase
D: Isocitrate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,6568
ポリマ－250,5594
非ポリマー974
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31830 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area66970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.583, 135.314, 158.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Isocitrate lyase / ICL / ISOCITRASE / Isocitratase / Methylisocitrate lyase / MICA / Threo-D(S)-isocitrate glyoxylate-lyase


分子量: 62639.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Magnaporthe oryzae 70-15 (菌類) / 株: 70-15 / 遺伝子: ICL1, MGG_04895 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0CT06, isocitrate lyase, methylisocitrate lyase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.01 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M SODIUM MALONATE, 20% PEG 3350, 10% (V/V) GLYCEROL, PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.964 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 64146 / % possible obs: 99.47 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 11.18
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DQU

1dqu


解像度: 2.8→32.4 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 1998 3.12 %
Rwork0.186 --
obs0.187 64136 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→32.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14914 0 4 66 14984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00915266
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14320790
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1555408
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452303
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062704
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.809-2.87970.34391330.24464117X-RAY DIFFRACTION93
2.8797-2.95750.32191400.23034381X-RAY DIFFRACTION100
2.9575-3.04450.3041420.21874395X-RAY DIFFRACTION100
3.0445-3.14270.33781420.22034418X-RAY DIFFRACTION100
3.1427-3.2550.28531420.21474406X-RAY DIFFRACTION100
3.255-3.38520.2781430.21384454X-RAY DIFFRACTION100
3.3852-3.53920.27331420.19424405X-RAY DIFFRACTION100
3.5392-3.72560.23921430.1814445X-RAY DIFFRACTION100
3.7256-3.95870.25481440.1834455X-RAY DIFFRACTION100
3.9587-4.2640.2271420.16834459X-RAY DIFFRACTION100
4.264-4.69220.20021440.1654472X-RAY DIFFRACTION100
4.6922-5.36930.20841450.17684498X-RAY DIFFRACTION100
5.3693-6.75760.31241470.24314547X-RAY DIFFRACTION100
6.7576-36.22610.27761510.24634694X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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