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万見
- PDB-5e9a: Crystal structure analysis of the cold-adamped beta-galactosidase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e9a
タイトルCrystal structure analysis of the cold-adamped beta-galactosidase from Rahnella sp. R3
要素Beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / galactosidase / TIM barrel / lactose
機能・相同性
機能・相同性情報


galactose metabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-galactosidase C-terminal / Beta-galactosidase C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 42 / Beta-galactosidase trimerisation / Beta-galactosidase trimerisation domain / Glycoside hydrolase, family 42, N-terminal / Beta-galactosidase / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Golgi alpha-mannosidase II ...Beta-galactosidase C-terminal / Beta-galactosidase C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 42 / Beta-galactosidase trimerisation / Beta-galactosidase trimerisation domain / Glycoside hydrolase, family 42, N-terminal / Beta-galactosidase / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Rahnella sp. R3 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.561 Å
データ登録者Zhang, Y.Z. / Fan, Y.T.
引用ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 2015
タイトル: Cloning, expression and structural stability of a cold-adapted beta-galactosidase from Rahnella sp. R3.
著者: Fan, Y. / Hua, X. / Zhang, Y. / Feng, Y. / Shen, Q. / Dong, J. / Zhao, W. / Zhang, W. / Jin, Z. / Yang, R.
履歴
登録2015年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / struct
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct.title
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase
B: Beta-galactosidase
C: Beta-galactosidase
D: Beta-galactosidase
E: Beta-galactosidase
F: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)482,45318
ポリマ－481,7066
非ポリマー74712
水7,710428
1
A: Beta-galactosidase
B: Beta-galactosidase
C: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,2269
ポリマ－240,8533
非ポリマー3736
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14300 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area63950 Å2
手法PISA
2
D: Beta-galactosidase
E: Beta-galactosidase
F: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,2269
ポリマ－240,8533
非ポリマー3736
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14220 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area64020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.426, 106.831, 164.244
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Beta-galactosidase / Beta-gal


分子量: 80284.336 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rahnella sp. R3 (バクテリア) / プラスミド: pCold1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0B4U8I5, beta-galactosidase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8
詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月18日
放射モノクロメーター: ID / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.561→138.448 Å / Num. all: 151929 / Num. obs: 151929 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.163 / Rsym value: 0.116 / Net I/av σ(I): 6.434 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 535514
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.56-2.73.20.4851.669030217170.3490.4852.496.8
2.7-2.863.30.381268965206080.2710.381397.4
2.86-3.063.50.2682.968770196500.190.2684.198.3
3.06-3.313.60.1834.266735184600.1290.183699.5
3.31-3.623.70.126.462502170840.0850.12999.7
3.62-4.053.70.0868.856396153750.0610.08612.299.2
4.05-4.683.60.06510.949388135650.0470.06515.398.9
4.68-5.733.70.05812.142201114780.0410.05816.399.1
5.73-8.13.70.0514.13345390000.0350.0517.299.6
8.1-138.4483.60.03319.71807449920.0230.03322.398.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化解像度: 2.561→138.448 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 12.614 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.7 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2468 2020 1.3 %RANDOM
Rwork0.1993 ---
obs0.2 149793 98.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 102.62 Å2 / Biso mean: 32.339 Å2 / Biso min: 5.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.95 Å20 Å2-0.13 Å2
2---3.64 Å2-0 Å2
3---1.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.561→138.448 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32507 0 30 428 32965
Biso mean--38.23 21.14 -
残基数----4099
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01933471
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0230649
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5551.92845541
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.007370275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.05154096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.77323.5921662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.361155191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.79815230
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.24760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02138696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.028364
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8563.11416399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8553.11316392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9124.66620480
LS精密化 シェル解像度: 2.561→2.627 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 101 -
Rwork0.289 10822 -
all-10923 -
obs--96.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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