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万見
- PDB-5e96: Crystal structure of aminoglycoside 6'-acetyltransferase type Ii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+96
タイトルCrystal structure of aminoglycoside 6'-acetyltransferase type Ii
要素Aminoglycoside 6'-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / GNAT / acetyltransferase / aminoglycoside resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / : / Aac(6')-Ii protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Berghuis, A.M. / Burk, D.L. / Baettig, O.M. / Shi, K.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-13107 カナダ
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Comprehensive characterization of ligand-induced plasticity changes in a dimeric enzyme.
著者: Baettig, O.M. / Shi, K. / Yachnin, B.J. / Burk, D.L. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2015年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside 6'-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6723
ポリマ－20,5151
非ポリマー1572
水95553
1
A: Aminoglycoside 6'-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Aminoglycoside 6'-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3446
ポリマ－41,0302
非ポリマー3144
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.815, 66.815, 104.129
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 Aminoglycoside 6'-acetyltransferase


分子量: 20514.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア)
株: C238 / 遺伝子: aac(6 )-II / プラスミド: pPLaac-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A099R279, UniProt: Q47764*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 40% ethylene glycol, 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2, 0.1 M ammonium sulfate
PH範囲: 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月31日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 15426 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER1.3.1位相決定
SCALEPACKデータスケーリング
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N71

1n71


解像度: 2.1→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1497 9.7 %RANDOM SELECTION
Rwork0.217 ---
obs0.217 14868 96.5 %-
溶媒の処理Bsol: 53.98 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.501 Å20 Å20 Å2
2--4.501 Å20 Å2
3----9.002 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.28 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a-0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1245 0 9 53 1307
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5891.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.6672
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9552
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.982.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.12 Å / Total num. of bins used: 29 /
Rfactor反射数
Rfree0.3066 53
Rwork0.2905 424
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PARAMCNS_TOPPAR:PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:DNA-RNA_REP.PARAMCNS_TOPPAR:DNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:WATER_REP.PARAMCNS_TOPPAR:WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ION.PARAMCNS_TOPPAR:ION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5EDO.PAREDO.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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