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- PDB-5e8q: Crystal structure of DHFR in 20% Isopropanol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e8q
タイトルCrystal structure of DHFR in 20% Isopropanol
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / folic acid metabolic process / dihydrofolate reductase ...methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / folic acid metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FOLIC ACID / ISOPROPYL ALCOHOL / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cuneo, M.J. / Agarwal, P.K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solvent conditions control enzyme dynamics and catalysis
著者: Borrguero, J.M. / Cuneo, M.J. / Agarwal, P.K.
履歴
登録2015年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Dihydrofolate reductase
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,16510
ポリマ－36,0412
非ポリマー1,1258
水5,837324
1
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6687
ポリマ－18,0201
非ポリマー6486
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4973
ポリマ－18,0201
非ポリマー4772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.946, 91.946, 73.088
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 18020.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: folA, AA953_06220, ABE89_23390, ABE90_01590, ABE91_11465, ABE92_27580, ABE93_03540, ABE94_26505, ABE95_19105, AC789_1c00510, ACM16_01115, ACM17_00910, ACM18_00225, ACM19_01115, ACM20_ ...遺伝子: folA, AA953_06220, ABE89_23390, ABE90_01590, ABE91_11465, ABE92_27580, ABE93_03540, ABE94_26505, ABE95_19105, AC789_1c00510, ACM16_01115, ACM17_00910, ACM18_00225, ACM19_01115, ACM20_00925, ACM21_22820, BN1008_2275, ECONIH1_00280, ECs0051, EL75_3711, EL79_3822, EL80_3768, HW43_03985, IY32_08385, JD73_13725, NMECO18_25965, PD07_16380, PU06_14795, PU15_01135, PU21_08285, PU33_00085, PU38_11910, PU53_21230, PU69_06270, PU71_09850, PU73_17465, RR31_00265, SK64_04362, SK65_04102, SK81_04106, SY51_00265, TZ57_00270, UC21_17710, UC41_15235, UN86_27670, UN92_06125, WQ64_08430, WQ65_17175, WQ66_04025, WQ69_03315, WQ70_09735, WQ71_08985, WQ72_04470, WQ73_14425, WQ74_13220, WQ77_00770, WQ79_09130, WQ84_04435, WQ86_16125, WQ88_00770, WQ91_15025, WQ92_19155, WQ95_08145, WQ99_15285, WR00_12370, WR01_07485, WR03_05655, WR04_00040, WR05_03890, WR12_01840, WR13_10745, WR16_15930, WR17_04125, WR18_06540, WR19_18465, WR23_10335, WR24_10640, XB00_01295, XB01_19915
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIL
参照: UniProt: C3TR70, UniProt: P0ABQ4*PLUS, dihydrofolate reductase

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非ポリマー , 5種, 332分子

#2: 化合物 ChemComp-FOL / FOLIC ACID / 葉酸


分子量: 441.397 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N7O6
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M CaCl2, 20-35% PEG 6000, 0.1M NaHEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 32525 / Num. obs: 32525 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 17.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.296 / Net I/av σ(I): 19.524 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 261190
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.8-1.868.10.5195.432291.09299.5
1.86-1.947.20.43832322.74999.7
1.94-2.038.20.30332481.31499.8
2.03-2.138.40.16632760.928100
2.13-2.277.60.20232371.9799.9
2.27-2.447.90.13432701.33699.9
2.44-2.698.60.09132420.928100
2.69-3.088.50.08332871.041100
3.08-3.887.40.06231800.92797.1
3.88-408.30.05133240.94999.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DRC

3drc


解像度: 1.8→23.297 Å / FOM work R set: 0.8097 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2534 1613 5.07 %Random
Rwork0.1973 30176 --
obs0.2002 31789 97.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.845 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 112.37 Å2 / Biso mean: 26.33 Å2 / Biso min: 6.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3907 Å20 Å20 Å2
2---0.3907 Å2-0 Å2
3---0.7815 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→23.297 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2534 0 73 324 2931
Biso mean--33.04 33.09 -
残基数----317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122782
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3753801
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094394
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007503
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5791028
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7992-1.85210.23741370.20072527266499
1.8521-1.91190.46181210.31892285240689
1.9119-1.98020.41791170.35242445256295
1.9802-2.05940.26371420.21225772719100
2.0594-2.15310.26751460.205425622708100
2.1531-2.26650.37341250.28222439256495
2.2665-2.40840.28011130.22582492260596
2.4084-2.59410.25571570.188825412698100
2.5941-2.85470.24511320.191326032735100
2.8547-3.26690.22771320.187725942726100
3.2669-4.11220.22311600.15512471263196
4.1122-23.29860.18341310.14422640277199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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