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- PDB-5e8i: Crystal structure of the DNA binding domain of human transcriptio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e8i
タイトルCrystal structure of the DNA binding domain of human transcription factor FLI1 in complex with a 10-mer DNA ACCGGAAGTG
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
  • Friend leukemia integration 1 transcription factor
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Transcription / DNA binding / Ewing sarcoma / Winged helix / ETS family / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hemostasis / blood circulation / megakaryocyte development / animal organ morphogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...hemostasis / blood circulation / megakaryocyte development / animal organ morphogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Friend leukemia integration 1 transcription factor, pointed domain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain ...Friend leukemia integration 1 transcription factor, pointed domain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Friend leukemia integration 1 transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Endothia gyrosa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Hou, C. / Tsodikov, O.V.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Dimerization and DNA Binding of Transcription Factor FLI1.
著者: Hou, C. / Tsodikov, O.V.
履歴
登録2015年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22015年12月30日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Friend leukemia integration 1 transcription factor
B: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
D: Friend leukemia integration 1 transcription factor
E: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
G: Friend leukemia integration 1 transcription factor
H: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
I: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
J: Friend leukemia integration 1 transcription factor
K: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,46820
ポリマ－84,14712
非ポリマー3218
水724
1
A: Friend leukemia integration 1 transcription factor
B: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
G: Friend leukemia integration 1 transcription factor
H: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
I: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,27411
ポリマ－42,0746
非ポリマー2005
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7210 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area14670 Å2
手法PISA
2
D: Friend leukemia integration 1 transcription factor
E: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
J: Friend leukemia integration 1 transcription factor
K: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1949
ポリマ－42,0746
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7210 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area14790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.647, 86.647, 230.282
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
Friend leukemia integration 1 transcription factor / Proto-oncogene Fli-1 / Transcription factor ERGB


分子量: 14946.829 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 276-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLI1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01543
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*G)-3')


分子量: 3094.042 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Endothia gyrosa (菌類)
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量: 2995.967 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Endothia gyrosa (菌類)
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.52 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 0.2 M CaCl2, 14% w/v PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→50 Å / Num. obs: 13800 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 3.45→3.51 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IRI

4iri


解像度: 3.45→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 37.095 / SU ML: 0.517 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.577 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27142 687 5 %RANDOM
Rwork0.22245 ---
obs0.22482 12993 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 133.671 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.66 Å2-1.83 Å20 Å2
2---3.66 Å20 Å2
3---11.88 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.45→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3088 1621 8 4 4721
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0164981
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8781.6327048
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05338841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8345368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.65223.571168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.94715564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5321524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2660
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024554
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.59213.1361484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.59313.1341483
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.47319.6821848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.47219.6851849
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.29113.9133497
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.29113.9133496
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.01820.8675201
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.5956126
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.5946125
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.454→3.543 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 54 -
Rwork0.364 857 -
obs--93.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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